PDB-8jh5: Structure of the auxin exporter PIN1 in Arabidopsis thaliana in t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jh5

タイトル

Structure of the auxin exporter PIN1 in Arabidopsis thaliana in the Naproxen-bound state

要素

Auxin efflux carrier component 1
nanobody

キーワード

PLANT PROTEIN / membrane transporter

機能・相同性

機能・相同性情報

cotyledon morphogenesis / leaf formation / cotyledon development / shoot system development / leaf shaping / xylem and phloem pattern formation / inflorescence development / auxin export across the plasma membrane / auxin efflux transmembrane transporter activity / auxin polar transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

Escherichia coli (大腸菌)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å

データ登録者

Sun, L. / Liu, X. / Yang, Z. / Xia, J.

資金援助

中国, 3件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Structure of the auxin exporter PIN1 in Arabidopsis thaliana in the Naproxen-bound state
著者: Sun, L. / Liu, X. / Yang, Z. / Xia, J.

履歴

登録	2023年5月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年5月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jh5.cif.gz	186.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jh5.ent.gz	144 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jh5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8jh5_validation.pdf.gz	474.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8jh5_full_validation.pdf.gz	477.7 KB	表示
XML形式データ	8jh5_validation.xml.gz	18.9 KB	表示
CIF形式データ	8jh5_validation.cif.gz	29.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/8jh5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/8jh5	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	36254MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Auxin efflux carrier component 1

C: nanobody

D: nanobody

B: Auxin efflux carrier component 1

ヘテロ分子

161 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Auxin efflux carrier component 1 / Protein PIN-FORMED / AtPIN1 分子量: 67080.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: PIN1, At1g73590, F6D5.2 / プラスミド: pCAG / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): HEK293F / 参照: UniProt: Q9C6B8
#2: 抗体	nanobody 分子量: 13337.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-NPS / (2S)-2-(6-methoxynaphthalen-2-yl)propanoic acid / NAPROXEN 分子量: 230.259 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₄O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗炎症剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Binary complex of PIN1 with nanobody / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 7.4
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズ	モード: DIFFRACTION / 最大デフォーカス（公称値）: 2300 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正	タイプ: NONE
3次元再構成	解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 48551 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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