[English] 日本語
Yorodumi- PDB-8ji7: Crystal structure of AetD in complex with L-tryptophan and two Fe2+ -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8ji7 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of AetD in complex with L-tryptophan and two Fe2+ | ||||||
Components | AetD | ||||||
Keywords | METAL BINDING PROTEIN / nitrile synthase / iron-dependent / L-tryptophan | ||||||
Function / homology | Haem oxygenase-like, multi-helical / metal ion binding / : / NICKEL (II) ION / TRYPTOPHAN / AetD Function and homology information | ||||||
Biological species | Aetokthonos hydrillicola Thurmond2011 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.61 Å | ||||||
Authors | Li, H. / Dai, L. / Zheng, H.B. / Chen, C.-C. / Guo, R.-T. | ||||||
Funding support | China, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2023 Title: The structural and functional investigation into an unusual nitrile synthase. Authors: Li, H. / Huang, J.W. / Dai, L. / Zheng, H. / Dai, S. / Zhang, Q. / Yao, L. / Yang, Y. / Yang, Y. / Min, J. / Guo, R.T. / Chen, C.C. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8ji7.cif.gz | 124.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb8ji7.ent.gz | 92.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8ji7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8ji7_validation.pdf.gz | 3.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 8ji7_full_validation.pdf.gz | 3.4 MB | Display | |
Data in XML | 8ji7_validation.xml.gz | 25.3 KB | Display | |
Data in CIF | 8ji7_validation.cif.gz | 38.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ji/8ji7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ji/8ji7 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8ji2C 8ji3C 8ji4C 8ji5C 8ji6C C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 28650.547 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Aetokthonos hydrillicola Thurmond2011 (bacteria) Gene: aetD / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A861B387 #2: Chemical | ChemComp-FE2 / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-NI / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.19 Å3/Da / Density % sol: 43.71 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.01 M nickel chloride, 20% PEG 2000 MME, 0.1 M Tris, pH 8.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSRRC / Beamline: TPS 05A / Wavelength: 0.9998 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 9M / Detector: PIXEL / Date: May 19, 2023 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9998 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.61→25 Å / Num. obs: 63234 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 5 % / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.042 / Χ2: 0.853 / Net I/σ(I): 22.7 / Num. measured all: 313433 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.61→23.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 2.969 / SU ML: 0.1 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.124 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 20.334 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 1.61→23.42 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|