PDB-8jcr: Crystal structure of Procerain from Calotropis gigantea (pH 6.0)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jcr

タイトル

Crystal structure of Procerain from Calotropis gigantea (pH 6.0)

要素

Procerain

キーワード

HYDROLASE / plant protease / cystein peptidase / latex / Calotropis gigantea

機能・相同性

BETA-MERCAPTOETHANOL / Chem-E64

機能・相同性情報

生物種

Calotropis gigantea (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Kumar, A. / Jamdar, S.N. / Srivastava, G. / Makde, R.D.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Procerain from Calotropis gigantea
著者: Kumar, A. / Jamdar, S.N. / Srivastava, G. / Makde, R.D.

履歴

登録	2023年5月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jcr.cif.gz	122.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jcr.ent.gz	77.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jcr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8jcr_validation.pdf.gz	690 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8jcr_full_validation.pdf.gz	690.3 KB	表示
XML形式データ	8jcr_validation.xml.gz	12.3 KB	表示
CIF形式データ	8jcr_validation.cif.gz	17.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/8jcr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/8jcr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8jcqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Procerain

ヘテロ分子

23.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, monomer

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.675, 120.980, 61.024
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	Procerain 分子量: 23310.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: natural isolated from leaf latex / 由来: (天然) Calotropis gigantea (植物) / Plasmid details: Leaf latex / Variant: local / 株: Mumbai / 組織: Leaf
#2: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-E64 / N-[N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-BUTYL]-GUANIDINE 分子量: 360.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₃₀N₅O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 6 詳細: 0.1 M MMT (L-Malic acid, MES, Tris) buffer pH 6.0, 25% PEG 1500 Temp details: constant 293

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97893 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年7月20日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97893 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→42.96 Å / Num. obs: 50390 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.2 % / B_iso Wilson estimate: 15.74 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.059 / R_pim(I) all: 0.018 / R_rim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 22.5
反射シェル	解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 10.3 % / R_merge(I) obs: 1.19 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2472 / CC_1/2: 0.764 / R_pim(I) all: 0.385 / R_rim(I) all: 1.251 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21_5207	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.4→34.77 Å / SU ML: 0.1516 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 14.9297
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1738	2468	4.9 %
R_work	0.1594	47889	-
obs	0.16	50357	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→34.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1637	0	35	195	1867

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0084	1765
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9557	2395
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0855	252
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0083	313
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.3328	653

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.43	0.3061	152	0.3117	2611	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.43-1.46	0.2915	134	0.2674	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
1.46-1.49	0.2601	114	0.2245	2649	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.49-1.52	0.2242	113	0.1857	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
1.52-1.56	0.1812	137	0.1647	2623	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.56-1.6	0.1615	143	0.1611	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6-1.65	0.1731	147	0.1554	2643	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.65-1.7	0.1794	137	0.1572	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7-1.76	0.1872	139	0.1688	2621	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.76-1.83	0.1643	133	0.1546	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.92	0.1593	168	0.1525	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
1.92-2.02	0.1611	133	0.1406	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.15	0.156	119	0.1388	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.31	0.1475	130	0.1483	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.54	0.166	163	0.1505	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.91	0.1749	153	0.1555	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.67	0.1561	134	0.1497	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
3.67-34.77	0.1844	119	0.1634	2858	X-RAY DIFFRACTION	99.9

