PDB-8jc5: Crystal structure of PLEKHM1 RUN domain in complex with GTP-bound...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jc5

タイトル

Crystal structure of PLEKHM1 RUN domain in complex with GTP-bound Arl8b(Q75L)

要素

ADP-ribosylation factor-like protein 8B
Pleckstrin homology domain-containing family M member 1

キーワード

PROTEIN BINDING / PLEKHM1 / RUN / Arl8b / GTP-bound / GTPase / Arf

機能・相同性

機能・相同性情報

antigen processing and presentation of polysaccharide antigen via MHC class II / antigen processing and presentation following phagocytosis / viral exocytosis / calcium ion regulated lysosome exocytosis / endosome to lysosome transport of low-density lipoprotein particle / protein localization to early endosome / cytolytic granule membrane / phagosome-lysosome fusion / early endosome to Golgi transport / late endosome to lysosome transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Qiu, X.H. / Pan, L.F.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2023
タイトル: Mechanistic Insights into the Interactions of Arl8b with the RUN Domains of PLEKHM1 and SKIP.
著者: Qiu, X. / Li, Y. / Wang, Y. / Gong, X. / Wang, Y. / Pan, L.

履歴

登録	2023年5月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jc5.cif.gz	373.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jc5.ent.gz	254.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jc5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8jc5_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8jc5_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	8jc5_validation.xml.gz	30.1 KB	表示
CIF形式データ	8jc5_validation.cif.gz	43 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/8jc5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/8jc5	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8jcaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (4) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ADP-ribosylation factor-like protein 8B

B: ADP-ribosylation factor-like protein 8B

C: Pleckstrin homology domain-containing family M member 1

D: Pleckstrin homology domain-containing family M member 1

ヘテロ分子

83.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ADP-ribosylation factor-like protein 8B

ヘテロ分子

D: Pleckstrin homology domain-containing family M member 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
41.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ADP-ribosylation factor-like protein 8B

ヘテロ分子

C: Pleckstrin homology domain-containing family M member 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.976, 73.817, 91.959
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 114.182, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb

#1: タンパク質	ADP-ribosylation factor-like protein 8B / ADP-ribosylation factor-like protein 10C / Novel small G protein indispensable for equal chromosome ...ADP-ribosylation factor-like protein 10C / Novel small G protein indispensable for equal chromosome segregation 1 分子量: 19400.438 Da / 分子数: 2 / 変異: Q75L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARL8B, ARL10C, GIE1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NVJ2, small monomeric GTPase
#2: タンパク質	Pleckstrin homology domain-containing family M member 1 / PH domain-containing family M member 1 / 162 kDa adapter protein / AP162 分子量: 21899.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLEKHM1, KIAA0356 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y4G2
#3: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.48 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M Lithium chloride, 0.1 M TRIS pH=7.6, 18% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97873 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97873 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.01→83.89 Å / Num. obs: 63813 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 38.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 15.4
反射シェル	解像度: 2.01→2.04 Å / R_merge(I) obs: 0.573 / Num. unique obs: 63813

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHENIX	1.17.1_3660	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.01→46.75 Å / SU ML: 0.2116 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.0558
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2009	3160	4.95 %
R_work	0.1669	60653	-
obs	0.1686	63813	96.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.01→46.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5674	0	66	288	6028

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0106	5913
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2052	8034
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	920
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0059	1013
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.3156	810

