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万見
- PDB-8jjc: Tubulin-Y62 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jjc
タイトルTubulin-Y62
要素
  • Stathmin-4
  • TTL
  • Tubulin alpha-1B chain
  • Tubulin beta chain
キーワードCELL CYCLE / Microtubule
機能・相同性
機能・相同性情報


Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / PKR-mediated signaling ...Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / PKR-mediated signaling / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Aggrephagy / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Separation of Sister Chromatids / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate Formins / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / MHC class II antigen presentation / microtubule depolymerization / COPI-mediated anterograde transport / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron projection development / microtubule cytoskeleton / mitotic cell cycle / growth cone / microtubule / neuron projection / GTPase activity / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. / Stathmin family signature 2. / Stathmin-like (SLD) domain profile. / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site ...Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. / Stathmin family signature 2. / Stathmin-like (SLD) domain profile. / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / Tubulin beta chain / Stathmin-4 / Tubulin alpha-1B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Gallus gallus (ニワトリ)
Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Yang, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China) 中国
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structure-based design and synthesis of BML284 derivatives: A novel class of colchicine-site noncovalent tubulin degradation agents.
著者: Zhang, C. / Yan, W. / Liu, Y. / Tang, M. / Teng, Y. / Wang, F. / Hu, X. / Zhao, M. / Yang, J. / Li, Y.
履歴
登録2023年5月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha-1B chain
B: Tubulin beta chain
C: Tubulin alpha-1B chain
D: Tubulin beta chain
E: Stathmin-4
F: TTL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)266,46225
ポリマ－262,9596
非ポリマー3,50319
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)104.493, 157.005, 180.398
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1 through 50 or resid 52...
d_2ens_1(chain "C" and (resid 1 through 50 or resid 52...
d_1ens_2(chain "B" and (resid 2 through 38 or (resid 39...
d_2ens_2(chain "D" and (resid 2 through 161 or resid 163...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1METMETASNASNAA1 - 501 - 50
d_12ens_1PHEPHEPHEPHEAA52 - 6752 - 67
d_13ens_1ASPASPPHEPHEAA69 - 8769 - 87
d_14ens_1PROPROLEULEUAA89 - 11989 - 119
d_15ens_1ARGARGALAALAAA121 - 180121 - 180
d_16ens_1VALVALALAALAAA182 - 314182 - 314
d_17ens_1CYSCYSASPASPAA316 - 438316 - 438
d_18ens_1GTPGTPGTPGTPAG501
d_19ens_1MGMGMGMGAH502
d_21ens_1METMETASNASNCC1 - 501 - 50
d_22ens_1PHEPHEPHEPHECC52 - 6752 - 67
d_23ens_1ASPASPPHEPHECC69 - 8769 - 87
d_24ens_1PROPROLEULEUCC89 - 11989 - 119
d_25ens_1ARGARGALAALACC121 - 180121 - 180
d_26ens_1VALVALALAALACC182 - 314182 - 314
d_27ens_1CYSCYSASPASPCC316 - 438316 - 438
d_28ens_1GTPGTPGTPGTPCQ501
d_29ens_1MGMGMGMGCR502
d_11ens_2ARGARGASPASPBB2 - 1612 - 161
d_12ens_2ILEILESERSERBB163 - 275163 - 275
d_13ens_2LEULEUALAALABB284 - 438284 - 430
d_21ens_2ARGARGASPASPDD2 - 1612 - 161
d_22ens_2ILEILEALAALADD163 - 438163 - 430

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.945286255394, -0.254840184591, -0.20369186454), (0.281612559999, 0.952600596563, 0.115093307707), (0.164706591895, -0.166158309288, 0.972246447585)22.8742655775, -64.1364609998, -53.8593565915
2given(0.949131582542, -0.230835230175, -0.214159602939), (0.257604244864, 0.960359471985, 0.106535147234), (0.181078137965, -0.156284295686, 0.970971640612)22.2768354455, -63.8380246218, -54.6154367473

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要素

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タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質 Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain


分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q2XVP4
#2: タンパク質 Tubulin beta chain / Beta-tubulin


分子量: 48299.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P02554
#3: タンパク質 Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3


分子量: 22125.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質 TTL


分子量: 43825.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 9種, 35分子

#5: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 化合物 ChemComp-UPO / 4-(6,7-dimethoxy-3,4-dihydro-1~{H}-isoquinolin-2-yl)-6-(3-methoxyphenyl)pyrimidin-2-amine


分子量: 392.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H24N4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#11: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#12: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#13: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 6% poly(ethylene glycol) 4000, 8% glycerol, 0.1 M MES (pH 6.7), 30 mM CaCl2, 30 mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97777 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97777 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.76→93.73 Å / Num. obs: 1818003 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 70.65 Å2 / CC1/2: 0.83 / Net I/σ(I): 7.62
反射 シェル解像度: 2.76→2.89 Å / Num. unique obs: 25474 / CC1/2: 0.12

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.76→47.74 Å / SU ML: 0.4122 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.774
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2643 1142 1.5 %
Rwork0.2353 75002 -
obs0.2357 76144 99.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 69.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.76→47.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17073 0 180 16 17269
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003717691
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.679624058
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04392654
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00443121
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.36016422
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.50884597106
ens_2d_2BBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.07412231329
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.76-2.890.38321340.34158819X-RAY DIFFRACTION94.74
2.89-3.040.34281420.30369326X-RAY DIFFRACTION100
3.04-3.230.3321430.30369346X-RAY DIFFRACTION99.99
3.23-3.480.32041430.26989404X-RAY DIFFRACTION100
3.48-3.830.28291430.23839376X-RAY DIFFRACTION99.99
3.83-4.390.23991430.21229442X-RAY DIFFRACTION100
4.39-5.520.22591450.19739500X-RAY DIFFRACTION99.99
5.52-47.740.23111490.22319789X-RAY DIFFRACTION99.67

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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