PDB-8jok: Crystal structure of V30L mutated human transthyretin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jok

タイトル

Crystal structure of V30L mutated human transthyretin

要素

Transthyretin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Thyroid hormone-binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Mizuguchi, M. / Yamada, S. / Obita, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2024
タイトル: Trypsin-induced aggregation of transthyretin Valine 30 variants associated with hereditary amyloidosis.
著者: Mizuguchi, M. / Obita, T. / Yamada, S. / Nabeshima, Y.

履歴

登録	2023年6月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jok.cif.gz	130.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jok.ent.gz	83.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jok.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8jok_validation.pdf.gz	441.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8jok_full_validation.pdf.gz	443.1 KB	表示
XML形式データ	8jok_validation.xml.gz	12.2 KB	表示
CIF形式データ	8jok_validation.cif.gz	16.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/8jok ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/8jok	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8jnuC 8jqwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (14) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (9) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (14)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (9)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (1)
#237 - 2019年9月
ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

30 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
59.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.160, 85.280, 64.320
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-340- HOH
2	1	B-352- HOH

#1: タンパク質	Transthyretin / ATTR / Prealbumin / TBPA 分子量: 14953.739 Da / 分子数: 2 / 変異: V30L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTR, PALB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02766
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.85 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 / 詳細: PEG400, MgCl2, glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.64→51.35 Å / Num. obs: 29774 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 19.06 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	解像度: 1.64→1.73 Å / R_merge(I) obs: 0.634 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 4265 / CC_1/2: 0.639

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.64→38.51 Å / SU ML: 0.1404 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.2354
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2148	1470	4.94 %
R_work	0.1894	28260	-
obs	0.1908	29730	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.64→38.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1787	0	2	144	1933

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0066	1834
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8734	2502
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0608	285
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0086	318
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.8258	247