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.59019163836	1.22834052343	-0.48640223889	3.43893542917	-1.37985902679	5.34595000349	-0.123298835292	0.21693248145	-0.0271252760282	-0.155436858074	0.0703143280976	0.566766984859	-0.137509796327	-0.472835821582	0.124397330242	0.15147596539	0.00318671125583	-0.0383352350926	0.147122851538	-0.0478875470876	0.245556625992	6.03101542301	13.6592882179	-4.52215822579
2	3.36517595286	-0.116738866927	-0.467609864392	2.7446506717	1.06884349287	2.50716410656	0.037840667023	-0.0687909998269	-0.322028496309	0.0225123536671	0.0443740483893	-0.275462063532	0.0384669069352	0.267984028481	-0.0806987686351	0.108250524765	-0.00803358492871	0.00108944705878	0.105980324104	0.0315274707412	0.1433852663	27.6367569642	16.5187046503	-0.11672611902
3	2.76596970807	0.66242534198	-0.358707072372	1.43459740672	-0.278422509346	1.22278934504	0.0451170941974	-0.0561374255519	0.106267432752	0.00137415177919	-0.0161023212516	-0.00722643474822	-0.143463432663	0.0872759188062	-0.0239088651978	0.120259984261	-0.0126749540015	-0.000209545295048	0.101689692655	-0.0027191298554	0.100481921439	25.1857370354	28.4441886759	-0.876227660282
4	2.34828621961	-0.370377975635	0.295774708505	2.40024505013	-0.69191153874	1.85904808093	0.0502222164719	-0.143769880857	-0.112138363036	0.265402029865	0.000885373844743	0.165379193397	-0.0317206738351	-0.0302899190532	-0.051249037242	0.134877230732	-0.00787307412044	0.0164280212844	0.0952151307875	-0.00189050633831	0.106836271395	11.2848350532	16.9545878465	8.81855949648
5	1.58987761855	0.411269295716	0.167154567595	3.21073607414	1.13386704785	3.83017326434	0.0384232855094	-0.256568805652	-0.302872769832	0.519015295548	0.037505409168	-0.126021739556	0.290511143264	0.171315658351	-0.119374892365	0.186860869978	0.0199370307656	-0.031535567711	0.172119780079	0.0634353070384	0.181942540379	19.5924894548	6.64467890378	13.217360737
6	2.37060186981	1.00390962902	-0.0453434187633	2.32889698009	0.02204521726	0.922290000696	-0.0273336618769	-0.00564773475156	-0.224596117721	0.0266211994647	-0.0225585271028	0.00114120215551	0.0486987665358	0.0175034676144	0.0537619100378	0.106943787656	0.00725025626736	-0.0011434318156	0.0834732301807	0.00935870368175	0.132466971398	16.4426706135	9.0776937986	2.90081739849
7	2.28390247033	-0.311669165611	-1.10448995652	1.95673518052	0.920562297152	2.20511398773	-0.0630348273533	-0.20045083527	-0.253156904357	0.237264365484	-0.0341661693239	0.168807972707	0.0783323301933	0.0108536121155	0.148042247279	0.165569725045	-0.00256530122759	0.00953585798799	0.131368159023	0.0392828630219	0.182313016503	10.1560669922	8.62612369186	10.0571691422
8	2.52390497766	0.891842084113	-0.934732988331	3.66066884924	-1.35046236647	3.06452727653	0.106835925317	0.00900778177469	0.0168844095644	0.0795662922121	0.0576792983478	0.259229709448	-0.0809622345429	-0.0902043880135	-0.168292532978	0.116645404836	-0.000127469683249	0.00808856946352	0.131651271434	-0.0202530580897	0.149476350172	12.2869835223	22.467058433	6.82426071748

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 124 through 135 )	124 - 135	1 - 12
2	2	chain 'A' and (resid 136 through 149 )	136 - 149	13 - 26
3	3	chain 'A' and (resid 150 through 234 )	150 - 234	27 - 111
4	4	chain 'A' and (resid 235 through 263 )	235 - 263	112 - 140
5	5	chain 'A' and (resid 264 through 279 )	264 - 279	141 - 156
6	6	chain 'A' and (resid 280 through 310 )	280 - 310	157 - 187
7	7	chain 'A' and (resid 311 through 323 )	311 - 323	188 - 200
8	8	chain 'A' and (resid 324 through 337 )	324 - 337	201 - 214

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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万見について

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見 (Yorodumi)