PDB-8joi: Crystal Structure of Bel-1 E166A Mutant.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8joi

タイトル

Crystal Structure of Bel-1 E166A Mutant.

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / Beta-lactamase / Mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Dhankhar, K. / Hazra, S.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Bel-1 E166A Mutant
著者: Dhankhar, K. / Hazra, S.

履歴

登録	2023年6月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8joi.cif.gz	532.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8joi.ent.gz	336.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8joi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8joi_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8joi_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	8joi_validation.xml.gz	23.7 KB	表示
CIF形式データ	8joi_validation.cif.gz	33.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/8joi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jo/8joi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (5) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (5)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (3)
#187 - 2015年7月
ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase)
類似性 (2)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

57.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Monomer
29 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-lactamase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.498, 123.498, 70.644
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	168
Space group name H-M	P6

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 28664.451 Da / 分子数: 2 / 変異: E139A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: bla(BEL1) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3SAW3
#2: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.66 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M imidazole, 0.1M MES monohydrate, 20% ETG, 10% PEG 8000, 0.1M Sodium formate, 0.1M Ammonium acetate, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1M Potassium sodium tartrate, 0.1M Sodium oxamate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→27.35 Å / Num. obs: 67521 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.13 / R_pim(I) all: 0.05 / R_rim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 12.2
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / Num. unique obs: 3585 / CC_1/2: 0.773

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
CrysalisPro		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→26.613 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 6.414 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.101 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2253	3419	5.068 %
R_work	0.1607	64037	-
all	0.164	-	-
obs	-	67456	99.867 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.914 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.723 Å²	0.862 Å²	0 Å²
2-	-	1.723 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-5.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→26.613 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4009	0	18	249	4276

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	4100
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3923
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.992	1.649	5565
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.673	1.566	9015
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.645	5	528
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.175	5	29
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.077	10	677
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.565	10	177
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	646
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	4861
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	927
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.237	0.2	913
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.204	0.2	3687
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	2059
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	2325
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.262	0.2	180
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.02	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.299	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.301	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.442	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.057	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.747	2.479	2106
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.746	2.479	2106
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.752	4.454	2630
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.752	4.455	2631
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.189	2.968	1994
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.166	2.963	1991
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.317	5.271	2933
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.271	5.256	2928
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.641	26.924	4648
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.359	26.506	4606
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	6.237	3	8023

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.7-1.744	0.292	274	0.234	4667	0.237	4941	0.935	0.961	100	0.23
1.744-1.792	0.28	268	0.221	4575	0.224	4844	0.945	0.966	99.9794	0.215
1.792-1.843	0.275	215	0.203	4493	0.206	4709	0.949	0.973	99.9788	0.195
1.843-1.9	0.254	251	0.199	4315	0.202	4568	0.946	0.974	99.9562	0.189
1.9-1.962	0.256	230	0.181	4191	0.185	4423	0.946	0.978	99.9548	0.17
1.962-2.03	0.257	246	0.187	4019	0.191	4271	0.951	0.978	99.8595	0.174
2.03-2.106	0.23	218	0.173	3907	0.176	4127	0.944	0.979	99.9515	0.16
2.106-2.192	0.243	189	0.156	3798	0.16	3989	0.959	0.985	99.9499	0.145
2.192-2.288	0.223	140	0.15	3677	0.152	3823	0.965	0.986	99.8431	0.14
2.288-2.399	0.23	170	0.146	3459	0.15	3631	0.962	0.986	99.9449	0.136
2.399-2.528	0.225	162	0.135	3326	0.14	3496	0.972	0.988	99.7712	0.127
2.528-2.68	0.219	178	0.128	3120	0.132	3306	0.97	0.99	99.758	0.122
2.68-2.863	0.218	160	0.136	2922	0.14	3085	0.968	0.989	99.9028	0.131
2.863-3.089	0.243	142	0.14	2774	0.145	2922	0.963	0.988	99.7947	0.137
3.089-3.379	0.179	145	0.127	2503	0.13	2651	0.979	0.99	99.8868	0.127
3.379-3.771	0.185	125	0.15	2298	0.152	2430	0.978	0.987	99.7119	0.152
3.771-4.34	0.186	138	0.15	2006	0.152	2146	0.98	0.986	99.9068	0.157
4.34-5.28	0.208	74	0.159	1755	0.161	1831	0.978	0.986	99.8908	0.167
5.28-7.324	0.242	57	0.224	1395	0.225	1454	0.966	0.98	99.8624	0.234
7.324-26.613	0.248	37	0.159	836	0.162	875	0.976	0.984	99.7714	0.172

精密化 TLS

T33: 0.0601 Å² / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0069	-0.0219	-0.0121	0.0788	0.0192	0.0719	0.0022	0.0013	-0.003	-0.0123	-0.0034	0.008	0.0073	-0.0075	0.0012	0.0035	-0.0004	-0.0015	0.0014	-0.0003	39.8739	19.7813	0.0387
2	0.0423	-0.0373	-0.0155	0.0445	0.0009	0.0652	-0.0055	-0.0034	-0.0036	0.0044	0.006	0.0067	0.0028	-0.0099	-0.0004	0.0007	0.0003	0.0005	0.0024	0.0004	35.8201	26.4366	32.7873

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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