PDB-8jm4: Endo-deglycosylated hydroxynitrile lyase isozyme 5 mutant L331A f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jm4

タイトル

Endo-deglycosylated hydroxynitrile lyase isozyme 5 mutant L331A from Prunus communis complexed with 2-methyl-4H-benzo[d][1,3]dioxine-6-carbaldehyde

要素

(R)-mandelonitrile lyase

キーワード

LYASE / Hydroxynitrile lyase / FAD / hydrocynanation

機能・相同性

FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER

機能・相同性情報

生物種

Prunus dulcis (アーモンド)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Zheng, Y.-C. / Li, F.-L. / Yu, H.-L. / Xu, J.-H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Endo-deglycosylated hydroxynitrile lyase isozyme 5 mutant L331A from Prunus communis complexed with 2-methyl-4H-benzo[d][1,3]dioxine-6-carbaldehyde
著者: Zheng, Y.-C. / Li, F.-L. / Yu, H.-L. / Xu, J.-H.

履歴

登録	2023年6月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jm4.cif.gz	131 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jm4.ent.gz	95.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jm4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8jm4_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8jm4_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	8jm4_validation.xml.gz	25.2 KB	表示
CIF形式データ	8jm4_validation.cif.gz	37.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/8jm4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/8jm4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: (R)-mandelonitrile lyase

ヘテロ分子

61.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.519, 90.968, 130.493
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 7分子 A

#1: タンパク質

(R)-mandelonitrile lyase

分子量: 58972.355 Da / 分子数: 1 / 変異: L331A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Author stated the sequence reference is Genbank AAP84580.1, and the initial signal peptide (Met1 to Ser27) was exchanged into yeast alpha-factor subjected to cleavage during extracellular expression.
由来: (組換発現)

Prunus dulcis (アーモンド) / 遺伝子: ALMOND_2B028509 / 発現宿主:

Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X33 / 参照: (R)-mandelonitrile lyase

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 393分子

#2: 化合物	ChemComp-FQ9 / (2S)-2-methyl-4H-1,3-benzodioxine-6-carbaldehyde / (2S)-2-methyl-4H-benzo[d][1,3]dioxine-6-carbaldehyde 分子量: 178.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 389 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.64 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.25 詳細: tris-bicine, 100 mM, pH 8.5; CaCl2, 60 mM; MgCl2, 60 mM; PEG 500MME, 20%, v/v; PEG 20000, 10%, w/v PH範囲: 8.25-8.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 78057 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 10.5 % / CC_1/2: 0.998 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.075 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.079 / Χ²: 0.978 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 823338

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.6-1.63	9.5	0.854	3815	0.853	0.959	0.281	0.901	0.78	99.7
1.63-1.66	9.8	0.892	3861	0.104	0.433	0.304	0.946	1.554	99
1.66-1.69	9.9	0.746	3847	0.908	0.976	0.244	0.787	0.772	99.9
1.69-1.72	11	0.724	3864	0.922	0.979	0.223	0.759	0.783	99.2
1.72-1.76	11.3	0.616	3860	0.95	0.987	0.187	0.644	0.79	99.7
1.76-1.8	11.4	0.542	3825	0.96	0.99	0.163	0.567	0.809	99.2
1.8-1.85	11.1	0.468	3873	0.969	0.992	0.142	0.49	0.816	98.8
1.85-1.9	10.6	0.371	3870	0.977	0.994	0.116	0.39	0.841	99.3
1.9-1.95	10.8	0.305	3839	0.983	0.996	0.094	0.32	0.856	99.3
1.95-2.02	11.1	0.247	3839	0.99	0.997	0.075	0.259	0.902	98.4
2.02-2.09	10.8	0.198	3844	0.989	0.997	0.062	0.208	0.939	98.8
2.09-2.17	10.4	0.16	3893	0.992	0.998	0.051	0.168	0.977	99
2.17-2.27	9.7	0.134	3890	0.993	0.998	0.044	0.142	1.003	99.6
2.27-2.39	10.3	0.114	3901	0.994	0.998	0.037	0.12	1.032	99.5
2.39-2.54	10.2	0.096	3919	0.996	0.999	0.031	0.101	1.082	99.8
2.54-2.74	9.8	0.079	3950	0.997	0.999	0.026	0.083	1.063	99.7
2.74-3.01	9.7	0.064	3924	0.997	0.999	0.021	0.068	1.13	99.5
3.01-3.45	10.7	0.052	3992	0.998	1	0.017	0.055	1.237	99.7
3.45-4.34	11.2	0.043	4030	0.999	1	0.013	0.045	1.245	99.9
4.34-50	11.7	0.038	4221	0.999	1	0.012	0.04	0.98	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→33.52 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 1.864 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21417	3721	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18383	-	-	-
obs	0.1854	69256	92.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.512 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.16 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.6→33.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3952	0	161	389	4502

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	4233
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3815
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.802	1.678	5792
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.468	1.598	8803
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.617	5	511
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.323	23.35	200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.003	15	610
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.759	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	563
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	4802
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	939
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.296	1.366	2053
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.296	1.364	2052
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.944	2.04	2561
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.944	2.042	2562
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.979	1.595	2180
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.979	1.595	2181
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.979	2.322	3232
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.376	17.286	4815
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.152	16.898	4727
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.296	203	-
R_work	0.255	3840	-
obs	-	-	70.72 %

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