PDB-8jnu: Crystal structure of V30G mutated human transthyretin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jnu

タイトル

Crystal structure of V30G mutated human transthyretin

要素

Transthyretin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / transport of thyroid hormone

機能・相同性

機能・相同性情報

Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Mizuguchi, M. / Yamada, S. / Obita, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2024
タイトル: Trypsin-induced aggregation of transthyretin Valine 30 variants associated with hereditary amyloidosis.
著者: Mizuguchi, M. / Obita, T. / Yamada, S. / Nabeshima, Y.

履歴

登録	2023年6月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jnu.cif.gz	128.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jnu.ent.gz	82.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jnu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8jnu_validation.pdf.gz	441.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8jnu_full_validation.pdf.gz	442.9 KB	表示
XML形式データ	8jnu_validation.xml.gz	12.1 KB	表示
CIF形式データ	8jnu_validation.cif.gz	16.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/8jnu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/8jnu	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8jokC 8jqwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (14) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (9) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (14)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (9)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (1)
#237 - 2019年9月
ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

29.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
59.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.100, 85.400, 64.480
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-340- HOH
2	1	B-350- HOH

#1: タンパク質	Transthyretin / ATTR / Prealbumin / TBPA 分子量: 14897.634 Da / 分子数: 2 / 変異: V30G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTR, PALB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02766
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: PEG400, MgCl2, glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.64→51.46 Å / Num. obs: 29770 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 17.84 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 21.5
反射シェル	解像度: 1.64→1.73 Å / R_merge(I) obs: 0.294 / Num. unique obs: 4265 / CC_1/2: 0.939

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.64→35.6 Å / SU ML: 0.1345 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.0809
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2068	1467	4.93 %
R_work	0.1853	28262	-
obs	0.1863	29729	99.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.64→35.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1769	0	2	145	1916

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0063	1815
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8828	2473
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0652	280
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.015	314
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.0022	244

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.64-1.7	0.2566	137	0.2118	2770	X-RAY DIFFRACTION	99.38
1.7-1.77	0.2421	132	0.1989	2810	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.85	0.2074	172	0.1916	2774	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.95	0.2374	137	0.1822	2805	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2.07	0.1908	148	0.1728	2794	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.23	0.1798	157	0.173	2817	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.45	0.2414	163	0.1865	2816	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.81	0.2224	128	0.203	2863	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-3.53	0.2253	143	0.1834	2892	X-RAY DIFFRACTION	100
3.53-35.6	0.1739	150	0.1802	2921	X-RAY DIFFRACTION	96.75

