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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jf7 | ||||||
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タイトル | Triheteromeric NMDA receptor GluN1-GluN2A-GluN3A in complex with glycine, glutamate, a GluN1-specific Fab,and a GluN2A-specific Fab | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / ion channel (イオンチャネル) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 neurotransmitter receptor transport, plasma membrane to endosome / regulation of response to alcohol / response to ammonium ion / receptor recycling / negative regulation of dendritic spine development / directional locomotion / conditioned place preference / pons maturation / regulation of cell communication / positive regulation of Schwann cell migration ...neurotransmitter receptor transport, plasma membrane to endosome / regulation of response to alcohol / response to ammonium ion / receptor recycling / negative regulation of dendritic spine development / directional locomotion / conditioned place preference / pons maturation / regulation of cell communication / positive regulation of Schwann cell migration / response to environmental enrichment / EPHB-mediated forward signaling / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / response to hydrogen sulfide / olfactory learning / serotonin metabolic process / conditioned taste aversion / 樹状突起 / regulation of respiratory gaseous exchange / protein localization to postsynaptic membrane / response to other organism / positive regulation of inhibitory postsynaptic potential / propylene metabolic process / response to glycine / regulation of ARF protein signal transduction / cellular response to magnesium ion / response to methylmercury / 睡眠 / voltage-gated monoatomic cation channel activity / cellular response to dsRNA / dendritic spine organization / response to carbohydrate / locomotion / regulation of monoatomic cation transmembrane transport / response to morphine / cellular response to lipid / glutamate receptor activity / NMDA glutamate receptor activity / Synaptic adhesion-like molecules / RAF/MAP kinase cascade / NMDA selective glutamate receptor complex / glutamate-gated calcium ion channel activity / parallel fiber to Purkinje cell synapse / response to manganese ion / calcium ion transmembrane import into cytosol / regulation of NMDA receptor activity / protein heterotetramerization / glutamate binding / cellular response to zinc ion / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / neuromuscular process / regulation of synapse assembly / 活動電位 / glycine binding / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / regulation of dendrite morphogenesis / male mating behavior / regulation of axonogenesis / spinal cord development / dopamine metabolic process / suckling behavior / startle response / monoatomic cation transmembrane transport / dendrite development / regulation of neuronal synaptic plasticity / response to amine / modulation of excitatory postsynaptic potential / response to lithium ion / social behavior / 学習 / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / monoatomic cation transport / ligand-gated monoatomic ion channel activity / excitatory synapse / cellular response to glycine / positive regulation of dendritic spine maintenance / response to light stimulus / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / neuron development / positive regulation of protein targeting to membrane / regulation of postsynaptic membrane potential / phosphatase binding / glutamate receptor binding / postsynaptic density, intracellular component / calcium ion homeostasis / cellular response to manganese ion / prepulse inhibition / multicellular organismal response to stress / long-term memory / monoatomic cation channel activity / regulation of neuron apoptotic process / presynaptic active zone membrane / synaptic cleft / glutamate-gated receptor activity / response to fungicide / sensory perception of pain / cell adhesion molecule binding / dendrite membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / response to amphetamine 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) Muromegalovirus G4 (ウイルス) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.73 Å | ||||||
データ登録者 | Kou, Z. / Zhu, S. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Probing the architecture of native GluN1-N2-N3A NMDA receptors by cryo-EM and click chemistry. 著者: Kou, Z. / Zhu, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8jf7.cif.gz | 713.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8jf7.ent.gz | 571.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8jf7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jf/8jf7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jf/8jf7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 36209MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Glutamate receptor ionotropic, NMDA ... , 3種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 95372.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Grin1, Nmdar1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P35439 #2: タンパク質 | | 分子量: 125325.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ), (組換発現) Muromegalovirus G4 (ウイルス) 遺伝子: Grin2a, eGFP / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q00959, UniProt: A0A7G8ZY66 #3: タンパク質 | | 分子量: 137362.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ), (組換発現) Muromegalovirus G4 (ウイルス) 遺伝子: Grin3a, eGFP / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9R1M7, UniProt: A0A7G8ZY66 |
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-抗体 , 4種, 6分子 EGFHKJ
#4: 抗体 | 分子量: 25739.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #5: 抗体 | 分子量: 23432.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #6: 抗体 | | 分子量: 23234.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) #7: 抗体 | | 分子量: 24936.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Triheteromeric NMDA receptor GluN1-GluN2A-GluN3A in complex with glycine, glutamate, a GluN1-specific Fab,and a GluN2A-specific Fab タイプ: COMPLEX / Entity ID: #4-#5, #1-#3, #7, #6 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-16 (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 7.73 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 162395 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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