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Yorodumi- PDB-8jfs: Phosphate bound acylphosphatase from Deinococcus radiodurans at 1... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8jfs | ||||||
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Title | Phosphate bound acylphosphatase from Deinococcus radiodurans at 1 Angstrom resolution | ||||||
Components | Acylphosphatase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / phosphate bound acylphosphatase | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Deinococcus radiodurans R1 = ATCC 13939 = DSM 20539 (radioresistant) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1 Å | ||||||
Authors | Khakerwala, Z. / Kumar, A. / Makde, R.D. | ||||||
Funding support | India, 1items
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Citation | Journal: Biochem.Biophys.Res.Commun. / Year: 2023 Title: Crystal structure of phosphate bound Acyl phosphatase mini-enzyme from Deinococcus radiodurans at 1 angstrom resolution. Authors: Khakerwala, Z. / Kumar, A. / Makde, R.D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8jfs.cif.gz | 107.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8jfs.ent.gz | 69.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8jfs.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jf/8jfs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jf/8jfs | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 9934.133 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Deinococcus radiodurans R1 = ATCC 13939 = DSM 20539 (radioresistant) Strain: R1 / Gene: acyP, DR_0929 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): Rosetta pLysS / References: UniProt: Q9RVU3, acylphosphatase |
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-Non-polymers , 5 types, 215 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-CIT / | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-EDO / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.01 Å3/Da / Density % sol: 38.7 % Description: it was a big crystal with irregular shape which broke into 2 pieces when transferred to paratone oil. one of the piece got diffracted other one was mosaic. |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: microbatch / pH: 4.2 Details: 0.1M Phosphate-citrate pH 4.2, 40% ethanol, 5% PEG 1000 Temp details: 291-293K fluctuation was there |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: RRCAT INDUS-2 / Beamline: PX-BL21 / Wavelength: 0.97777 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Jun 21, 2022 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97777 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1→33 Å / Num. obs: 82616 / % possible obs: 97.73 % / Redundancy: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 9.01 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.046 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I): 19.8 |
Reflection shell | Resolution: 1→1.02 Å / Redundancy: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.524 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 3883 / CC1/2: 0.881 / Rpim(I) all: 0.354 / Rrim(I) all: 0.637 / Χ2: 0.84 / % possible all: 93.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1→33 Å / SU ML: 0.0912 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.4441 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 12.29 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1→33 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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