PDB-8joj: Crystal structure of 3-ketosteroid delta1-dehydrogenase from Rhod...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8joj

タイトル

Crystal structure of 3-ketosteroid delta1-dehydrogenase from Rhodococcus erythropolis SQ1 in complex with 9,11-epoxy-17-hydroxypregn-4-ene-3,20-dione actate

要素

3-ketosteroid dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / 3-ketosteroid delta1-dehydrogenase / Rhodococcus erythropolis SQ1 / 9 / 11-epoxy-17-hydroxypregn-4-ene-3 / 20-dione actate

機能・相同性

機能・相同性情報

3-oxosteroid 1-dehydrogenase / 3-oxosteroid 1-dehydrogenase activity / steroid metabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodococcus erythropolis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.819 Å

データ登録者

Hu, Y.L. / Li, X. / Cheng, X.Y. / Song, S.K. / Su, Z.D.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of 3-ketosteroid delta1-dehydrogenase from Rhodococcus erythropolis SQ1 in complex with 9,11-epoxy-17-hydroxypregn-4-ene-3,20-dione actate
著者: Song, S.K. / Hu, Y.L. / Li, X. / Su, Z.D.

履歴

登録	2023年6月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8joj.cif.gz	186 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8joj.ent.gz	147.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8joj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8joj_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8joj_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8joj_validation.xml.gz	20.3 KB	表示
CIF形式データ	8joj_validation.cif.gz	27.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/8joj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/8joj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (3) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (3)

登録構造単位

A: 3-ketosteroid dehydrogenase

ヘテロ分子

55.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.603, 119.603, 117.304
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	151
Space group name H-M	P3₁12

#1: タンパク質	3-ketosteroid dehydrogenase / 3-oxosteroid 1-dehydrogenase 分子量: 54651.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodococcus erythropolis (バクテリア) 遺伝子: kstD1, BS297_24040, rerp_49010, RERY_47440 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RA02, 3-oxosteroid 1-dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-UU0 / 9,11-epoxy-17-hydroxypregn-4-ene-3,20-dione actate 分子量: 416.507 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₃₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.25 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: UPH2O,3.5M Sodium formate pH7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.819→103.58 Å / Num. obs: 22365 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 20.5 % / R_merge(I) obs: 0.165 / Net I/σ(I): 17.2
反射シェル	解像度: 2.82→2.97 Å / R_merge(I) obs: 1.341 / Num. unique obs: 3357

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.819→77.764 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / WR_factor R_free: 0.219 / WR_factor R_work: 0.171 / Average fsc free: 0.9001 / Average fsc work: 0.916 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.464 / ESU R Free: 0.294 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2345	1135	5.081 %
R_work	0.1887	21202	-
all	0.191	-	-
obs	-	22337	95.703 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.51 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.793 Å²	0.897 Å²	0 Å²
2-	-	1.793 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-5.818 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.819→77.764 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3842	0	83	0	3925

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	4010
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.037	0.017	3595
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.557	1.643	5469
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.43	1.575	8330
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.434	5	522
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.177	22.304	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.07	15	581
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.745	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	520
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4664
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	833
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	861
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.233	0.2	3519
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	1984
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	1860
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	86
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.257	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.259	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.105	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.72	6.775	2091
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.711	6.774	2090
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.682	10.163	2612
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.683	10.165	2613
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.046	7.213	1919
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.044	7.215	1920
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.742	10.657	2854
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.74	10.659	2855
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.296	80.675	4356
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.302	80.685	4357

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.819-2.892	0.348	87	0.283	1613	X-RAY DIFFRACTION	99.8238
2.892-2.972	0.309	90	0.256	1561	X-RAY DIFFRACTION	100
2.972-3.058	0.271	87	0.273	1572	X-RAY DIFFRACTION	100
3.058-3.152	0.309	57	0.27	1515	X-RAY DIFFRACTION	100
3.152-3.255	0.316	91	0.235	1422	X-RAY DIFFRACTION	100
3.255-3.369	0.27	74	0.223	1411	X-RAY DIFFRACTION	99.9327
3.369-3.496	0.218	56	0.219	991	X-RAY DIFFRACTION	73.3193
3.496-3.639	0.233	61	0.191	1339	X-RAY DIFFRACTION	100
3.639-3.8	0.264	64	0.195	863	X-RAY DIFFRACTION	71.7492
3.8-3.985	0.208	51	0.169	982	X-RAY DIFFRACTION	80.3891
3.985-4.201	0.182	49	0.157	1139	X-RAY DIFFRACTION	100
4.201-4.455	0.189	89	0.151	1048	X-RAY DIFFRACTION	100
4.455-4.762	0.167	46	0.128	1043	X-RAY DIFFRACTION	100
4.762-5.143	0.205	37	0.15	954	X-RAY DIFFRACTION	100
5.143-5.632	0.182	47	0.16	884	X-RAY DIFFRACTION	100
5.632-6.295	0.328	37	0.189	810	X-RAY DIFFRACTION	100
6.295-7.264	0.2	36	0.182	697	X-RAY DIFFRACTION	100
7.264-8.885	0.23	31	0.155	615	X-RAY DIFFRACTION	100
8.885-12.52	0.176	22	0.162	472	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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