+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jmo | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of a leaf-branch compost cutinase, ICCG in complex with 4-((4-Hydroxybutoxy)carbonyl)benzoic acid | ||||||||||||
要素 | Leaf-branch compost cutinase | ||||||||||||
キーワード | HYDROLASE / PETase / cutinase / enzyme engineering / PBAT degradation | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 poly(ethylene terephthalate) hydrolase / acetylesterase activity / cutinase activity / cutinase / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | unidentified prokaryotic organism (未定義) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Yang, Y. / Xue, T. / Zheng, Y. / Cheng, S. / Guo, R.-T. / Chen, C.-C. | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: J Hazard Mater / 年: 2023 タイトル: Remodeling the polymer-binding cavity to improve the efficacy of PBAT-degrading enzyme. 著者: Yang, Y. / Cheng, S. / Zheng, Y. / Xue, T. / Huang, J.W. / Zhang, L. / Yang, Y. / Guo, R.T. / Chen, C.C. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8jmo.cif.gz | 130.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8jmo.ent.gz | 97.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8jmo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8jmo_validation.pdf.gz | 918 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8jmo_full_validation.pdf.gz | 919.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8jmo_validation.xml.gz | 28.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8jmo_validation.cif.gz | 43.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/8jmo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/8jmo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8jmpC C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27836.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) unidentified prokaryotic organism (未定義) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: G9BY57, cutinase, poly(ethylene terephthalate) hydrolase #2: 化合物 | ChemComp-CA / | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.19 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 20% v/v PEG 8000, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: LIQUID ANODE / タイプ: BRUKER METALJET / 波長: 1.34138 Å |
検出器 | タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.34138 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→36.94 Å / Num. obs: 73495 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 8.03 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.0638 / Net I/σ(I): 24.96 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 7.12 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Mean I/σ(I) obs: 11.91 / Num. unique obs: 1740 / CC1/2: 0.992 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→36.94 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.39 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→36.94 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|