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- PDB-8jh0: Crystal structure of the light-driven sodium pump IaNaR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jh0
タイトルCrystal structure of the light-driven sodium pump IaNaR
要素Xanthorhodopsin
キーワードMETAL TRANSPORT / light-driven sodium pump / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / membrane / RETINAL / Xanthorhodopsin
機能・相同性情報
生物種Indibacter alkaliphilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Hashimoto, T. / Kato, K. / Tanaka, Y. / Yao, M. / Kikukawa, T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Multistep conformational changes leading to the gate opening of light-driven sodium pump rhodopsin.
著者: Sato, Y. / Hashimoto, T. / Kato, K. / Okamura, A. / Hasegawa, K. / Shinone, T. / Tanaka, Y. / Tanaka, Y. / Tsukazaki, T. / Tsukamoto, T. / Demura, M. / Yao, M. / Kikukawa, T.
履歴
登録2023年5月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xanthorhodopsin
B: Xanthorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,9724
ポリマ－65,4042
非ポリマー5692
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3750 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area21180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.435, 71.770, 123.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Xanthorhodopsin / Sodium pumping rhodopsin


分子量: 32701.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Indibacter alkaliphilus (バクテリア)
遺伝子: A33Q_3728 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S2D3K4
#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.1 / 詳細: Ammonium Nitrate, sodium citrate, PEG 350 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→50 Å / Num. obs: 15200 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.79→2.96 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2189 / CC1/2: 0.803 / % possible all: 89.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX(1.19.2_4158)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.79→49.14 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 759 5 %
Rwork0.2429 --
obs0.2452 15194 98.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.79→49.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4222 0 40 20 4282
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044378
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6865957
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.0211509
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041677
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004718
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.79-3.010.34011250.28742647X-RAY DIFFRACTION91
3.01-3.310.34291630.26322872X-RAY DIFFRACTION100
3.31-3.790.30641820.26022895X-RAY DIFFRACTION100
3.79-4.770.27651500.22462939X-RAY DIFFRACTION99
4.77-49.140.24891390.23213082X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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