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万見
- PDB-8jl8: Crystal structure of the collagen binding domain of Cnm from Stre... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jl8
タイトルCrystal structure of the collagen binding domain of Cnm from Streptococcus mutans
要素Collagen-binding adhesin
キーワードPROTEIN BINDING / Streptococcus mutans / Collagen binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


collagen binding / cell adhesion / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Collagen binding domain / Collagen binding domain / SDR-like Ig domain / Bacterial Ig domain / Fibrogen-binding domain 1 / Adhesion domain superfamily / LPXTG cell wall anchor motif / LPXTG cell wall anchor domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Collagen-binding adhesin
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus mutans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Tanaka, S.-i. / Hirata, A. / Takano, K.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)15K15749 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18K09735 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22K10233 日本
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2023
タイトル: Structure, Stability and Binding Properties of Collagen-Binding Domains from Streptococcus mutans.
著者: Nishi, A. / Matsui, H. / Hirata, A. / Mukaiyama, A. / Tanaka, S.-i. / Yoshizawa, T. / Matsumura, H. / Nomura, R. / Nakano, K. / Takano, K.
履歴
登録2023年6月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Collagen-binding adhesin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,71212
ポリマ－34,6711
非ポリマー1,04111
水1,982110
1
A: Collagen-binding adhesin
ヘテロ分子

A: Collagen-binding adhesin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,42524
ポリマ－69,3432
非ポリマー2,08222
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area2420 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area26760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.915, 40.915, 364.893
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Collagen-binding adhesin


分子量: 34671.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア)
遺伝子: cnm / プラスミド: pET42a / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B9A878
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 22% (w/v) PEG 6000, 100 mM Ammonium sulfate and 10% (v/v) Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→50 Å / Num. obs: 28413 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 27.2
反射 シェル解像度: 1.81→1.84 Å / Num. unique obs: 2689 / CC1/2: 0.736

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.81→45.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 0.003 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24631 1476 4.9 %RANDOM
Rwork0.22205 ---
obs0.22331 28413 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.867 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.36 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.36 Å2-0 Å2
3----0.73 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.81→45.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2236 0 59 110 2405
LS精密化 シェル解像度: 1.813→1.86 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 92 -
Rwork0.324 2082 -
obs--99.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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