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.36061914528	6.30925315533	-5.0800226333	5.04534171731	-2.59284503672	5.72721307708	-0.400384923413	0.600122866933	-0.121722611517	-0.755083838087	0.281417161076	-0.116203426823	0.471869732115	-0.208076162829	0.153494423304	0.216076376505	-0.0185048737974	-0.0197638486596	0.169109628425	0.0277672261398	0.152946628636	-26.9168073868	9.60526540805	-34.3812615716
2	7.07621019317	3.89785826931	-0.357285064403	3.63743050448	-1.54611255902	2.01293606758	-0.0423843429888	0.127546651897	0.390933091055	-0.176560421678	0.0268850749756	-0.0148549284887	-0.0152223060593	0.188243382688	0.0251989726563	0.110542791623	0.0257740689144	-0.00915715380234	0.0873044287626	0.0487338695485	0.154843383638	-15.446282477	18.7025241715	-29.9777509609
3	5.22168032891	-1.90458650095	1.57360794817	8.26767318613	-1.65081784045	7.57037226457	0.0488424064684	-0.0640026490507	0.282966019274	0.207198575577	-0.024165277901	0.35739554822	-0.00466693615429	-0.629225274756	0.00897876135071	0.0964513211517	-0.00857035129451	0.0215108561559	0.162011691278	-0.00764630727028	0.122113473013	-36.2070233403	11.0417011396	-20.3011702984
4	3.83828574634	-1.03124639927	2.37349682764	7.16911188636	0.337357002984	7.78158995068	0.145568084739	-0.0250805338527	-0.209810188981	0.456635379916	-0.119980382163	-0.438483554834	-0.240691192844	-0.0959548718595	-0.0135575186169	0.131554936725	-0.0184540569998	0.0251058835406	0.125772869019	0.000797509693603	0.093042520757	-32.7521728875	12.378233052	-14.3037821994
5	5.79033634487	6.37914537911	-5.52434612928	7.61991462689	-6.30355441675	7.49214591247	-0.250144851395	-0.334599618271	0.47005934664	-0.01914834974	0.231148769312	0.226126095814	0.174790254863	-0.194610983099	-0.012602134198	0.124712424632	0.00521789780076	-0.00699371510307	0.14533911697	0.00502412412508	0.0669511159804	-15.593719562	15.3455021253	-21.8225768675
6	3.50585195201	2.05036616835	-2.79560516881	4.74391674069	1.57137591422	5.10735836963	0.0408047523225	-0.761008243249	-0.385699443333	-0.194551110784	0.496968205393	-1.31612687167	-0.247861392494	1.14007898649	-0.415385488894	0.215605302812	0.0259636796041	0.086256122438	0.296390915742	0.0152343367064	0.358237426736	-4.4380104806	13.6955504197	-30.854991626
7	6.38428270741	4.1002101139	-5.8391066328	4.58143515222	-3.77169973422	5.21452793403	-0.447658202214	0.547982487636	-0.247564506612	-0.34784321663	0.214256318045	-0.270141248043	0.464252254394	-0.277202424508	0.211657594407	0.134401644373	-0.0277202170393	-0.00640006759086	0.165747803126	0.0167371069215	0.0845797850028	-19.881216698	7.02344866192	-26.344530951
8	7.94646672944	0.279776877586	-7.55407844625	2.63368877288	-0.0907151703666	8.92878067398	-0.13018014137	0.0494994655163	-0.195912938095	-0.251746100652	-0.093079420939	-0.179151698749	-0.0180430921276	0.0691700965316	0.113519187863	0.134989970162	-0.00441005446834	-0.019131500286	0.112315349762	0.00772282952643	0.0720833706782	-18.8371779798	6.15433819088	-22.6997887588
9	9.19480058854	-8.02148327153	-7.3972786607	8.16571262916	7.51130971837	7.18577999607	-0.61033739953	-0.824569437329	-0.488272886589	1.03620616265	0.249743501736	0.724976691358	0.509802189255	0.198826259855	0.336643315965	0.262338952897	-0.0108463669698	0.0362306846368	0.221319194945	-0.0169420119686	0.154776167469	-19.7522665401	7.91437966154	-1.89574683263
10	0.853829435151	-0.477905757408	-1.09187651135	6.24328019393	6.58972139412	8.83398430275	-3.161844182E-5	-0.308630592582	0.0310408997693	0.372544868806	0.1132982537	-0.661719951685	0.114850667489	0.41158562694	-0.0702407382138	0.207879307559	0.0236646050553	-0.0503329614263	0.153425481977	0.0135824112408	0.149172311636	-9.05493284308	2.69147978095	-5.71988663026
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12	7.17090527535	-3.03063306956	3.52820496964	8.53371011127	-2.73617934947	3.93070934101	-0.375113368585	-0.186894983809	0.756655545955	0.282480502372	0.233905949504	-0.148085475083	-0.237867082713	-0.0181469920691	0.199946799594	0.160855434266	-0.0226567939211	0.00173409743755	0.1929553429	-0.0315409304908	0.19771779343	-18.5433363237	22.322207075	-3.77417603124
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18	4.7637487546	5.4186226449	-5.46711015088	6.59251528927	-6.07227559719	6.2453471548	-0.518954865473	0.894848142375	-0.326585928648	-0.519535073504	0.284831658501	-0.486175035907	0.435830974768	-0.302027507802	0.211585140415	0.188593088768	-0.0444183992582	0.0272749855813	0.207099136237	0.0055905403842	0.157227967932	-22.5354919015	8.06913178632	-30.2926205973
19	1.19050382784	1.58934426426	-2.04732622193	3.98155334417	-5.89636797682	8.99634518277	0.0264803583667	0.105119289288	0.209034823897	-0.0725953549781	0.0990277807525	0.56449010068	0.126439597839	-0.227672168794	-0.252828315515	0.140534957691	-0.0211584527335	-0.0427001851634	0.12882601581	0.0107628288839	0.151485187332	-33.6010264131	4.2864710397	-26.3841367252
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21	4.49671686459	1.29470209056	3.90811501462	8.61706995674	2.67077566857	7.20058862147	-0.355699251258	0.0833904685835	0.628657272887	0.10048888525	0.0695681591312	0.0608967224393	-0.377310405199	0.185895022242	0.301213038371	0.111723700499	0.0133307569345	-0.00111834306308	0.101312643958	0.035155839302	0.144099069912	-21.2907100823	22.574416091	-28.3670494453

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'B' and (resid 49 through 58 )	B	B	49 - 58	40 - 49
2	2	chain 'B' and (resid 59 through 74 )	B	B	59 - 74	50 - 65
3	3	chain 'B' and (resid 75 through 82 )	B	B	75 - 82	66 - 73
4	4	chain 'B' and (resid 83 through 90 )	B	B	83 - 90	74 - 81
5	5	chain 'B' and (resid 91 through 97 )	B	B	91 - 97	82 - 88
6	6	chain 'B' and (resid 98 through 103 )	B	B	98 - 103	89 - 94
7	7	chain 'B' and (resid 104 through 112 )	B	B	104 - 112	95 - 103
8	8	chain 'B' and (resid 113 through 125 )	B	B	113 - 125	104 - 116
9	9	chain 'A' and (resid 10 through 18 )	A	A	10 - 18	1 - 9
10	10	chain 'A' and (resid 19 through 28 )	A	A	19 - 28	10 - 19
11	11	chain 'A' and (resid 29 through 40 )	A	A	29 - 40	20 - 31
12	12	chain 'A' and (resid 41 through 48 )	A	A	41 - 48	32 - 39
13	13	chain 'A' and (resid 49 through 58 )	A	A	49 - 58	40 - 49
14	14	chain 'A' and (resid 59 through 74 )	A	A	59 - 74	50 - 65
15	15	chain 'A' and (resid 75 through 90 )	A	A	75 - 90	66 - 81
16	16	chain 'A' and (resid 91 through 103 )	A	A	91 - 103	82 - 92
17	17	chain 'A' and (resid 104 through 124 )	A	A	104 - 124	93 - 113
18	18	chain 'B' and (resid 10 through 18 )	B	B	10 - 18	1 - 9
19	19	chain 'B' and (resid 19 through 28 )	B	B	19 - 28	10 - 19
20	20	chain 'B' and (resid 29 through 40 )	B	B	29 - 40	20 - 31
21	21	chain 'B' and (resid 41 through 48 )	B	B	41 - 48	32 - 39

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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