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.01-2.04	0.2887	143	0.2357	2711	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.04-2.07	0.3135	144	0.2508	2651	X-RAY DIFFRACTION	98.76
2.07-2.11	0.2538	147	0.2189	2711	X-RAY DIFFRACTION	99.13
2.11-2.14	0.2171	157	0.198	2695	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.14-2.18	0.2455	147	0.1945	2657	X-RAY DIFFRACTION	99.22
2.18-2.22	0.2657	149	0.1926	2638	X-RAY DIFFRACTION	98.62
2.22-2.27	0.2672	77	0.2341	1453	X-RAY DIFFRACTION	53.93
2.27-2.32	0.2058	124	0.1793	2618	X-RAY DIFFRACTION	95.71
2.32-2.37	0.2323	117	0.1758	2712	X-RAY DIFFRACTION	99.47
2.37-2.43	0.1946	132	0.1769	2729	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.43-2.5	0.2032	129	0.1737	2699	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.5-2.57	0.2292	147	0.1787	2701	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.57-2.65	0.2485	164	0.1896	2651	X-RAY DIFFRACTION	99.47
2.65-2.75	0.2182	150	0.1766	2663	X-RAY DIFFRACTION	98.22
2.75-2.86	0.2055	154	0.1802	2632	X-RAY DIFFRACTION	96.8
2.86-2.99	0.2478	131	0.1908	2711	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.99-3.15	0.2022	142	0.1757	2718	X-RAY DIFFRACTION	99.51
3.15-3.34	0.2145	125	0.1721	2728	X-RAY DIFFRACTION	99.2
3.34-3.6	0.2153	131	0.1617	2654	X-RAY DIFFRACTION	97.99
3.6-3.96	0.1809	126	0.146	2687	X-RAY DIFFRACTION	97.17
3.97-4.54	0.1373	142	0.1375	2733	X-RAY DIFFRACTION	99.34
4.54-5.72	0.2202	126	0.1526	2723	X-RAY DIFFRACTION	98.17
5.72-46.75	0.1719	156	0.1584	2778	X-RAY DIFFRACTION	98.99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.08708729953	1.55543785871	1.11686711695	7.1008982697	1.55449047928	7.60468531665	0.0767363606513	0.547566219385	-0.460656500187	-0.0732916293758	0.202965531114	-0.780337640544	0.696262818309	0.706741109551	-0.229867437053	0.291019804656	0.00685618885619	-0.0131548938088	0.476639721801	0.0428809451339	0.424815261981	-25.6168188903	-21.6378673559	34.1408475921
2	7.03055761625	1.55205154626	0.0904997514111	9.59710444094	-0.839355432723	8.51786543105	-0.123340127767	-0.624422289704	-0.21903833199	0.785295889453	-0.172257298531	-0.833354003092	-0.205814924491	0.976006213417	0.237636714595	0.280968692368	-0.0280501219134	-0.0146803897007	0.673924262588	0.112519815948	0.451362338985	-20.8480632413	-16.2443779897	43.3873665756
3	8.72245373021	-4.06364985349	0.671834175062	2.16999064687	-0.299934852998	4.67906829615	0.489004153557	0.462393262312	-0.707856324063	-0.251488244671	-0.737565987077	-0.273264244138	0.270958527096	0.908776047805	0.306051299633	0.329158767162	0.0163846562487	0.0520348015656	0.555943348022	0.126609938103	0.528288901835	-19.2335993348	-23.0703331723	33.6646479703
4	6.70197239049	-2.7510455869	-0.398294402289	2.11335398838	2.39075136309	5.26418850548	-0.315350592355	1.62251907335	0.735136917856	-0.177130717951	0.356206000564	-0.100223931697	-0.26272603767	0.165346790502	0.0796542433721	0.387992947801	-0.0514613214411	0.00685195154041	0.541764575257	0.200788553793	0.450264079587	-28.1178567046	-11.4866754639	27.5564480174
5	6.66020020952	-0.805605896273	0.399375620091	5.76277932642	2.87787765039	7.89745658243	-0.109305418541	0.476632430681	-0.0518978066564	-0.24965146873	0.0291204751563	0.119308655327	-0.157492154504	0.135422497247	0.0771549832965	0.15201564364	-0.032008707754	0.0457725007062	0.279969849953	0.0327779221541	0.304897529459	-35.9748327813	-18.2652383021	32.8948906562
6	5.74363349789	5.82795562113	5.66231756049	6.00439637431	5.70046785584	5.64468700604	0.125890175277	-1.21192111032	-0.196155604653	0.648636331253	-0.170069521422	0.419004269572	0.143320379305	-0.439236177639	0.0463684106144	0.373703791943	0.0233902249041	0.0547185622071	0.590987760899	0.0442316060891	0.485616270974	-40.2723547008	-20.600474882	47.5850863421
7	7.83379938062	0.435354053282	1.42020998218	1.72992367208	0.262975674621	4.72643984078	0.00642146498806	-0.251155499625	-1.31634216722	0.0466755965558	0.00291366210515	-0.0972518622634	0.628363393879	0.171464921532	-0.0363413410902	0.362873083614	0.0157485030447	0.0703966108545	0.274671086944	0.0936196867605	0.594498012814	-33.9897717043	-28.0085035929	38.0606750453
8	7.11883816887	-2.2217700644	0.401438578489	5.56275022456	-1.67501653228	5.70237030586	0.0123451600506	-0.0532979427082	-0.653060727675	0.163032891973	-0.267547047272	0.510023879554	0.346213593476	-0.344284546334	0.20487916969	0.405592516698	-0.0559634052886	0.0297598216703	0.405691499374	-0.104919125793	0.323708133413	3.88111976583	-40.9276670601	16.5357489105
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12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 87 through 100 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 101 through 130 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 131 through 146 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 147 through 156 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 157 through 169 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 170 through 181 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 10 through 59 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 60 through 113 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 114 through 205 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 10 through 32 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 33 through 44 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 45 through 76 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 77 through 98 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 99 through 113 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 114 through 140 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 141 through 173 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 174 through 182 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 183 through 205 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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