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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jg9 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the SaCas9-sgRNA-AcrIIA15-promoter DNA dimer | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / II-A type anti-CRISPR protein | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) Staphylococcus delphini (バクテリア) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.82 Å | |||||||||
データ登録者 | Deng, X. / Wang, Y. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of the SaCas9-sgRNA-AcrIIA15-promoter DNA dimer 著者: Deng, X. / Wang, Y. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8jg9.cif.gz | 548 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8jg9.ent.gz | 438.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8jg9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8jg9_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8jg9_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8jg9_validation.xml.gz | 77.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8jg9_validation.cif.gz | 119.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jg/8jg9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jg/8jg9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 36225MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 124158.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: cas9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: J7RUA5, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 #2: RNA鎖 | 分子量: 31304.432 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) #3: タンパク質 | 分子量: 20160.963 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus delphini (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) #4: DNA鎖 | | 分子量: 7722.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Staphylococcus delphini (バクテリア) #5: DNA鎖 | | 分子量: 7627.954 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Staphylococcus delphini (バクテリア) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.82 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 72182 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT |