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- PDB-8jj9: Human FAM91A1 N terminal domain in complex with TBC1D23 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jj9
タイトルHuman FAM91A1 N terminal domain in complex with TBC1D23
要素
  • Protein FAM91A1
  • TBC1 domain family member 23
キーワードTRANSPORT PROTEIN/UNKNOWN FUNCTION / TRANSPORT PROTEIN-UNKNOWN FUNCTION complex
機能・相同性
機能・相同性情報


vesicle tethering to Golgi / embryonic brain development / retrograde transport, endosome to Golgi / RHOH GTPase cycle / vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / trans-Golgi network / brain development / neuron projection development / cytoplasmic vesicle ...vesicle tethering to Golgi / embryonic brain development / retrograde transport, endosome to Golgi / RHOH GTPase cycle / vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / trans-Golgi network / brain development / neuron projection development / cytoplasmic vesicle / Golgi apparatus / cytosol
類似検索 - 分子機能
TBC1 domain family member 23 / TBC1 domain family member 23, C-terminal domain / TBC1 domain family member 23 C-terminal / FAM91, N-terminal domain / FAM91, C-terminal domain / FAM91 / FAM91 N-terminus / FAM91 C-terminus / Domain in Tre-2, BUB2p, and Cdc16p. Probable Rab-GAPs. / Rab-GTPase-TBC domain ...TBC1 domain family member 23 / TBC1 domain family member 23, C-terminal domain / TBC1 domain family member 23 C-terminal / FAM91, N-terminal domain / FAM91, C-terminal domain / FAM91 / FAM91 N-terminus / FAM91 C-terminus / Domain in Tre-2, BUB2p, and Cdc16p. Probable Rab-GAPs. / Rab-GTPase-TBC domain / Rab-GTPase-TBC domain superfamily / Rab-GTPase-TBC domain / TBC/rab GAP domain profile. / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein FAM91A1 / TBC1 domain family member 23
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Deng, H.Q. / Zhang, S.T. / Jia, D.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)92254302 中国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: FAM91A1-TBC1D23 complex structure reveals human genetic variations susceptible for PCH.
著者: Zhao, L. / Deng, H. / Yang, Q. / Tang, Y. / Zhao, J. / Li, P. / Zhang, S. / Yong, X. / Li, T. / Billadeau, D.D. / Jia, D.
履歴
登録2023年5月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein FAM91A1
B: Protein FAM91A1
C: TBC1 domain family member 23
D: TBC1 domain family member 23


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,5834
ポリマ－77,5834
非ポリマー00
水3,045169
1
A: Protein FAM91A1
B: Protein FAM91A1
C: TBC1 domain family member 23
D: TBC1 domain family member 23

A: Protein FAM91A1
B: Protein FAM91A1
C: TBC1 domain family member 23
D: TBC1 domain family member 23

A: Protein FAM91A1
B: Protein FAM91A1
C: TBC1 domain family member 23
D: TBC1 domain family member 23


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,74912
ポリマ－232,74912
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z3
Buried area2000 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area16750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.212, 93.558, 111.514
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Protein FAM91A1


分子量: 36426.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FAM91A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q658Y4
#2: タンパク質・ペプチド TBC1 domain family member 23 / HCV non-structural protein 4A-transactivated protein 1


分子量: 2364.706 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TBC1D23
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NUY8
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.37 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Tetraethylene glycol, Pentaethylene glycol, PH8.5 Tris, Ethylene glycol, PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.51→111.51 Å / Num. obs: 32278 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 0.145 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.51→2.58 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2358 / Rpim(I) all: 0.885 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
DIALSデータスケーリング
PDB_EXTRACTデータ抽出
autoPROCデータ削減
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.51→41.01 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.67 / 位相誤差: 27.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2766 1592 4.95 %
Rwork0.2245 --
obs0.2252 32210 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→41.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5229 0 0 169 5398
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0115346
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1367228
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.83713
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056791
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.012917
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.51-2.590.35771640.29172734X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.680.35881520.2772716X-RAY DIFFRACTION100
2.68-2.790.29911350.26262755X-RAY DIFFRACTION100
2.79-2.920.30321500.24922723X-RAY DIFFRACTION100
2.92-3.070.29581270.22822767X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.260.25371440.23022771X-RAY DIFFRACTION100
3.26-3.520.2861160.22352782X-RAY DIFFRACTION100
3.52-3.870.26291530.19872767X-RAY DIFFRACTION100
3.87-4.430.22861450.18082814X-RAY DIFFRACTION100
4.43-5.580.22271340.19482837X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 38.4602 Å / Origin y: 0.2825 Å / Origin z: 28.4806 Å
111213212223313233
T0.0681 Å2-0.0157 Å20.0148 Å2-0.0679 Å2-0.048 Å2--0.0318 Å2
L0.4535 °2-0.169 °20.0506 °2-0.303 °2-0.0354 °2--0.1273 °2
S-0.0441 Å °0.0739 Å °-0.0196 Å °-0.0155 Å °-0.0325 Å °0.0227 Å °-0.0268 Å °-0.0427 Å °-0.1346 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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