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- PDB-8jjr: Cryo-EM structure of Symbiodinium photosystem I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jjr
タイトルCryo-EM structure of Symbiodinium photosystem I
要素
  • PCP-11
  • PCPI-1
  • PCPI-10
  • PCPI-12
  • PCPI-13
  • PCPI-2
  • PCPI-3
  • PCPI-4
  • PCPI-5
  • PCPI-6
  • PCPI-7
  • PCPI-8
  • PCPI-9
  • PsaA
  • PsaB
  • PsaC
  • PsaD
  • PsaE
  • PsaF
  • PsaI
  • PsaJ
  • PsaL
  • PsaM
  • PsaR
  • PsaT
  • PsaU
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Symbiodinium / Photosystem I
機能・相同性
機能・相同性情報


BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A / Chem-DD6 / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / Chlorophyll c2 / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PERIDININ / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER ...BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A / Chem-DD6 / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / Chlorophyll c2 / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PERIDININ / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-SQD / :
類似検索 - 構成要素
生物種Symbiodinium sp. (真核生物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Zhao, L.S. / Wang, N. / Li, K. / Zhang, Y.Z. / Liu, L.N.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Architecture of symbiotic dinoflagellate photosystem I-light-harvesting supercomplex in Symbiodinium.
著者: Long-Sheng Zhao / Ning Wang / Kang Li / Chun-Yang Li / Jian-Ping Guo / Fei-Yu He / Gui-Ming Liu / Xiu-Lan Chen / Jun Gao / Lu-Ning Liu / Yu-Zhong Zhang /
要旨: Symbiodinium are the photosynthetic endosymbionts for corals and play a vital role in supplying their coral hosts with photosynthetic products, forming the nutritional foundation for high-yield coral ...Symbiodinium are the photosynthetic endosymbionts for corals and play a vital role in supplying their coral hosts with photosynthetic products, forming the nutritional foundation for high-yield coral reef ecosystems. Here, we determine the cryo-electron microscopy structure of Symbiodinium photosystem I (PSI) supercomplex with a PSI core composed of 13 subunits including 2 previously unidentified subunits, PsaT and PsaU, as well as 13 peridinin-Chl a/c-binding light-harvesting antenna proteins (AcpPCIs). The PSI-AcpPCI supercomplex exhibits distinctive structural features compared to their red lineage counterparts, including extended termini of PsaD/E/I/J/L/M/R and AcpPCI-1/3/5/7/8/11 subunits, conformational changes in the surface loops of PsaA and PsaB subunits, facilitating the association between the PSI core and peripheral antennae. Structural analysis and computational calculation of excitation energy transfer rates unravel specific pigment networks in Symbiodinium PSI-AcpPCI for efficient excitation energy transfer. Overall, this study provides a structural basis for deciphering the mechanisms governing light harvesting and energy transfer in Symbiodinium PSI-AcpPCI supercomplexes adapted to their symbiotic ecosystem, as well as insights into the evolutionary diversity of PSI-LHCI among various photosynthetic organisms.
履歴
登録2023年5月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PCPI-7
B: PCPI-1
C: PCP-11
D: PCPI-6
E: PCPI-5
F: PCPI-8
G: PCPI-4
H: PCPI-10
I: PCPI-3
J: PCPI-9
K: PCPI-13
T: PCPI-12
U: PCPI-2
a: PsaA
b: PsaB
c: PsaC
d: PsaD
e: PsaE
f: PsaF
i: PsaI
j: PsaJ
l: PsaL
m: PsaM
r: PsaR
x: PsaT
y: PsaU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)958,334349
ポリマ－704,34026
非ポリマー253,994323
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 26種, 26分子 ABCDEFGHIJKTUabcdefijlmrxy

#1: タンパク質 PCPI-7


分子量: 27129.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium sp. (真核生物)
#2: タンパク質 PCPI-1


分子量: 28182.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium sp. (真核生物)
#3: タンパク質 PCP-11


分子量: 21707.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium sp. (真核生物)
#4: タンパク質 PCPI-6


分子量: 19572.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium sp. (真核生物)
#5: タンパク質 PCPI-5


分子量: 26752.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium sp. (真核生物)
#6: タンパク質 PCPI-8


分子量: 30544.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium sp. (真核生物)
#7: タンパク質 PCPI-4


分子量: 24445.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium sp. (真核生物)
#8: タンパク質 PCPI-10


分子量: 27998.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium sp. (真核生物)
#9: タンパク質 PCPI-3


分子量: 27409.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium sp. (真核生物)
#10: タンパク質 PCPI-9


分子量: 22091.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium sp. (真核生物)
#11: タンパク質 PCPI-13


分子量: 23286.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium sp. (真核生物)
#12: タンパク質 PCPI-12


分子量: 21881.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium sp. (真核生物)
#13: タンパク質 PCPI-2


分子量: 15403.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium sp. (真核生物)
#14: タンパク質 PsaA


分子量: 76579.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium sp. (真核生物)
#15: タンパク質 PsaB


分子量: 74857.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium sp. (真核生物)
#16: タンパク質 PsaC


分子量: 16733.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium sp. (真核生物)
#17: タンパク質 PsaD


分子量: 32748.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium sp. (真核生物)
#18: タンパク質 PsaE


分子量: 13089.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium sp. (真核生物)
#19: タンパク質 PsaF


分子量: 29733.779 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium sp. (真核生物)
#20: タンパク質 PsaI


分子量: 19725.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium sp. (真核生物)
#21: タンパク質 PsaJ


分子量: 15832.114 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium sp. (真核生物)
#22: タンパク質 PsaL


分子量: 38708.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium sp. (真核生物)
#23: タンパク質 PsaM


分子量: 14969.780 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium sp. (真核生物)
#24: タンパク質 PsaR


分子量: 17253.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium sp. (真核生物)
#25: タンパク質 PsaT


分子量: 13400.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium sp. (真核生物)
#26: タンパク質 PsaU


分子量: 24303.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium sp. (真核生物)

-
糖 , 2種, 5分子

#35: 糖
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15
#36: 糖 ChemComp-LMU / DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 11種, 318分子

#27: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#28: 化合物
ChemComp-KC2 / Chlorophyll c2


分子量: 608.926 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H28MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#29: 化合物
ChemComp-UIX / [(1~{S},5~{R})-3,3,5-trimethyl-5-oxidanyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{S},4~{S},6~{R})-2,2,6-trimethyl-4-oxidanyl-7-oxabicyclo[4.1.0]heptan-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenylidene]cyclohexyl] ethanoate / Dinoxanthin


分子量: 642.907 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H58O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#30: 化合物...
ChemComp-DD6 / (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol / Diadinoxanthin


分子量: 582.855 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#31: 化合物 ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#32: 化合物
ChemComp-PID / PERIDININ


分子量: 630.810 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H50O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#33: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#34: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#37: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#38: 化合物
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#39: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Photosystem I of Symbiodinium / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#26 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Symbiodinium sp. (真核生物)
緩衝液pH: 6.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 161863 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00858982
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.09883744
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.80818942
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0817444
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00617877

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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