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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8je0 | ||||||
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タイトル | A novel amidohydrolase | ||||||
要素 | Amidaseアミダーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) | ||||||
機能・相同性 | Deacetylase Atu3266-like / deacetylase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolase / アミダーゼ 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Klebsiella sp. PCX (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Ma, D. / Feng, R. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: A novel amidohydrolase catalyze the degradation of PAM by Klebsiella sp. PCX 著者: Ma, D. / Feng, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8je0.cif.gz | 547.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8je0.ent.gz | 450.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8je0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/8je0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/8je0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42617.574 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella sp. PCX (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A9E8ZAQ2 #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-EDO / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.91 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.8 M Sodium formate, pH 7.0, 0.03 M Potassium bromide, 6% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2000. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→48.8 Å / Num. obs: 46043 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.3 % / Biso Wilson estimate: 62.01 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.179 / Net I/σ(I): 15.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / Rmerge(I) obs: 1.435 / Num. unique obs: 4458 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→45.65 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.28 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→45.65 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 44.7898 Å / Origin y: -5.9047 Å / Origin z: 8.334 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |