PDB-8jm5: Endo-deglycosylated hydroxynitrile lyase isozyme 5 mutant L331A/S...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jm5

タイトル

Endo-deglycosylated hydroxynitrile lyase isozyme 5 mutant L331A/S333V/P340L from Prunus communis

要素

(R)-mandelonitrile lyase

キーワード

LYASE / Hydroxynitrile lyase / FAD / hydrocynanation

機能・相同性

FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER

機能・相同性情報

生物種

Prunus dulcis (アーモンド)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Zheng, Y.-C. / Li, F.-L. / Yu, H.-L. / Xu, J.-H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Endo-deglycosylated hydroxynitrile lyase isozyme 5 mutant L331A/S333V/P340L from Prunus communis
著者: Zheng, Y.-C. / Li, F.-L. / Yu, H.-L. / Xu, J.-H.

履歴

登録	2023年6月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jm5.cif.gz	135.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jm5.ent.gz	98.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jm5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/8jm5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/8jm5	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: (R)-mandelonitrile lyase

ヘテロ分子

61.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.492, 90.950, 130.435
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 7分子 B

#1: タンパク質

(R)-mandelonitrile lyase

分子量: 59000.449 Da / 分子数: 1 / 変異: L331A,S333V,P340L / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Author stated the sequence reference is Genbank AAP84580.1, and the initial signal peptide (Met1 to Ser27) was exchanged into yeast alpha-factor subjected to cleavage during extracellular expression.
由来: (組換発現)

Prunus dulcis (アーモンド) / 遺伝子: ALMOND_2B028509 / 発現宿主:

Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X / 参照: (R)-mandelonitrile lyase

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 566分子

#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 563 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.56 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: tris-bicine, 100 mM, pH 8.5; CaCl2, 60 mM; MgCl2, 60 mM; PEG 500MME, 20%, v/v; PEG 20000, 10%, w/v PH範囲: 8.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97854 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97854 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 47405 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / CC_1/2: 0.998 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.129 / R_pim(I) all: 0.037 / R_rim(I) all: 0.134 / Χ²: 0.894 / Net I/σ(I): 5 / Num. measured all: 616877

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.9-1.93	13.1	0.834	2315	0.903	0.974	0.238	0.868	1.255	100
1.93-1.97	13.1	0.587	2340	0.949	0.987	0.167	0.611	0.68	100
1.97-2.01	12.9	0.457	2340	0.969	0.992	0.133	0.476	0.517	100
2.01-2.05	12.2	0.412	2329	0.964	0.991	0.122	0.431	0.567	100
2.05-2.09	12.5	0.613	2329	0.919	0.979	0.181	0.64	1.539	100
2.09-2.14	13.6	0.336	2342	0.974	0.993	0.094	0.35	0.665	100
2.14-2.19	13.6	0.294	2346	0.983	0.996	0.083	0.305	0.61	100
2.19-2.25	13.5	0.434	2372	0.979	0.995	0.123	0.451	1.248	100
2.25-2.32	13.3	0.273	2311	0.983	0.996	0.077	0.284	0.78	100
2.32-2.39	13	0.214	2356	0.986	0.996	0.062	0.223	0.668	100
2.39-2.48	12.2	0.189	2362	0.989	0.997	0.056	0.197	0.682	100
2.48-2.58	12.9	0.205	2336	0.991	0.998	0.058	0.213	0.786	100
2.58-2.7	13.6	0.192	2365	0.99	0.998	0.054	0.2	0.96	100
2.7-2.84	13.4	0.158	2357	0.994	0.998	0.044	0.164	0.753	100
2.84-3.02	13.4	0.124	2374	0.993	0.998	0.035	0.129	0.803	100
3.02-3.25	12.2	0.11	2399	0.994	0.998	0.033	0.115	0.821	99.9
3.25-3.58	13.6	0.107	2386	0.994	0.998	0.03	0.112	1.011	100
3.58-4.09	13.4	0.106	2425	0.995	0.999	0.03	0.11	1.158	100
4.09-5.16	12.4	0.077	2425	0.995	0.999	0.023	0.08	0.807	99.8
5.16-50	12.5	0.088	2596	0.991	0.998	0.026	0.092	1.513	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→46.32 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 2.776 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19031	2359	5.1 %	RANDOM
R_work	0.15189	44000	-	-
all	0.154	-	-	-
obs	0.15387	44000	97.86 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.022 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.13 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.9→46.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3984	0	148	563	4695

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	4236
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3849
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.778	1.669	5795
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.424	1.598	8876
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.578	5	515
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.741	23.416	202
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.878	15	617
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.806	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	568
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	4823
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	950
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.751	1.853	2069
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.749	1.851	2068
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.568	2.763	2581
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.567	2.765	2582
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.769	2.217	2167
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.769	2.217	2168
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.203	3.227	3215
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.241	24.732	4996
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.241	24.737	4997
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.948 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.234	133	-
R_work	0.216	2747	-
obs	-	-	83.58 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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