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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jhp | ||||||
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タイトル | Another hairpin structure found in the RNA element involved in piRNA biogenesis | ||||||
要素 | RNA (27-MER) | ||||||
キーワード | RNA / cis element | ||||||
機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Takase, N. / Kawai, G. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Another hairpin structure found in the RNA element involved in piRNA biogenesis 著者: Takase, N. / Kawai, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8jhp.cif.gz | 183.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8jhp.ent.gz | 154 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8jhp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8jhp_validation.pdf.gz | 532.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8jhp_full_validation.pdf.gz | 619.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8jhp_validation.xml.gz | 10.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8jhp_validation.cif.gz | 15.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/8jhp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/8jhp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 8642.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution / 内容: 0.13 mM RNA (27-MER), 95% H2O/5% D2O / Label: sample_1 / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O |
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試料 | 濃度: 0.13 mM / 構成要素: RNA (27-MER) / Isotopic labeling: none |
試料状態 | イオン強度: 50 mM / Label: condition_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 288 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE NEO / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE NEO / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2 | ||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: minimized average structure | ||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 11 |