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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jmr | ||||||
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タイトル | Crystal structure of hinokiresinol synthase in complex with 1,7-bis(4-hydroxyphenyl)hepta-1,6-dien-3-one | ||||||
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![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / hinokiresinol / hinokiresinol synthase | ||||||
機能・相同性 | Phloem protein 2-like / Phloem protein 2 / 1,7-bis(4-hydroxyphenyl)hepta-1,6-dien-3-one / Hinokiresinol synthase alpha subunit / Hinokiresinol synthase beta subunit![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ding, Y. / Ushimaru, R. / Mori, T. / Abe, I. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structural and Mechanistic Insights into the C-C Bond-Forming Rearrangement Reaction Catalyzed by Heterodimeric Hinokiresinol Synthase. 著者: Ushimaru, R. / Ding, Y. / Mori, T. / Miyamoto, K. / Uchiyama, M. / Abe, I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 105.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 62.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 752.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 752.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8jmqC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20176.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: AoHRSa / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 22212.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: AoHRSb / 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 化合物 | ChemComp-UR0 / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.11 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 100mM sodium cacodylate trihydrate (pH6.5), 200mM ammonium sulfate, 20% PEG 8000, 2mM inhibitor |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→46.43 Å / Num. obs: 19260 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 22.4 % / Biso Wilson estimate: 28.51 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.243 / Net I/σ(I): 14.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.27 Å / Rmerge(I) obs: 1.234 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 1668 / CC1/2: 0.891 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.97 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→46.43 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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