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万見
- PDB-8jkk: Crystal Structure of the dioxygenase CcTet from Coprinopsis ciner... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jkk
タイトルCrystal Structure of the dioxygenase CcTet from Coprinopsis cinerea bound to 12bp 5-methylcytosine (5mC) containing duplex DNA
要素
  • 2OGFeDO JBP1/TET oxygenase domain-containing protein
  • DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*TP*CP*(5CM)P*GP*CP*TP*AP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*AP*GP*CP*TP*GP*AP*TP*CP*G)-3')
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA demethylase / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性2OGFeDO, oxygenase domain / Oxygenase domain of the 2OGFeDO superfamily / macromolecule modification / metal ion binding / : / N-OXALYLGLYCINE / DNA / DNA (> 10) / 2OGFeDO JBP1/TET oxygenase domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Coprinopsis cinerea (菌類)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zhang, L. / Zhang, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22077081 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024
タイトル: Molecular basis of an atypical dsDNA 5mC/6mA bifunctional dioxygenase CcTet from Coprinopsis cinerea in catalyzing dsDNA 5mC demethylation.
著者: Zhang, L. / Mu, Y. / Li, T. / Hu, J. / Lin, H. / Zhang, L.
履歴
登録2023年6月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: 2OGFeDO JBP1/TET oxygenase domain-containing protein
B: DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*TP*CP*(5CM)P*GP*CP*TP*AP*CP*G)-3')
C: DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*AP*GP*CP*TP*GP*AP*TP*CP*G)-3')
D: 2OGFeDO JBP1/TET oxygenase domain-containing protein
E: DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*TP*CP*(5CM)P*GP*CP*TP*AP*CP*G)-3')
F: DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*AP*GP*CP*TP*GP*AP*TP*CP*G)-3')
G: 2OGFeDO JBP1/TET oxygenase domain-containing protein
H: DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*TP*CP*(5CM)P*GP*CP*TP*AP*CP*G)-3')
I: DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*AP*GP*CP*TP*GP*AP*TP*CP*G)-3')
J: 2OGFeDO JBP1/TET oxygenase domain-containing protein
K: DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*TP*CP*(5CM)P*GP*CP*TP*AP*CP*G)-3')
L: DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*AP*GP*CP*TP*GP*AP*TP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,20720
ポリマ－214,39912
非ポリマー8088
水16,862936
1
A: 2OGFeDO JBP1/TET oxygenase domain-containing protein
B: DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*TP*CP*(5CM)P*GP*CP*TP*AP*CP*G)-3')
C: DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*AP*GP*CP*TP*GP*AP*TP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8025
ポリマ－53,6003
非ポリマー2022
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: 2OGFeDO JBP1/TET oxygenase domain-containing protein
E: DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*TP*CP*(5CM)P*GP*CP*TP*AP*CP*G)-3')
F: DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*AP*GP*CP*TP*GP*AP*TP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8025
ポリマ－53,6003
非ポリマー2022
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: 2OGFeDO JBP1/TET oxygenase domain-containing protein
H: DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*TP*CP*(5CM)P*GP*CP*TP*AP*CP*G)-3')
I: DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*AP*GP*CP*TP*GP*AP*TP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8025
ポリマ－53,6003
非ポリマー2022
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
J: 2OGFeDO JBP1/TET oxygenase domain-containing protein
K: DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*TP*CP*(5CM)P*GP*CP*TP*AP*CP*G)-3')
L: DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*AP*GP*CP*TP*GP*AP*TP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8025
ポリマ－53,6003
非ポリマー2022
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.569, 127.631, 212.236
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ADGJ

#1: タンパク質
2OGFeDO JBP1/TET oxygenase domain-containing protein


分子量: 46283.957 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Coprinopsis cinerea (strain Okayama-7 / 130 / ATCC MYA-4618 / FGSC 9003) (菌類)
遺伝子: CC1G_05589 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8P1J0

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DNA鎖 , 2種, 8分子 BEHKCFIL

#2: DNA鎖
DNA (5'-D(P*CP*GP*AP*TP*CP*(5CM)P*GP*CP*TP*AP*CP*G)-3')


