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- PDB-8jnk: Crystal structure of human ALKBH3 bound to ssDNA through active s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jnk
タイトルCrystal structure of human ALKBH3 bound to ssDNA through active site crosslink
要素
  • (Synthetic antibody ...) x 2
  • Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 3
  • DNA
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNA m1A demethylase
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA N1-methyladenine demethylase / mRNA N1-methyladenosine dioxygenase activity / ALKBH3 mediated reversal of alkylation damage / DNA oxidative demethylase / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / oxidative RNA demethylase activity / DNA alkylation repair / L-ascorbic acid binding / negative regulation of cytoplasmic translation / ferrous iron binding ...mRNA N1-methyladenine demethylase / mRNA N1-methyladenosine dioxygenase activity / ALKBH3 mediated reversal of alkylation damage / DNA oxidative demethylase / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / oxidative RNA demethylase activity / DNA alkylation repair / L-ascorbic acid binding / negative regulation of cytoplasmic translation / ferrous iron binding / cell population proliferation / DNA repair / mitochondrion / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alkylated DNA repair protein alkB homologue 3 / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / N-OXALYLGLYCINE / DNA / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Zhang, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2024
タイトル: The Molecular Basis of Human ALKBH3 Mediated RNA N 1 -methyladenosine (m 1 A) Demethylation.
著者: Zhang, L. / Duan, H.C. / Paduch, M. / Hu, J. / Zhang, C. / Mu, Y. / Lin, H. / He, C. / Kossiakoff, A.A. / Jia, G. / Zhang, L.
履歴
登録2023年6月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 3
B: DNA
C: Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 3
D: DNA
E: Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 3
F: DNA
G: Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 3
H: DNA
I: Synthetic antibody heavy chain
J: Synthetic antibody heavy chain
K: Synthetic antibody heavy chain
L: Synthetic antibody heavy chain
M: Synthetic antibody light chain
N: Synthetic antibody light chain
O: Synthetic antibody light chain
P: Synthetic antibody light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)302,61824
ポリマ－301,81016
非ポリマー8088
水4,990277
1
A: Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 3
B: DNA
G: Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 3
H: DNA
I: Synthetic antibody heavy chain
K: Synthetic antibody heavy chain
M: Synthetic antibody light chain
O: Synthetic antibody light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,30912
ポリマ－150,9058
非ポリマー4044
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 3
D: DNA
E: Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 3
F: DNA
J: Synthetic antibody heavy chain
L: Synthetic antibody heavy chain
N: Synthetic antibody light chain
P: Synthetic antibody light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,30912
ポリマ－150,9058
非ポリマー4044
水1267
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)129.460, 136.151, 203.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.11, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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抗体 , 2種, 8分子 IJKLMNOP

#3: 抗体
Synthetic antibody heavy chain


分子量: 22927.537 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALKBH3, ABH3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 抗体
Synthetic antibody light chain


分子量: 23667.277 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALKBH3, ABH3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 3 / Alkylated DNA repair protein alkB homolog 3 / hABH3


分子量: 27013.326 Da / 分子数: 4 / 変異: C110S, D189S, C201S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALKBH3, ABH3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q96Q83, DNA oxidative demethylase, mRNA N1-methyladenine demethylase
#2: DNA鎖
DNA


分子量: 1844.322 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 285分子

#5: 化合物
ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE / N-オキサリルグリシン


分子量: 147.086 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5NO5 / コメント: 阻害剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.27 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M NaCl, 20%PEG6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9875 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9875 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→50 Å / Num. obs: 92893 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Χ2: 1.265 / Net I/σ(I): 11 / Num. measured all: 348882
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.69-2.793.50.68891521.269198.5
2.79-2.93.60.52392041.28198.6
2.9-3.033.70.35292551.279199
3.03-3.193.80.23292071.309199.4
3.19-3.393.80.14993221.374199.6
3.39-3.653.90.09692821.405199.6
3.65-4.023.90.06793281.34199.8
4.02-4.63.80.05193511.208199.8
4.6-5.793.80.04393911.067199.8
5.79-503.70.02894011.125198.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.69→46.9 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 4680 5.05 %
Rwork0.2176 --
obs0.2182 92717 99.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.69→46.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19635 456 11 277 20379
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0120651
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.25528193
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9417505
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0743106
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.023533
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.69-2.720.35211830.34422793X-RAY DIFFRACTION97
2.72-2.750.36761810.3182886X-RAY DIFFRACTION98
2.75-2.780.3491730.3142873X-RAY DIFFRACTION98
2.79-2.820.32651470.30232911X-RAY DIFFRACTION98
2.82-2.860.29981370.28992893X-RAY DIFFRACTION98
2.86-2.90.27181390.28072937X-RAY DIFFRACTION99
2.9-2.940.34311450.27572948X-RAY DIFFRACTION98
2.94-2.980.30471170.2742897X-RAY DIFFRACTION99
2.98-3.030.2791330.26962992X-RAY DIFFRACTION99
3.03-3.080.27881430.26352872X-RAY DIFFRACTION99
3.08-3.130.29711650.26642975X-RAY DIFFRACTION99
3.13-3.190.29631470.26952890X-RAY DIFFRACTION99
3.19-3.250.28491450.26673008X-RAY DIFFRACTION99
3.25-3.320.25881600.24372902X-RAY DIFFRACTION100
3.32-3.390.25441590.24432932X-RAY DIFFRACTION99
3.39-3.470.26611580.23452928X-RAY DIFFRACTION100
3.47-3.550.26731230.23092982X-RAY DIFFRACTION99
3.55-3.650.23711350.2232954X-RAY DIFFRACTION100
3.65-3.760.21541570.22913027X-RAY DIFFRACTION100
3.76-3.880.21821480.21782905X-RAY DIFFRACTION100
3.88-4.020.21431950.21332899X-RAY DIFFRACTION100
4.02-4.180.20921790.20362934X-RAY DIFFRACTION100
4.18-4.370.20171430.18362989X-RAY DIFFRACTION100
4.37-4.60.18091500.1682945X-RAY DIFFRACTION100
4.6-4.880.19381440.16363008X-RAY DIFFRACTION100
4.88-5.260.17761780.18042941X-RAY DIFFRACTION100
5.26-5.790.19141840.19722941X-RAY DIFFRACTION100
5.79-6.620.21181730.19882976X-RAY DIFFRACTION100
6.63-8.340.21211540.19522980X-RAY DIFFRACTION100
8.34-46.90.1821850.17642919X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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