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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jjm | |||||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of a multifunctional enzyme (Amy63) from Vibrio alginolyticus 63 | |||||||||
![]() | Amy63 | |||||||||
![]() | HYDROLASE / amylase | |||||||||
機能・相同性 | ![]() hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / calcium ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Sun, Y.F. / Zhang, W. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The novel amylase function of the carboxyl terminal domain of Amy63. 著者: Sun, Y. / Liu, G. / Liu, G. / Tang, H. / Sun, C. / Zhang, W. / Chen, L. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 283.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 180.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56005.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.39 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES, 70% MPD, pH8.0 |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月16日 | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→35.79 Å / Num. obs: 101586 / % possible obs: 90.73 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 19.76 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.1084 / Net I/σ(I): 12.26 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.803→1.868 Å / Num. unique obs: 101586 / CC1/2: 0.994 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.21 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→35.79 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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