分子量: 3637.395 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖
DNA (5'-D(P*CP*GP*TP*AP*GP*CP*TP*GP*AP*TP*CP*G)-3')


分子量: 3678.403 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 944分子

#4: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物
ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE / N-オキサリルグリシン


分子量: 147.086 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5NO5 / コメント: 阻害剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 936 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.21 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M NaCl, 20% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9875 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9875 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 104573 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.4 % / CC1/2: 0.98 / CC star: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.183 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.19 / Χ2: 1.066 / Net I/σ(I): 3.6 / Num. measured all: 1404090
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.3813.61.342103180.8390.9550.3751.3940.98799.8
2.38-2.4813.71.008103620.8940.9710.281.0470.99299.9
2.48-2.5913.70.799103240.9260.980.2220.830.97199.9
2.59-2.7313.30.589103920.9490.9870.1660.6120.98100
2.73-2.912.60.39104030.9680.9920.1130.4060.97199.8
2.9-3.1214.20.27103950.9870.9970.0740.280.96199.8
3.12-3.44140.166104380.9910.9980.0460.1730.94999.8
3.44-3.9313.30.133104980.9930.9980.0380.1381.16499.7
3.93-4.9513.20.086105260.9950.9990.0240.0890.93899.4
4.95-5012.80.087109170.9790.9950.0260.0911.75699.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18.2_3874: ???)精密化
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→21.98 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2162 4766 5.02 %
Rwork0.1869 --
obs0.1884 94917 90.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→21.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11960 1945 0 936 14841
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01614434
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.62820013
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.2045457
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1592208
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012255
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.330.27161110.23652001X-RAY DIFFRACTION61
2.33-2.350.30351100.22642169X-RAY DIFFRACTION66
2.35-2.380.25521320.22562264X-RAY DIFFRACTION69
2.38-2.410.29841360.21862327X-RAY DIFFRACTION70
2.41-2.440.26621250.21132394X-RAY DIFFRACTION74
2.44-2.480.22991250.21772540X-RAY DIFFRACTION76
2.48-2.510.27621360.22552536X-RAY DIFFRACTION78
2.51-2.550.25231650.21892689X-RAY DIFFRACTION81
2.55-2.590.27261400.23052718X-RAY DIFFRACTION84
2.59-2.630.26341960.23052847X-RAY DIFFRACTION87
2.63-2.680.29541330.22362977X-RAY DIFFRACTION90
2.68-2.730.26271560.2263103X-RAY DIFFRACTION94
2.73-2.780.30811470.22043114X-RAY DIFFRACTION94
2.78-2.840.23151720.21083115X-RAY DIFFRACTION94
2.84-2.90.2361740.21463290X-RAY DIFFRACTION100
2.9-2.960.25831640.21273301X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.040.27141700.21233291X-RAY DIFFRACTION100
3.04-3.120.23751830.20943306X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.210.23111510.19893343X-RAY DIFFRACTION100
3.21-3.310.21161670.19493287X-RAY DIFFRACTION100
3.31-3.430.22641770.18773317X-RAY DIFFRACTION100
3.43-3.570.2131760.18073302X-RAY DIFFRACTION100
3.57-3.730.2391830.19333278X-RAY DIFFRACTION99
3.73-3.930.17171730.16793315X-RAY DIFFRACTION99
3.93-4.170.19521900.15863262X-RAY DIFFRACTION98
4.17-4.490.16071990.1473325X-RAY DIFFRACTION100
4.49-4.940.17421720.14623376X-RAY DIFFRACTION100
4.94-5.640.21431640.16993398X-RAY DIFFRACTION100
5.64-7.070.18131660.17923457X-RAY DIFFRACTION100
7.07-21.980.15651730.163509X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -64.9102 Å / Origin y: -29.8562 Å / Origin z: -52.4847 Å
111213212223313233
T0.2113 Å20.0343 Å2-0.0023 Å2-0.142 Å20.0058 Å2--0.215 Å2
L0.2094 °2-0.0015 °2-0.0039 °2-0.0104 °20.0762 °2--0.3396 °2
S0.0012 Å °0.0631 Å °0.0073 Å °-0.0452 Å °-0.0338 Å °0.0239 Å °-0.0448 Å °-0.0004 Å °0.0295 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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