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万見
- PDB-8jed: Crystal structure of mRNA cap (guanine-N7) methyltransferase E12 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jed
タイトルCrystal structure of mRNA cap (guanine-N7) methyltransferase E12 subunit from monkeypox virus and discovery of its inhibitors
要素mRNA-capping enzyme regulatory subunit OPG124
キーワードTRANSFERASE / monkeypox virus / N7-methyltransferase E12 subunit / inhibitors
機能・相同性Poxvirus mRNA capping enzyme, small subunit / Poxvirus mRNA capping enzyme, small subunit superfamily / Poxvirus mRNA capping enzyme, small subunit / virion component / DNA-templated transcription termination / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / mRNA-capping enzyme regulatory subunit OPG124
機能・相同性情報
生物種Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Wang, D. / Zhao, R. / Shu, W. / Hu, W. / Wang, M. / Cao, J. / Zhou, X.
資金援助 中国, 5件
組織認可番号国
Other government2020XM01
Other government1331KFC
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81801858 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82170523 中国
Other government202103021224234
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2023
タイトル: Crystal structure of mRNA cap (guanine-N7) methyltransferase E12 subunit from monkeypox virus and discovery of its inhibitors.
著者: Wang, D.P. / Zhao, R. / Wang, H.F. / Wang, M.Y. / Hu, W.S. / Lin, M.M. / Shu, W. / Sun, Y.J. / Cao, J.M. / Cui, W. / Zhou, X.
履歴
登録2023年5月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: mRNA-capping enzyme regulatory subunit OPG124


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6641
ポリマ－34,6641
非ポリマー00
水3,207178
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.251, 46.407, 62.526
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.44, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 mRNA-capping enzyme regulatory subunit OPG124 / Virus termination factor small subunit / mRNA-capping enzyme 33 kDa subunit / mRNA-capping enzyme ...Virus termination factor small subunit / mRNA-capping enzyme 33 kDa subunit / mRNA-capping enzyme D12 subunit / mRNA-capping enzyme small subunit


分子量: 34663.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
遺伝子: OPG124, MPXVgp109 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7H0DN96
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.81 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium chloride, 0.1 M bis-tris propane pH 9.0, 25% w/v polyethylene glycol 1,500

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データ収集

回折平均測定温度: 289.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→53.25 Å / Num. obs: 16534 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.139 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.16→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.473 / Num. unique obs: 16493

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
REFMAC5.8.0267精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.16→40.69 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2541 807 4.89 %
Rwork0.1997 --
obs0.2023 16494 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→40.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2423 0 0 178 2601
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0012421
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4143270
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.389899
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037368
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003408
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.16-2.30.31111190.2562596X-RAY DIFFRACTION99
2.3-2.480.31911330.23282596X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.730.30821460.22572586X-RAY DIFFRACTION100
2.73-3.120.26911380.21082609X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.930.22561430.17832610X-RAY DIFFRACTION100
3.93-40.690.2111280.17452690X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.19560.96341.51650.66890.24741.6812-0.06790.17790.0727-0.07760.0871-0.1042-0.13910.06420.00810.16380.00870.01490.15480.0020.1564-13.88912.949-18.599
24.6527-1.78093.08510.8268-0.99813.07920.0943-0.3611-0.35530.02870.13680.09970.1394-0.2588-0.25790.1995-0.0209-0.00020.17060.04220.1765-24.2050.211-10.932
36.21240.030.99431.78710.05564.7134-0.0328-0.5545-0.00610.30350.0092-0.0122-0.2008-0.19210.06020.13150.02280.01810.1664-0.03010.1162-34.61610.177-10.973
41.89590.50311.32321.02030.57071.9867-0.0035-0.04180.00540.01040.0152-0.03980.02470.00960.0350.12440.00970.02370.08450.01660.1288-17.5677.984-13.514
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN B AND RESID 1:47 )B1 - 47
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 48:102 )B48 - 102
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND RESID 103:117 )B103 - 117
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 125:292 )B125 - 292

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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