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万見
- PDB-8jmw: Fibril form of serine peptidase Vpr -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jmw
タイトルFibril form of serine peptidase Vpr
要素S8 family serine peptidase
キーワードPROTEIN FIBRIL / Serine peptidase / fibril
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Vpr-like peptidase, catalytic domain / FlgD Ig-like domain / FlgD Ig-like domain / PA domain superfamily / PA domain / PA domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site ...Vpr-like peptidase, catalytic domain / FlgD Ig-like domain / FlgD Ig-like domain / PA domain superfamily / PA domain / PA domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8, subtilisin-related / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
S8 family serine peptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Cao, Q. / Cheng, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32271276 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Serine peptidase Vpr forms enzymatically active fibrils outside Bacillus bacteria revealed by cryo-EM.
著者: Yijia Cheng / Jianting Han / Meinai Song / Shuqin Zhang / Qin Cao /
要旨: Bacteria develop a variety of extracellular fibrous structures crucial for their survival, such as flagella and pili. In this study, we use cryo-EM to identify protein fibrils surrounding lab- ...Bacteria develop a variety of extracellular fibrous structures crucial for their survival, such as flagella and pili. In this study, we use cryo-EM to identify protein fibrils surrounding lab-cultured Bacillus amyloiquefaciens and discover an unreported fibril species in addition to the flagellar fibrils. These previously unknown fibrils are composed of Vpr, an extracellular serine peptidase. We find that Vpr assembles into fibrils in an enzymatically active form, potentially representing a strategy of enriching Vpr activities around bacterial cells. Vpr fibrils are also observed under other culture conditions and around other Bacillus bacteria, such as Bacillus subtilis, which may suggest a general mechanism across all Bacillus bacterial groups. Taken together, our study reveals fibrils outside the bacterial cell and sheds light on the physiological role of these extracellular fibrils.
履歴
登録2023年6月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S8 family serine peptidase
B: S8 family serine peptidase
C: S8 family serine peptidase
D: S8 family serine peptidase
E: S8 family serine peptidase
F: S8 family serine peptidase
G: S8 family serine peptidase
H: S8 family serine peptidase
I: S8 family serine peptidase
J: S8 family serine peptidase
K: S8 family serine peptidase
L: S8 family serine peptidase
M: S8 family serine peptidase
N: S8 family serine peptidase
O: S8 family serine peptidase
P: S8 family serine peptidase
Q: S8 family serine peptidase
R: S8 family serine peptidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,547,38118
ポリマ－1,547,38118
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
S8 family serine peptidase


分子量: 85965.602 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
参照: UniProt: A0A6A8LCF5

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Bacillus amyloliquefaciens / タイプ: CELL / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Bacillus amyloliquefaciens (バクテリア)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
らせん対称回転角度/サブユニット: -68.75 ° / 軸方向距離/サブユニット: 20.46 Å / らせん対称軸の対称性: C2
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 76671 / 対称性のタイプ: HELICAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00771046
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.6196660
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.7469900
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04710746
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00512672

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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