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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jka | ||||||
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タイトル | SP1746 in complex with AMP | ||||||
![]() | bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase (symmetrical) | ||||||
![]() | HYDROLASE / enzyme / HD domain superfamily protein / phosphohydrolase / unknown gene product / SP1746 | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jin, Y. / Niu, L. / Ke, J. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structural and biochemical characterization of a nucleotide hydrolase from Streptococcus pneumonia. 著者: Jin, Y. / Ke, J. / Zheng, P. / Zhang, H. / Zhu, Z. / Niu, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 57.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 39.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25051.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: SP_1746 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A0H2URF8, bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase (symmetrical) | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-AMP / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.16 % |
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結晶化 | 温度: 287.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 25% PEG4000, 0.15 M (NH4)2SO4, 0.1 M MES, pH 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→50.01 Å / Num. obs: 12006 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 18.4 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 53.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.32 Å / Num. unique obs: 1099 / CC1/2: 0.994 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.492 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.25→50.01 Å
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拘束条件 |
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