PDB-8jhe: Hyper-thermostable ancestral L-amino acid oxidase 2 (HTAncLAAO2)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jhe

タイトル

Hyper-thermostable ancestral L-amino acid oxidase 2 (HTAncLAAO2)

要素

Hyper thermostable ancestral L-amino acid oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / L-amino acid oxidases / FAD-dependent / Ancestral sequence reconstruction

機能・相同性

FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.201 Å

データ登録者

Kawamura, Y. / Ishida, C. / Miyata, R. / Miyata, A. / Hayashi, S. / Fujinami, D. / Ito, S. / Nakano, S.

資金援助

日本, 3件

引用

ジャーナル: Commun Chem / 年: 2023
タイトル: Structural and functional analysis of hyper-thermostable ancestral L-amino acid oxidase that can convert Trp derivatives to D-forms by chemoenzymatic reaction.
著者: Kawamura, Y. / Ishida, C. / Miyata, R. / Miyata, A. / Hayashi, S. / Fujinami, D. / Ito, S. / Nakano, S.

履歴

登録	2023年5月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年10月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jhe.cif.gz	460 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jhe.ent.gz	360.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jhe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8jhe_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8jhe_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	8jhe_validation.xml.gz	85.6 KB	表示
CIF形式データ	8jhe_validation.cif.gz	128.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/8jhe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/8jhe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hyper thermostable ancestral L-amino acid oxidase

B: Hyper thermostable ancestral L-amino acid oxidase

C: Hyper thermostable ancestral L-amino acid oxidase

D: Hyper thermostable ancestral L-amino acid oxidase

ヘテロ分子

254 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Hyper thermostable ancestral L-amino acid oxidase

C: Hyper thermostable ancestral L-amino acid oxidase

ヘテロ分子

A: Hyper thermostable ancestral L-amino acid oxidase

C: Hyper thermostable ancestral L-amino acid oxidase

ヘテロ分子

A: Hyper thermostable ancestral L-amino acid oxidase

C: Hyper thermostable ancestral L-amino acid oxidase

ヘテロ分子

A: Hyper thermostable ancestral L-amino acid oxidase

C: Hyper thermostable ancestral L-amino acid oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法
508 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Hyper thermostable ancestral L-amino acid oxidase

D: Hyper thermostable ancestral L-amino acid oxidase

ヘテロ分子

B: Hyper thermostable ancestral L-amino acid oxidase

D: Hyper thermostable ancestral L-amino acid oxidase

ヘテロ分子

B: Hyper thermostable ancestral L-amino acid oxidase

D: Hyper thermostable ancestral L-amino acid oxidase

ヘテロ分子

B: Hyper thermostable ancestral L-amino acid oxidase

D: Hyper thermostable ancestral L-amino acid oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
508 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	180.896, 180.896, 81.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	75
Space group name H-M	P4

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	2	A
4	2	C
5	3	A
6	3	D
7	4	B
8	4	C
9	5	B
10	5	D
11	6	C
12	6	D

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	VAL	VAL	A	A	4 - 538	2 - 536
2	2	1	VAL	VAL	B	B	4 - 538	2 - 536
3	3	2	VAL	VAL	A	A	4 - 538	2 - 536
4	4	2	VAL	VAL	C	C	4 - 538	2 - 536
5	5	3	VAL	VAL	A	A	4 - 538	2 - 536
6	6	3	VAL	VAL	D	D	4 - 538	2 - 536
7	7	4	GLU	GLU	B	B	4 - 539	2 - 537
8	8	4	GLU	GLU	C	C	4 - 539	2 - 537
9	9	5	GLU	GLU	B	B	4 - 539	2 - 537
10	10	5	GLU	GLU	D	D	4 - 539	2 - 537
11	11	6	GLU	GLU	C	C	4 - 539	2 - 537
12	12	6	GLU	GLU	D	D	4 - 539	2 - 537

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	Hyper thermostable ancestral L-amino acid oxidase 分子量: 62670.539 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1683 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.7 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 10% PEG3350, 0.2 M ammonium citrate tribasic, and 4%(v/v) 1,1,1,3,3,3-Hexafluoro-2-propanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→48.5 Å / Num. obs: 133518 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 21.5
反射シェル	解像度: 2.2→2.35 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique obs: 19360 / CC_1/2: 0.952

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.201→48.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 4.33 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.214 / ESU R Free: 0.169 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2001	6626	4.963 %
R_work	0.1674	126892	-
all	0.169	-	-
obs	-	133518	99.965 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.147 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.001 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.001 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.001 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.201→48.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16068	0	212	1683	17963

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	16708
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	15511
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.518	1.641	22729
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.328	1.579	35809
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.045	5	2012
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.349	23.868	848
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.777	15	2775
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.109	15	68
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	2129
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.046	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	18964
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3832
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	3225
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.179	0.2	14610
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	8089
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	7443
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.183	0.2	1441
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.044	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.075	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.104	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.127	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.532	2.779	8072
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.532	2.779	8071
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.58	4.154	10076
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.579	4.155	10077
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.05	3.052	8636
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.051	3.052	8633
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.566	4.452	12653
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.566	4.452	12654
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.019	32.371	19621
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.925	31.952	19171
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.052	0.05	17083
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.056	0.05	17064
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.065	0.05	17065
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.056	0.05	17162
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.064	0.05	17076
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.061	0.05	17097

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05246	0.05009
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05246	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05553	0.05009
2	4	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05553	0.05009
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06532	0.05009
3	6	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06532	0.05009
4	7	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0558	0.05009
4	8	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0558	0.05009
5	9	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06395	0.05009
5	10	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06395	0.05009
6	11	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06052	0.05009
6	12	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06052	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.201-2.258	0.249	479	0.191	9316	X-RAY DIFFRACTION	99.7048
2.258-2.32	0.219	486	0.176	9073	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.387	0.207	482	0.168	8862	X-RAY DIFFRACTION	100
2.387-2.46	0.213	424	0.166	8607	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.541	0.215	420	0.166	8361	X-RAY DIFFRACTION	100
2.541-2.63	0.233	400	0.169	8076	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.729	0.224	416	0.164	7764	X-RAY DIFFRACTION	100
2.729-2.841	0.193	437	0.164	7443	X-RAY DIFFRACTION	100
2.841-2.967	0.193	351	0.161	7236	X-RAY DIFFRACTION	100
2.967-3.112	0.214	355	0.165	6925	X-RAY DIFFRACTION	100
3.112-3.28	0.225	348	0.172	6545	X-RAY DIFFRACTION	100
3.28-3.479	0.203	338	0.174	6219	X-RAY DIFFRACTION	100
3.479-3.719	0.205	310	0.173	5806	X-RAY DIFFRACTION	100
3.719-4.017	0.172	289	0.154	5416	X-RAY DIFFRACTION	100
4.017-4.4	0.157	251	0.143	5047	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4-4.919	0.153	247	0.142	4533	X-RAY DIFFRACTION	100
4.919-5.679	0.194	193	0.174	4056	X-RAY DIFFRACTION	100
5.679-6.954	0.251	183	0.206	3424	X-RAY DIFFRACTION	100
6.954-9.827	0.162	151	0.159	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
9.827-48.5	0.235	66	0.236	1520	X-RAY DIFFRACTION	98.8778

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関連情報:EMDBヘッダ

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