PDB-8jk3: Crystal Structure of Bel-1 Extended Spectrum Beta-lactamase in He...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jk3

タイトル

Crystal Structure of Bel-1 Extended Spectrum Beta-lactamase in Hexagonal Form

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / Beta-lactamase / Apo

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Dhankhar, K. / Hazra, S.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Bel-1 ESBL in Hexagonal Form
著者: Dhankhar, K. / Hazra, S.

履歴

登録	2023年5月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jk3.cif.gz	565.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jk3.ent.gz	355.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jk3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/8jk3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/8jk3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (5) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

59 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, monomer

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.192, 121.192, 72.128
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 29130.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: bla(BEL1), blaBEL-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3SAW3, beta-lactamase

-
非ポリマー , 7種, 622分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: alkaloid*YM
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 608 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.25 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M HEPES sodium pH 7.5, 30% v/v 2-Propanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月1日 / 詳細: X ray optics
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→29.126 Å / Num. obs: 96340 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.6 % / CC_1/2: 0.99 / CC star: 0.059 / Net I/σ(I): 18.4
反射シェル	解像度: 1.5→8.22 Å / Num. unique obs: 8448 / CC_1/2: 0.418

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
CrysalisPro		データ削減
CrysalisPro		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→29.126 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.979 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 4.271 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.073 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2088	4975	5.176 %
R_work	0.15	91144	-
all	0.153	-	-
obs	-	96119	99.751 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.523 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.048 Å²	-0.024 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.048 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.156 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→29.126 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4063	0	38	608	4709

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.012	4192
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4037
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.009	1.651	5676
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.675	1.568	9280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.103	5	540
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.008	5	30
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.635	10	708
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.773	10	180
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	653
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	4972
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	944
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.239	0.2	972
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	3910
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	2131
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	2356
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.227	0.2	411
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.053	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.454	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.255	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.209	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.275	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.018	2.003	2152
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.003	2.002	2151
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.526	3.599	2694
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.532	3.6	2695
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.702	2.39	2040
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.702	2.391	2041
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.476	4.214	2982
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.476	4.215	2983
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.403	23.809	5041
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.398	23.804	5038
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.93	3	8229

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.5-1.539	0.341	375	0.339	6661	0.339	7072	0.918	0.918	99.491	0.341
1.539-1.581	0.341	357	0.295	6547	0.298	6904	0.915	0.937	100	0.297
1.581-1.627	0.294	319	0.264	6348	0.266	6667	0.939	0.95	100	0.263
1.627-1.676	0.278	361	0.218	6222	0.222	6583	0.946	0.967	100	0.214
1.676-1.731	0.266	336	0.198	5992	0.201	6329	0.95	0.973	99.9842	0.191
1.731-1.792	0.229	339	0.164	5751	0.168	6090	0.967	0.983	100	0.154
1.792-1.859	0.249	277	0.167	5647	0.171	5928	0.961	0.984	99.9325	0.149
1.859-1.935	0.234	296	0.149	5390	0.154	5687	0.968	0.987	99.9824	0.127
1.935-2.02	0.225	273	0.133	5194	0.137	5469	0.971	0.99	99.9634	0.111
2.02-2.119	0.187	227	0.121	4972	0.124	5205	0.98	0.992	99.8847	0.103
2.119-2.232	0.196	282	0.119	4667	0.123	4964	0.976	0.992	99.6978	0.098
2.232-2.367	0.192	264	0.117	4418	0.122	4697	0.978	0.992	99.6806	0.095
2.367-2.529	0.178	217	0.102	4224	0.106	4465	0.982	0.994	99.4625	0.085
2.529-2.73	0.191	185	0.117	3898	0.12	4113	0.978	0.992	99.2706	0.098
2.73-2.988	0.173	224	0.126	3569	0.129	3814	0.982	0.991	99.4494	0.108
2.988-3.336	0.198	175	0.127	3245	0.131	3443	0.977	0.991	99.332	0.113
3.336-3.844	0.174	154	0.144	2889	0.145	3054	0.982	0.989	99.6398	0.136
3.844-4.688	0.181	144	0.127	2459	0.13	2620	0.98	0.991	99.3511	0.124
4.688-6.545	0.195	108	0.157	1924	0.159	2037	0.981	0.988	99.7545	0.153
6.545-29.126	0.203	62	0.16	1127	0.162	1202	0.976	0.986	98.9185	0.157

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