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万見
- PDB-8jg2: Crystal structure of a biosynthetic thiolase from Megasphaera hex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jg2
タイトルCrystal structure of a biosynthetic thiolase from Megasphaera hexanoica soaked with hexanoyl-CoA
要素Acetyl-CoA C-acetyltransferase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / acetyl-coenzyme A C-acyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


acetyl-CoA C-acetyltransferase / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能
Thiolase, active site / Thiolases active site. / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase, N-terminal / Thiolase, N-terminal domain / Thiolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / COENZYME A / Acetyl-CoA acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Megasphaera hexanoica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Kim, E.-J. / Seo, H. / Kim, K.-J.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea) 韓国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of biosynthetic thiolase from Megasphaera hexanoica
著者: Jeon, B.S. / Kim, E.-J. / Kim, K.-J. / Sang, B.-I.
履歴
登録2023年5月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetyl-CoA C-acetyltransferase
B: Acetyl-CoA C-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,8376
ポリマ－92,1832
非ポリマー1,6534
水11,241624
1
A: Acetyl-CoA C-acetyltransferase
B: Acetyl-CoA C-acetyltransferase
ヘテロ分子

A: Acetyl-CoA C-acetyltransferase
B: Acetyl-CoA C-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,67312
ポリマ－184,3674
非ポリマー3,3068
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565x,-y+1,-z1
Buried area20290 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area48170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.505, 111.443, 140.996
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-700-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Acetyl-CoA C-acetyltransferase / Biosynthetic thiolase


分子量: 46091.727 Da / 分子数: 2 / 変異: C88S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Megasphaera hexanoica (バクテリア)
遺伝子: HF872_02440 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A848BQU5
#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 624 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.67 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25 % w/v polyethylene glycol (PEG) 3350 and 0.1M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97935 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月3日
放射モノクロメーター: DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→38.99 Å / Num. obs: 99877 / % possible obs: 99.61 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 21.19 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.02374 / Rpim(I) all: 0.02374 / Rrim(I) all: 0.03357 / Net I/σ(I): 12.08
反射 シェル解像度: 1.64→1.699 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.2768 / Mean I/σ(I) obs: 2.11 / Num. unique obs: 9827 / CC1/2: 0.853 / CC star: 0.96 / Rpim(I) all: 0.2768 / Rrim(I) all: 0.3915 / % possible all: 99.22

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0411精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.64→38.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 2.965 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23558 4968 5 %RANDOM
Rwork0.1982 ---
obs0.2001 94895 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.664 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.19 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.05 Å20 Å2
3---2.24 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.64→38.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5872 0 0 624 6496
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0125991
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0165829
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5491.6438113
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5211.56813426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9485792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg6.349534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.414101019
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2945
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.027018
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021248
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0212.2623167
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0152.2623166
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.784.0623958
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.7814.0623959
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9232.6442824
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.9222.6442825
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.5334.7434156
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.59323.946749
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.54123.096607
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.64→1.683 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 342 -
Rwork0.334 6917 -
obs--98.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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