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- PDB-8jfd: V1/S quadruple mutant Plasmodium falciparum dihydrofolate reducta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jfd
タイトルV1/S quadruple mutant Plasmodium falciparum dihydrofolate reductase-thymidylate synthase (PfDHFR-TS) complexed with compound 8 (B21594), NADPH and dUMP
要素Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
キーワードOXIDOREDUCTASE / DHFR / dihydrofolate reductase / Plasmodium falciparum / malaria
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / methylation / nucleotide binding / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bifunctional dihydrofolate reductase/thymidylate synthase / Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A ...Bifunctional dihydrofolate reductase/thymidylate synthase / Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / Chem-U8Y / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Vanichtanankul, J. / Saeyang, T. / Vitsupakorn, D. / Saepua, S. / Thongpanchang, C. / Yuthavong, Y. / Kamchonwongpaisan, S. / Hoarau, M.
資金援助 タイ, 1件
組織認可番号国
National Center for Genetic Engineering and Biotechnology (Thailand)P1850116 タイ
引用ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2023
タイトル: Discovery of rigid biphenyl Plasmodium falciparum DHFR inhibitors using a fragment linking strategy.
著者: Hoarau, M. / Sermmai, P. / Varatthan, T. / Thiabma, R. / Jantra, T. / Rattanajak, R. / Vitsupakorn, D. / Vanichtanankul, J. / Saepua, S. / Yuthavong, Y. / Thongpanchang, C. / Kamchonwongpaisan, S.
履歴
登録2023年5月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
B: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,80410
ポリマ－143,8162
非ポリマー2,9888
水11,169620
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12340 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area43220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.355, 156.500, 165.269
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase


分子量: 71908.133 Da / 分子数: 2 / 変異: N51I, C59R, S108N, I164L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: DHFR-TS, V1/S / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D9N170

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非ポリマー , 5種, 628分子

#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP


分子量: 308.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O8P
#4: 化合物 ChemComp-U8Y / 3-[3-[[2,4-bis(azanyl)-6-ethyl-pyrimidin-5-yl]methyl]phenyl]benzoic acid


分子量: 348.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H20N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 620 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.82 %
結晶化温度: 297 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5 / 詳細: PEG 4000, sodium malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2022年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→16.79 Å / Num. obs: 65837 / % possible obs: 98.19 % / 冗長度: 2.64 % / Biso Wilson estimate: 27.48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 9.49
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.3406 / Num. unique obs: 6366

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROTEUM PLUSデータ収集
PHENIX1.20.1_4487精密化
PROTEUM PLUSデータ削減
PROTEUM PLUSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DP3

4dp3


解像度: 2.3→16.79 Å / SU ML: 0.3023 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.0912
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2559 3322 5.05 %
Rwork0.2024 62515 -
obs0.2051 65837 98.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→16.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8763 0 200 620 9583
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00769181
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.920212427
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05511332
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00631558
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.13273385
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.330.30261390.24172457X-RAY DIFFRACTION96.76
2.33-2.370.31651300.25392568X-RAY DIFFRACTION97.51
2.37-2.40.32441430.2622541X-RAY DIFFRACTION97.67
2.4-2.440.3341260.26042578X-RAY DIFFRACTION98.76
2.44-2.490.3371540.25712583X-RAY DIFFRACTION98.45
2.49-2.530.33581350.25682572X-RAY DIFFRACTION99.34
2.53-2.580.31541310.252594X-RAY DIFFRACTION99.16
2.58-2.630.3261330.25682596X-RAY DIFFRACTION99.06
2.63-2.690.34471390.24382555X-RAY DIFFRACTION97.29
2.69-2.750.32991430.23612593X-RAY DIFFRACTION98.7
2.75-2.820.28941420.22972577X-RAY DIFFRACTION99.49
2.82-2.90.28321470.2342624X-RAY DIFFRACTION99.57
2.9-2.980.28781210.23362631X-RAY DIFFRACTION99.39
2.98-3.080.28121310.23542635X-RAY DIFFRACTION99.5
3.08-3.180.32971470.22712607X-RAY DIFFRACTION98.15
3.18-3.310.28141470.21142564X-RAY DIFFRACTION98.83
3.31-3.460.2571420.21072593X-RAY DIFFRACTION98.49
3.46-3.640.23811420.19782612X-RAY DIFFRACTION98.36
3.64-3.870.25061300.18552624X-RAY DIFFRACTION98.22
3.87-4.160.19251360.17242620X-RAY DIFFRACTION98.08
4.16-4.570.18481140.14942638X-RAY DIFFRACTION98.15
4.57-5.220.1741630.14422667X-RAY DIFFRACTION98.37
5.22-6.510.21861650.17972686X-RAY DIFFRACTION99.41
6.51-16.790.20821220.16442800X-RAY DIFFRACTION97.76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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