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- PDB-8jc1: Crystal structure of Pectocin M1 from Pectobacterium carotovorum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jc1
タイトルCrystal structure of Pectocin M1 from Pectobacterium carotovorum
要素pectocin M1
キーワードHYDROLASE / bactereocin / pectocin M1 / colicin / ferredoxin-like protein / peptidoglycan
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / defense response to bacterium / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Colicin M / Colicin M / Ferredoxin [2Fe-2S], plant / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / SULFITE ION / Ferredoxin (2Fe-2S)
類似検索 - 構成要素
生物種Pectobacterium carotovorum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Jantarit, N. / Kurisu, G. / Tanaka, H.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Science and TechnologyJPMJCR20E1 日本
引用ジャーナル: Febs Open Bio / 年: 2024
タイトル: Crystal structure of pectocin M1 reveals diverse conformations and interactions during its initial step via the ferredoxin uptake system.
著者: Jantarit, N. / Tanaka, H. / Lin, Y. / Lee, Y.H. / Kurisu, G.
履歴
登録2023年5月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / pdbx_entry_details
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: pectocin M1
B: pectocin M1
C: pectocin M1
D: pectocin M1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,09829
ポリマ－117,4184
非ポリマー1,68025
水9,728540
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13670 Å2
ΔGint-262 kcal/mol
Surface area46130 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)66.279, 138.553, 68.947
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.183, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
pectocin M1 / Pectocin M1


分子量: 29354.586 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pectobacterium carotovorum (バクテリア)
株: PC1 / 遺伝子: PC1_2303 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: C6DJ69

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非ポリマー , 8種, 565分子

#2: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-SO3 / SULFITE ION / 亜硫酸アニオン


分子量: 80.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO3
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 540 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.26 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 19.2% w/v poly(acrylic acid sodium salt) 5,100

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→49.49 Å / Num. obs: 77569 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 1.82 % / Biso Wilson estimate: 38.86 Å2 / CC1/2: 0.993 / CC star: 0 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 6.63
反射 シェル解像度: 2.04→2.17 Å / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 1.17 / Num. unique obs: 23492 / CC1/2: 0.7 / % possible all: 87.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
Coot0.9.6モデル構築
PHENIX1.19.2_4158位相決定
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4N58

4n58


解像度: 2.04→49.49 Å / SU ML: 0.2753 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.7312
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2385 1976 2.55 %
Rwork0.1953 75376 -
obs0.1964 77352 98.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→49.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8158 0 67 540 8765
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00738368
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.847111354
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05221256
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00691492
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.53691185
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.04-2.090.34081110.28824820X-RAY DIFFRACTION87.83
2.09-2.150.28671310.25295427X-RAY DIFFRACTION99.8
2.15-2.210.25291580.22865438X-RAY DIFFRACTION99.86
2.21-2.280.28091350.22285453X-RAY DIFFRACTION99.89
2.28-2.370.28981510.2275421X-RAY DIFFRACTION99.71
2.37-2.460.29811400.2375424X-RAY DIFFRACTION99.93
2.46-2.570.30131450.2385440X-RAY DIFFRACTION99.86
2.57-2.710.29321370.22835446X-RAY DIFFRACTION99.77
2.71-2.880.29031560.21155464X-RAY DIFFRACTION99.82
2.88-3.10.26221400.20715404X-RAY DIFFRACTION99.8
3.1-3.410.27231380.20255455X-RAY DIFFRACTION99.36
3.41-3.910.20881480.1795386X-RAY DIFFRACTION98.54
3.91-4.920.1991430.1535355X-RAY DIFFRACTION97.88
4.92-49.490.18651430.17665443X-RAY DIFFRACTION98.09

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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