PDB-8jg7: Serine decarboxylase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jg7

タイトル

Serine decarboxylase

要素

Serine decarboxylase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / PLP

機能・相同性

機能・相同性情報

ethanolamine metabolic process / serine decarboxylase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; カルボキシル基の付加脱離 / carboxylic acid metabolic process / pyridoxal phosphate binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Wang, H. / Gong, W.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of aserine decarboxylase from Arabidopsis thaliana
著者: Wang, H.

履歴

登録	2023年5月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jg7.cif.gz	327.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jg7.ent.gz	266.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jg7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8jg7_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8jg7_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	8jg7_validation.xml.gz	57.4 KB	表示
CIF形式データ	8jg7_validation.cif.gz	77.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jg/8jg7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jg/8jg7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Serine decarboxylase

C: Serine decarboxylase

D: Serine decarboxylase

E: Serine decarboxylase

ヘテロ分子

191 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Serine decarboxylase

E: Serine decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
95.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Serine decarboxylase

D: Serine decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
95.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	115.360, 149.450, 139.126
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.18, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Serine decarboxylase / AtSDC / Protein EMBRYO DEFECTIVE 1075 / Serine decarboxylase 1 / AtSDC1 分子量: 47436.230 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: SDC, EMB1075, SDC1, At1g43710, F2J6.7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9MA74, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; カルボキシル基の付加脱離
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.85 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 400, 0.2M CaCl2, PH8.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 52125 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.9 % / CC_1/2: 0.86 / CC star: 0.962 / R_merge(I) obs: 0.173 / R_pim(I) all: 0.076 / R_rim(I) all: 0.189 / Χ²: 2.023 / Net I/σ(I): 3.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.85-2.9	5	0.551	2556	0.846	0.957	0.27	0.616	0.545	98.1
2.9-2.95	5.7	0.549	2617	0.898	0.973	0.252	0.606	0.556	99.9
2.95-3.01	6.2	0.496	2580	0.916	0.978	0.216	0.541	0.561	100
3.01-3.07	6.1	0.421	2595	0.919	0.979	0.184	0.46	0.59	99.9
3.07-3.14	6.2	0.365	2623	0.945	0.986	0.158	0.399	0.732	100
3.14-3.21	6.1	0.325	2605	0.952	0.988	0.141	0.355	0.728	99.9
3.21-3.29	6.1	0.286	2581	0.966	0.991	0.124	0.313	0.707	99.9
3.29-3.38	6.1	0.258	2633	0.964	0.991	0.112	0.282	0.813	100
3.38-3.48	6.1	0.28	2610	0.354	0.723	0.128	0.309	1.118	100
3.48-3.59	6.1	0.185	2587	0.977	0.994	0.08	0.202	1.045	99.9
3.59-3.72	6.1	0.18	2624	0.981	0.995	0.079	0.197	1.141	100
3.72-3.87	6	0.164	2600	0.969	0.992	0.071	0.179	1.508	99.9
3.87-4.04	6	0.162	2583	0.978	0.994	0.071	0.177	1.51	99.7
4.04-4.26	5.9	0.133	2625	0.972	0.993	0.058	0.146	1.793	99.6
4.26-4.52	5.8	0.13	2621	0.964	0.991	0.058	0.143	1.909	99.5
4.52-4.87	5.7	0.116	2579	0.981	0.995	0.052	0.127	1.805	99.7
4.87-5.36	5.2	0.119	2607	0.972	0.993	0.055	0.131	2.523	99.1
5.36-6.14	5.5	0.128	2570	0.961	0.99	0.057	0.141	2.894	98
6.14-7.73	6.5	0.112	2644	0.972	0.993	0.047	0.121	3.101	100
7.73-50	6.4	0.165	2685	0.904	0.975	0.07	0.18	13.552	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.85→49.39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.922 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.886 / SU B: 16.235 / SU ML: 0.304 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.39 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2618	2576	4.9 %	RANDOM
R_work	0.21353	-	-	-
obs	0.21591	49543	99.42 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.93 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.32 Å²	-0 Å²	-0.2 Å²
2-	-	-1.58 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.85→49.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13000	0	88	0	13088

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	13404
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	12142
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.41	1.64	18108
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.465	1.558	28291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.317	5	1624
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	15.831	10	92
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.36	10	2304
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	1944
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	15204
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2728
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.064	5.518	6520
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.061	5.518	6520
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.566	8.252	8136
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.565	8.253	8137
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.377	5.923	6884
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.375	5.924	6881
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.088	8.723	9973
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.448	69.428	14924
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	10.448	69.428	14925
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.85→2.916 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.331	177	-
R_work	0.294	3527	-
obs	-	-	95.98 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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