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.64-1.69	0.2798	127	0.2714	2530	X-RAY DIFFRACTION	99.77
1.69-1.75	0.3052	122	0.2441	2521	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.75-1.82	0.2892	146	0.2302	2521	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.82-1.91	0.2909	130	0.2094	2541	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.91-2.01	0.2274	141	0.1946	2522	X-RAY DIFFRACTION	100
2.01-2.13	0.2003	125	0.1897	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.3	0.2472	147	0.1846	2545	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.3-2.53	0.244	135	0.1924	2559	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.53-2.9	0.2283	122	0.1961	2609	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.9-3.65	0.1978	129	0.1779	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
3.65-38.51	0.1666	146	0.1691	2720	X-RAY DIFFRACTION	98.93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.86841234286	-5.95131417154	-5.49111575488	6.30180587815	4.8457703736	4.089238567	-0.546933020972	-0.940676612132	-0.347093339532	0.658249016815	0.339046376913	0.524324615879	0.460006896068	0.353226105988	0.168524858485	0.257891007647	-0.00411709667069	0.0362180283137	0.262189557073	-0.0334794142267	0.170852503444	-19.8496561674	7.68293141116	-1.68887192101
2	0.235161955595	-0.422309067152	-0.582573153099	4.28901339355	2.10598750207	1.83706096209	-0.0820552450998	-0.282139940868	0.0700474726581	0.259837469864	0.214425581839	-0.631353655565	0.0244414905149	0.391656181277	-0.0919826855108	0.21488200261	-0.00928303449179	-0.0320758698185	0.206755308339	0.00315390571068	0.168069291889	-9.12636627337	2.54058176736	-5.63144147085
3	4.5094918679	-1.6336226655	-0.09115396854	3.68102092202	0.186880360956	2.42898951431	0.187150542717	0.194990499312	0.722454272019	-0.315843759176	-0.0782411476412	0.165029958453	-0.487407016642	-0.0604514399622	-0.122180186924	0.285872413159	-0.0168722792579	0.0138121027068	0.214340896286	-0.00925602540094	0.326530651987	-22.4104191094	24.713621732	-8.03913769027
4	2.25648587359	-0.667463928387	2.00899673031	2.13865706017	-2.04440801311	3.8275860784	-0.306821249638	0.285077095133	0.505490957245	-0.111004270176	-0.0404614024111	-0.243595882094	-0.31896904259	0.242037403715	0.323497497802	0.265587160607	-0.0365407212481	-0.0146528320607	0.254524322778	-0.016524198343	0.252037020045	-18.6642920156	22.4091459936	-3.92071464031
5	4.18143324418	-1.64071127834	-1.96395114158	6.42133905801	1.59131074062	3.01012945698	-0.309564233307	-0.793490768026	-0.103332626357	1.1061818892	0.146823485005	0.10799681007	0.234681712142	-0.0665839759522	0.124962963725	0.31212276224	-0.00919512303974	-0.0193424479766	0.274910897052	-0.0184006771499	0.174560712237	-15.4054154959	8.67193634005	2.54897055165
6	2.66452099116	-1.47262025555	0.092897424582	2.09668939022	0.827827812461	1.56662913295	-0.0195061084818	-0.163127558762	0.222185609184	0.295812275026	0.00228937000389	0.124859971764	-0.141785192086	-0.340000657608	0.0205038600706	0.234930119192	0.00630775661891	0.00645222337397	0.21960591179	-0.0454804401717	0.232762274704	-26.475787302	19.5796216073	-1.72724454351
7	1.37039801067	0.424903100271	-0.11515790899	2.21841577038	-0.577916898882	2.66533678963	0.0491348999398	-0.166924116174	0.117665024783	-0.0830189194434	-0.149264633206	-0.242516792343	-0.171414141491	0.331364592455	0.0794659599164	0.161346460658	-0.0171123184205	0.00103989544303	0.17851831466	0.00392107472537	0.186495336648	-7.41185543403	10.1461468065	-14.3459485419
8	7.22376240162	-2.99233830733	1.00023053626	4.22397272968	0.756905594669	0.74949200573	0.525052132721	0.657984650222	0.500857002176	-0.338535891866	-0.251353362342	0.0562972961451	-0.547737827651	0.310076173512	-0.254627438513	0.222588285695	-0.00115947628101	0.0572648188529	0.235648464061	-0.0191861163632	0.176587357599	-25.468588641	15.9987769369	-10.3158396888
9	0.886260098333	-0.480393936664	0.189102104626	1.18594604919	-0.251172552835	1.08015467428	-0.220864928462	-0.428631569233	-0.301809466264	0.440515859578	0.589602503124	0.111830050789	0.429662087796	-0.22384633787	-0.287584849208	0.61345970417	-0.0315685776476	0.171380686093	0.563545878391	-0.111094120048	0.59947779069	-37.5794196319	13.426728901	-0.128493986167
10	2.98575963528	-0.138660240132	0.238942938409	2.15971241522	0.634328516144	1.47491863845	-0.0425417680216	-0.244998684331	0.0942409416398	0.195105871339	-0.037586587119	0.0731571519135	0.0572880351832	-0.209484336957	0.0640942430499	0.185165406168	-0.0165233208051	-0.00983065281834	0.166933422716	-0.00877752408118	0.130815999631	-22.5412469609	6.4918955293	-8.34665172912
11	7.77764716654	5.02119209879	-4.81483490366	4.39329916037	-3.35696252344	3.03304507554	-0.703417554851	0.800223386573	-0.437651510673	-0.533240297752	0.42285695502	-0.325803757697	0.558278153576	-0.443740958192	0.216285672498	0.207677103756	-0.0355069592675	0.0146913745848	0.162795581811	-0.0084575209342	0.132114108752	-22.4623089041	7.80070372575	-30.3028922986
12	0.178370207539	0.449742576329	-0.0599951141127	2.9516773934	-1.05670875518	0.711943142957	-0.0172972935662	0.111061149578	0.0313612420707	-0.155389418152	0.269654789443	0.811869483573	0.132211133793	-0.211168493927	-0.24635290937	0.166867171355	-0.0184841285093	-0.0221347356896	0.135560214723	0.00578526355114	0.198470274761	-33.6216981922	4.27005126221	-26.2985100453
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 10 through 18 )	A	A	10 - 18	1 - 9
2	2	chain 'A' and (resid 19 through 28 )	A	A	19 - 28	10 - 19
3	3	chain 'A' and (resid 29 through 40 )	A	A	29 - 40	20 - 31
4	4	chain 'A' and (resid 41 through 48 )	A	A	41 - 48	32 - 39
5	5	chain 'A' and (resid 49 through 58 )	A	A	49 - 58	40 - 49
6	6	chain 'A' and (resid 59 through 73 )	A	A	59 - 73	50 - 64
7	7	chain 'A' and (resid 74 through 90 )	A	A	74 - 90	65 - 81
8	8	chain 'A' and (resid 91 through 97 )	A	A	91 - 97	82 - 88
9	9	chain 'A' and (resid 98 through 103 )	A	A	98 - 103	89 - 94
10	10	chain 'A' and (resid 104 through 124 )	A	A	104 - 124	95 - 115
11	11	chain 'B' and (resid 10 through 18 )	B	B	10 - 18	1 - 9
12	12	chain 'B' and (resid 19 through 28 )	B	B	19 - 28	10 - 19
13	13	chain 'B' and (resid 29 through 40 )	B	B	29 - 40	20 - 31
14	14	chain 'B' and (resid 41 through 48 )	B	B	41 - 48	32 - 39
15	15	chain 'B' and (resid 49 through 58 )	B	B	49 - 58	40 - 49
16	16	chain 'B' and (resid 59 through 66 )	B	B	59 - 66	50 - 57
17	17	chain 'B' and (resid 67 through 74 )	B	B	67 - 74	58 - 65
18	18	chain 'B' and (resid 75 through 82 )	B	B	75 - 82	66 - 73
19	19	chain 'B' and (resid 83 through 90 )	B	B	83 - 90	74 - 81
20	20	chain 'B' and (resid 91 through 97 )	B	B	91 - 97	82 - 88
21	21	chain 'B' and (resid 98 through 103 )	B	B	98 - 103	89 - 94
22	22	chain 'B' and (resid 104 through 112 )	B	B	104 - 112	95 - 103
23	23	chain 'B' and (resid 113 through 125 )	B	B	113 - 125	104 - 116

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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