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- PDB-8jjm: X-ray crystal structure of a multifunctional enzyme (Amy63) from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jjm
タイトルX-ray crystal structure of a multifunctional enzyme (Amy63) from Vibrio alginolyticus 63
要素Amy63
キーワードHYDROLASE / amylase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #140 / Alpha-amylase, thermostable / Alpha-amylase C-terminal, prokaryotic / Alpha-amylase C-terminal / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Glycosyl hydrolase, all-beta ...Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #140 / Alpha-amylase, thermostable / Alpha-amylase C-terminal, prokaryotic / Alpha-amylase C-terminal / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Vibrio alginolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Sun, Y.F. / Zhang, W.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)11179012 中国
National Basic Research Program of China (973 Program)2011CB710800 中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2023
タイトル: The novel amylase function of the carboxyl terminal domain of Amy63.
著者: Sun, Y. / Liu, G. / Liu, G. / Tang, H. / Sun, C. / Zhang, W. / Chen, L.
履歴
登録2023年5月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amy63
B: Amy63
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,54212
ポリマ－112,0122
非ポリマー53110
水17,439968
1
A: Amy63
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2716
ポリマ－56,0061
非ポリマー2655
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area210 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area17760 Å2
手法PISA
2
B: Amy63
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2716
ポリマ－56,0061
非ポリマー2655
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area210 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area17810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.785, 55.495, 106.755
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.290, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Amy63


分子量: 56005.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio alginolyticus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0S2UQL4
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 968 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.39 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES, 70% MPD, pH8.0

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRF BL17U110.9792
シンクロトロンNFPSS BL19U120.9792
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→35.79 Å / Num. obs: 101586 / % possible obs: 90.73 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 19.76 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.1084 / Net I/σ(I): 12.26
反射 シェル解像度: 1.803→1.868 Å / Num. unique obs: 101586 / CC1/2: 0.994

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→35.79 Å / SU ML: 0.1505 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.8424
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1919 2007 2.18 %
Rwork0.1608 90197 -
obs0.1615 92204 90.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→35.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7926 0 24 968 8918
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00768202
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.912911146
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05621078
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00661434
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.14361066
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.850.2674660.22833138X-RAY DIFFRACTION44.17
1.85-1.90.28451020.2224213X-RAY DIFFRACTION60.32
1.9-1.950.2431130.2075319X-RAY DIFFRACTION75.17
1.95-2.020.23031420.19946510X-RAY DIFFRACTION92.07
2.02-2.090.22541570.18626937X-RAY DIFFRACTION98.9
2.09-2.170.24471490.187070X-RAY DIFFRACTION99.79
2.17-2.270.22331620.17147105X-RAY DIFFRACTION99.88
2.27-2.390.20371560.16757044X-RAY DIFFRACTION99.94
2.39-2.540.20351620.1667061X-RAY DIFFRACTION99.88
2.54-2.740.19841580.1677100X-RAY DIFFRACTION99.83
2.74-3.010.17921580.16117098X-RAY DIFFRACTION100
3.01-3.450.14291590.15117135X-RAY DIFFRACTION100
3.45-4.340.17411600.12897147X-RAY DIFFRACTION99.85
4.34-35.790.17831630.157320X-RAY DIFFRACTION99.72

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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