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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ji3 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of AetD in complex with 5,7-dibromo-L-tryptophan and two Fe2+ | ||||||
要素 | AetD | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / nitrile synthase / iron-dependent / 5 / 7-dibromo-L-tryptophan | ||||||
機能・相同性 | Haem oxygenase-like, multi-helical / metal ion binding / Chem-67I / : / NICKEL (II) ION / AetD 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Aetokthonos hydrillicola Thurmond2011 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å | ||||||
データ登録者 | Li, H. / Dai, L. / Zheng, H.B. / Chen, C.-C. / Guo, R.-T. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: The structural and functional investigation into an unusual nitrile synthase. 著者: Li, H. / Huang, J.W. / Dai, L. / Zheng, H. / Dai, S. / Zhang, Q. / Yao, L. / Yang, Y. / Yang, Y. / Min, J. / Guo, R.T. / Chen, C.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ji3.cif.gz | 115.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ji3.ent.gz | 86.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ji3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ji3_validation.pdf.gz | 2.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ji3_full_validation.pdf.gz | 2.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8ji3_validation.xml.gz | 21 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ji3_validation.cif.gz | 29.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ji/8ji3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ji/8ji3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28650.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aetokthonos hydrillicola Thurmond2011 (バクテリア) 遺伝子: aetD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A861B387 #2: 化合物 | ChemComp-FE2 / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-NI / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.89 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.01 M nickel chloride, 20% PEG 2000 MME, 0.1 M Tris, pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.9998 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月19日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9998 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.78→25 Å / Num. obs: 47258 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.5 % / CC1/2: 0.991 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.061 / Χ2: 0.944 / Net I/σ(I): 15.7 / Num. measured all: 210445 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.78→23.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 3.532 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.826 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.78→23.44 Å
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拘束条件 |
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