PDB-8jm3: Endo-deglycosylated hydroxynitrile lyase isozyme 5 mutant L331A f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jm3

タイトル

Endo-deglycosylated hydroxynitrile lyase isozyme 5 mutant L331A from Prunus communis complexed with 4H-benzo[d][1,3]dioxine-6-carbaldehyde

要素

(R)-mandelonitrile lyase

キーワード

LYASE / Hydroxynitrile lyase / FAD / hydrocynanation

機能・相同性

FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION

機能・相同性情報

生物種

Prunus dulcis (アーモンド)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Zheng, Y.-C. / Li, F.-L. / Yu, H.-L. / Xu, J.-H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Endo-deglycosylated hydroxynitrile lyase isozyme 5 mutant L331A from Prunus communis complexed with 4H-benzo[d][1,3]dioxine-6-carbaldehyde
著者: Zheng, Y.-C. / Li, F.-L. / Yu, H.-L. / Xu, J.-H.

履歴

登録	2023年6月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jm3.cif.gz	128.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jm3.ent.gz	94 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jm3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/8jm3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/8jm3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: (R)-mandelonitrile lyase

ヘテロ分子

61.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.648, 91.713, 129.724
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 7分子 A

#1: タンパク質

(R)-mandelonitrile lyase

分子量: 58972.355 Da / 分子数: 1 / 変異: L331A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Author stated the sequence reference is Genbank AAP84580.1, and the initial signal peptide (Met1 to Ser27) was exchanged into yeast α-factor subjected to cleavage during extracellular expression.
由来: (組換発現)

Prunus dulcis (アーモンド) / 遺伝子: ALMOND_2B028509 / 発現宿主:

Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X33 / 参照: (R)-mandelonitrile lyase

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 300分子

#3: 化合物	ChemComp-FQ6 / 4H-1,3-benzodioxine-6-carbaldehyde / 4H-benzo[d][1,3]dioxine-6-carbaldehyde 分子量: 164.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.88 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.25 詳細: tris-bicine, 100 mM, pH 8.25; CaCl2, 60 mM; MgCl2, 60 mM; PEG 500MME, 24%, v/v; PEG 20000, 12%, w/v PH範囲: 8.25-8.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97891 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97891 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 47153 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.9 % / CC_1/2: 0.998 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.114 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.12 / Χ²: 1.115 / Net I/σ(I): 5 / Num. measured all: 515252

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.9-1.93	11.2	0.839	2309	0.86	0.962	0.261	0.879	0.488	100
1.93-1.97	11.2	0.718	2319	0.9	0.973	0.224	0.753	0.501	100
1.97-2.01	11.2	0.586	2332	0.927	0.981	0.183	0.614	0.531	100
2.01-2.05	11.2	0.513	2315	0.934	0.983	0.16	0.537	0.566	100
2.05-2.09	11.1	0.447	2319	0.943	0.985	0.14	0.469	0.591	100
2.09-2.14	11.2	0.374	2327	0.961	0.99	0.117	0.393	0.663	100
2.14-2.19	11.1	0.342	2326	0.967	0.992	0.107	0.358	0.725	100
2.19-2.25	10.9	0.299	2343	0.969	0.992	0.094	0.313	0.74	100
2.25-2.32	10.6	0.258	2310	0.975	0.994	0.082	0.271	0.843	99.8
2.32-2.39	9.4	0.23	2350	0.979	0.995	0.078	0.243	0.891	99.9
2.39-2.48	11.3	0.208	2348	0.984	0.996	0.064	0.218	0.989	100
2.48-2.58	11.6	0.184	2319	0.986	0.996	0.056	0.192	1.077	100
2.58-2.7	11.4	0.167	2381	0.989	0.997	0.051	0.175	1.192	100
2.7-2.84	11.3	0.145	2327	0.99	0.998	0.045	0.152	1.287	100
2.84-3.02	11.2	0.128	2380	0.992	0.998	0.04	0.135	1.482	100
3.02-3.25	10.7	0.112	2368	0.993	0.998	0.036	0.118	1.781	99.9
3.25-3.58	9.6	0.097	2380	0.995	0.999	0.032	0.103	2.137	99.8
3.58-4.09	11.5	0.087	2401	0.996	0.999	0.027	0.091	2.462	100
4.09-5.16	11	0.072	2433	0.997	0.999	0.023	0.076	2.201	100
5.16-50	10	0.052	2566	0.997	0.999	0.017	0.054	1.108	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→39.46 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 2.803 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19474	2421	5.1 %	RANDOM
R_work	0.15902	-	-	-
obs	0.16085	44669	99.52 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.149 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.18 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.95 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.9→39.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3948	0	161	296	4405

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	4222
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3818
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.717	1.674	5779
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.422	1.598	8810
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.501	5	513
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.704	23.317	202
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.446	15	613
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.081	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	564
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	4805
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	945
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.525	2.865	2055
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.521	2.863	2054
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.247	4.281	2564
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.246	4.283	2565
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.484	3.246	2167
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.479	3.24	2164
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.047	4.737	3209
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.17	35.101	4736
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.177	35.108	4737
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.903→1.952 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.221	173	-
R_work	0.206	3045	-
obs	-	-	94.23 %

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