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万見
- PDB-8jhz: Cryo-EM structure of the TcsH-TMPRSS2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jhz
タイトルCryo-EM structure of the TcsH-TMPRSS2 complex
要素
  • Hemorrhagic toxin
  • Transmembrane protease serine 2
キーワードTOXIN/HYDROLASE / TcsH / TMPESS2 / TOXIN-HYDROLASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane protease serine 2 / host cell cytosol / glycosyltransferase activity / protein autoprocessing / cysteine-type peptidase activity / Attachment and Entry / serine-type peptidase activity / host cell endosome membrane / toxin activity / viral translation ...transmembrane protease serine 2 / host cell cytosol / glycosyltransferase activity / protein autoprocessing / cysteine-type peptidase activity / Attachment and Entry / serine-type peptidase activity / host cell endosome membrane / toxin activity / viral translation / Induction of Cell-Cell Fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Scavenger receptor cysteine-rich domain / TcdA/TcdB toxin, N-terminal helical domain / TcdB toxin N-terminal helical domain / TcdA/TcdB toxin, catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB catalytic glycosyltransferase domain / SRCR domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain / TcdA/TcdB toxin, pore forming domain / SRCR-like domain superfamily ...Scavenger receptor cysteine-rich domain / TcdA/TcdB toxin, N-terminal helical domain / TcdB toxin N-terminal helical domain / TcdA/TcdB toxin, catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB catalytic glycosyltransferase domain / SRCR domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain / TcdA/TcdB toxin, pore forming domain / SRCR-like domain superfamily / TcdA/TcdB pore forming domain / Scavenger receptor Cys-rich / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family / CGT/MARTX cysteine protease (CPD) domain profile. / Choline-binding repeat / Putative cell wall binding repeat / Cell wall/choline-binding repeat / Cell wall-binding repeat profile. / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemorrhagic toxin / Transmembrane protease serine 2
類似検索 - 構成要素
生物種Paeniclostridium sordellii (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Zhou, R. / Liang, T. / Zhan, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Molecular basis of TMPRSS2 recognition by Paeniclostridium sordellii hemorrhagic toxin.
著者: Ruoyu Zhou / Liuqing He / Jiahao Zhang / Xiaofeng Zhang / Yanyan Li / Xiechao Zhan / Liang Tao /
要旨: Hemorrhagic toxin (TcsH) is a major virulence factor produced by Paeniclostridium sordellii, which is a non-negligible threat to women undergoing childbirth or abortions. Recently, Transmembrane ...Hemorrhagic toxin (TcsH) is a major virulence factor produced by Paeniclostridium sordellii, which is a non-negligible threat to women undergoing childbirth or abortions. Recently, Transmembrane Serine Protease 2 (TMPRSS2) was identified as a host receptor of TcsH. Here, we show the cryo-EM structures of the TcsH-TMPRSS2 complex and uncover that TcsH binds to the serine protease domain (SPD) of TMPRSS2 through the CROP unit-VI. This receptor binding mode is unique among LCTs. Five top surface loops of TMPRSS2, which also determine the protease substrate specificity, constitute the structural determinants recognized by TcsH. The binding of TcsH inhibits the proteolytic activity of TMPRSS2, whereas its implication in disease manifestations remains unclear. We further show that mutations selectively disrupting TMPRSS2-binding reduce TcsH toxicity in the intestinal epithelium of the female mice. These findings together shed light on the distinct molecular basis of TcsH-TMPRSS2 interactions, which expands our knowledge of host recognition mechanisms employed by LCTs and provides novel targets for developing therapeutics against P. sordellii infections.
履歴
登録2023年5月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemorrhagic toxin
B: Transmembrane protease serine 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)347,4543
ポリマ－347,3882
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Hemorrhagic toxin


分子量: 300675.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paeniclostridium sordellii (バクテリア)
遺伝子: tcsH / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: M9ZTT7
#2: タンパク質 Transmembrane protease serine 2 / Serine protease 10


分子量: 46712.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TMPRSS2, PRSS10 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15393, transmembrane protease serine 2
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The TcsH-TMPRSS2 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
31Paeniclostridium sordellii (バクテリア)1505
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
31Bacillus subtilis (枯草菌)1432
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: NO

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 87378 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.2 Å
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00719712
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.63926693
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.3162568
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0482951
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0043435

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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