PDB-8je4: Crystal structure of LimF prenyltransferase (H239G/W273T mutant) ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8je4

タイトル

Crystal structure of LimF prenyltransferase (H239G/W273T mutant) bound with the thiodiphosphate moiety of farnesyl S-thiolodiphosphate (FSPP)

要素

prenyltransferase, LimF

キーワード

TRANSFERASE / ripp / prenylation / abba fold

機能・相同性

Peptide O-prenyltransferase, LynF/TruF/PatF family / Family of unknown function (DUF5838) / transferase activity / metal ion binding / TRIHYDROGEN THIODIPHOSPHATE / LynF/TruF/PatF family peptide O-prenyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Limnothrix sp. CACIAM 69d (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.19 Å

データ登録者

Hamada, K. / Oguni, A. / Zhang, Y. / Satake, M. / Goto, Y. / Suga, H. / Ogata, K. / Sengoku, T.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2023
タイトル: Switching Prenyl Donor Specificities of Cyanobactin Prenyltransferases.
著者: Zhang, Y. / Hamada, K. / Satake, M. / Sengoku, T. / Goto, Y. / Suga, H.

履歴

登録	2023年5月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年11月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8je4.cif.gz	297.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8je4.ent.gz	199.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8je4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8je4_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8je4_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	8je4_validation.xml.gz	23.7 KB	表示
CIF形式データ	8je4_validation.cif.gz	33.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/8je4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/8je4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: prenyltransferase, LimF

B: prenyltransferase, LimF

ヘテロ分子

69.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.980, 47.880, 89.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.656, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	prenyltransferase, LimF 分子量: 34559.473 Da / 分子数: 2 / 変異: H239G, W273T / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Limnothrix sp. CACIAM 69d (バクテリア) 遺伝子: BJG00_018450 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A372DCN7
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PIS / TRIHYDROGEN THIODIPHOSPHATE / THIOPYROPHOSPHATE 分子量: 193.033 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₃O₆P₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.63 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Sodium chloride, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 25% Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.19→44.69 Å / Num. obs: 34791 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 30.94 Å² / CC_1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 6.67
反射シェル	解像度: 2.19→2.268 Å / Num. unique obs: 3428 / CC_1/2: 0.594

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.19→44.69 Å / SU ML: 0.2866 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.9069
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2483	3416	9.82 %
R_work	0.2066	31366	-
obs	0.2107	34782	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.19→44.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4678	0	20	203	4901

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0023	4804
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5148	6505
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0451	717
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0053	841
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.3621	1773

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.19-2.22	0.3002	131	0.3074	1284	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.22-2.25	0.3613	139	0.2966	1325	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.25-2.29	0.3402	166	0.2958	1270	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.29-2.33	0.3058	124	0.2803	1253	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.33-2.37	0.3246	141	0.2699	1334	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.41	0.3165	154	0.2697	1299	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.41-2.46	0.2656	127	0.2614	1271	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.51	0.2583	151	0.246	1297	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.56	0.3001	134	0.2429	1309	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.56-2.62	0.2471	147	0.228	1289	X-RAY DIFFRACTION	100
2.62-2.69	0.2929	141	0.2238	1302	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.76	0.2869	147	0.2334	1277	X-RAY DIFFRACTION	100
2.76-2.84	0.2775	152	0.2283	1303	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.93	0.2881	138	0.2258	1294	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-3.04	0.2591	144	0.217	1312	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.16	0.2498	135	0.2113	1326	X-RAY DIFFRACTION	100
3.16-3.3	0.2798	145	0.1939	1301	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3-3.48	0.2469	144	0.1819	1308	X-RAY DIFFRACTION	100
3.48-3.69	0.2288	142	0.1881	1321	X-RAY DIFFRACTION	100
3.69-3.98	0.2164	144	0.1777	1302	X-RAY DIFFRACTION	100
3.98-4.38	0.1846	145	0.1665	1331	X-RAY DIFFRACTION	100
4.38-5.01	0.2097	135	0.156	1324	X-RAY DIFFRACTION	100
5.01-6.31	0.2047	142	0.1971	1350	X-RAY DIFFRACTION	100
6.31-44.69	0.2252	148	0.1849	1384	X-RAY DIFFRACTION	99.8

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.82415984651	0.265983497547	0.103488462617	2.68257087825	0.373085398749	1.24427173096	-0.000101232333442	0.125925050891	0.147200829463	-0.239118036681	-0.00586031933502	-0.0642139518333	-0.106011806474	0.02880703451	0.0122759798144	0.278102710367	0.0238382216735	0.00978225143315	0.146167214975	0.0341570639787	0.197375439475	42.6945063724	-6.44954678492	22.29462135
2	1.41307218365	-0.183986231476	0.4993353272	3.94724565513	-2.264677717	4.38254863869	0.00554347630055	-0.353189670266	-0.0863076886641	0.782642053835	0.0895232834582	0.037272547127	-0.157792938198	0.0736357494612	-0.137513199589	0.391599613313	0.0468200017682	0.0223279203572	0.250212636936	0.0112215754532	0.249446161821	40.0216800451	-4.67073602087	43.3826575176
3	3.6443896159	-2.61156431453	0.0555269379593	6.89769178172	1.11981768534	3.94091140022	0.109041648165	-0.17349436904	-0.18110736317	-0.163450924149	0.0704738260333	0.356468733885	0.277913093318	-0.222209465436	-0.192012759515	0.275101146828	-0.0299521738023	0.0118569619112	0.181938854796	0.0306818026561	0.216278594463	35.8664062684	-14.8987192249	42.7661809469
4	2.43121345397	-0.356550741009	-1.42347387055	3.10395078897	0.444044565741	3.29527620023	-0.131890365541	-0.151169233961	-0.166541554112	0.16869602531	0.00826679430859	-0.0141846795769	0.320468522121	0.067626634101	0.16286921472	0.300874158056	-0.0147088639756	0.00774111066649	0.157573988805	0.047946775199	0.287549622384	37.3096598548	-23.3086523885	32.2030939822
5	1.40186625245	0.132757837028	0.657184671429	2.55426122138	0.693375583036	3.14358168387	-0.0063431221594	-0.0392339237139	-0.0971412547605	-0.0533471419111	-0.0441260892899	-0.10238383079	-0.0152224801598	-0.158768762118	0.0586845177872	0.237876995566	0.0185170910763	0.0321473999168	0.199644957094	0.0272092684521	0.196222958547	23.2290097334	-16.0902090133	-9.10927050776
6	2.95882135372	0.751900489081	0.479159758562	2.6185760454	-0.458800863974	0.790498307572	0.00362918605	-0.0138456007803	0.384186321268	0.0188709557391	0.0904729729069	0.34921439364	-0.243915242973	-0.565329727322	-0.112810835339	0.398384900078	0.110973865194	0.0190415337071	0.462323316862	0.0480995906711	0.277886857202	10.3370696124	-1.03226608542	-9.50664775295

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 7 through 145 )	A	A	7 - 145	1 - 139
2	2	chain 'A' and (resid 146 through 210 )	A	A	146 - 210	140 - 204
3	3	chain 'A' and (resid 211 through 240 )	A	A	211 - 240	205 - 234
4	4	chain 'A' and (resid 241 through 301 )	A	A	241 - 301	235 - 295
5	5	chain 'B' and (resid 7 through 182 )	B	D	7 - 182	1 - 176
6	6	chain 'B' and (resid 183 through 300 )	B	D	183 - 300	177 - 289

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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