PDB-8jbz: Crystal structure of 3-ketosteroid delta1-dehydrogenase from Rhod...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jbz

タイトル

Crystal structure of 3-ketosteroid delta1-dehydrogenase from Rhodococcus erythropolis SQ1 in complex with 4-androstadiene-3,17- dione

要素

3-ketosteroid dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / 3-ketosteroid delta1-dehydrogenase / Rhodococcus erythropolis SQ1 / 4-androstadiene-3 / 17- dione.

機能・相同性

機能・相同性情報

3-oxosteroid 1-dehydrogenase activity / steroid metabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodococcus erythropolis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.079 Å

データ登録者

Hu, Y.L. / Li, X. / Cheng, X.Y. / Song, S.K. / Su, Z.D.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of 3-ketosteroid delta1-dehydrogenase from Rhodococcus erythropolis SQ1 in complex with 4-androstadiene-3,17- dione
著者: Hu, Y.L. / Li, X. / Cheng, X.Y. / Song, S.K. / Su, Z.D.

履歴

登録	2023年5月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2023年5月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jbz.cif.gz	187.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jbz.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jbz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8jbz_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8jbz_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	8jbz_validation.xml.gz	20.3 KB	表示
CIF形式データ	8jbz_validation.cif.gz	28.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/8jbz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/8jbz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (3) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: 3-ketosteroid dehydrogenase

ヘテロ分子

55.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.108, 120.108, 117.242
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	151
Space group name H-M	P3₁12

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-718- HOH

#1: タンパク質	3-ketosteroid dehydrogenase / 3-oxosteroid 1-dehydrogenase 分子量: 54253.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodococcus erythropolis (バクテリア) 遺伝子: kstD1, BS297_24040, rerp_49010, RERY_47440 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RA02, 3-oxosteroid 1-dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-ASD / 4-ANDROSTENE-3-17-DIONE / アンドロステンジオン分子量: 286.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ホルモン*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.66 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.8 M Ammonium citrate tribasic, pH7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.079→104.234 Å / Num. obs: 58119 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.5 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 16.2
反射シェル	解像度: 2.08→2.14 Å / Num. unique obs: 4463 / CC_1/2: 0.858

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.079→104.234 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.13 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2286	2850	4.904 %
R_work	0.1944	55264	-
all	0.196	-	-
obs	-	58114	99.923 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.679 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.813 Å²	0.407 Å²	0 Å²
2-	-	0.813 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.637 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.079→104.234 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3812	0	74	105	3991

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	3970
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.037	0.017	3561
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.762	1.64	5408
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.442	1.575	8253
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.626	5	520
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.662	22.15	200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.645	15	575
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.173	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	514
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	4627
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.012	0.02	826
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	778
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.218	0.2	3320
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	1996
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	1718
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.122	0.2	129
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.391	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.409	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.665	4.318	2083
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.665	4.316	2082
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.728	6.462	2602
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.727	6.464	2603
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.801	4.679	1887
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.8	4.679	1888
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.735	6.844	2806
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.733	6.844	2807
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.878	51.2	4332
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.884	51.178	4323

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.079-2.133	0.303	210	0.267	4019	X-RAY DIFFRACTION	99.389
2.133-2.192	0.275	201	0.241	3981	X-RAY DIFFRACTION	100
2.192-2.255	0.239	184	0.227	3877	X-RAY DIFFRACTION	99.9754
2.255-2.325	0.285	203	0.215	3730	X-RAY DIFFRACTION	99.9746
2.325-2.401	0.259	173	0.219	3639	X-RAY DIFFRACTION	99.9738
2.401-2.485	0.266	203	0.214	3478	X-RAY DIFFRACTION	99.9728
2.485-2.579	0.252	164	0.211	3393	X-RAY DIFFRACTION	100
2.579-2.684	0.256	170	0.225	3269	X-RAY DIFFRACTION	99.9709
2.684-2.803	0.292	157	0.24	3161	X-RAY DIFFRACTION	100
2.803-2.94	0.263	153	0.25	3002	X-RAY DIFFRACTION	100
2.94-3.099	0.272	159	0.257	2840	X-RAY DIFFRACTION	100
3.099-3.287	0.292	155	0.243	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
3.287-3.514	0.245	139	0.219	2552	X-RAY DIFFRACTION	100
3.514-3.795	0.217	133	0.19	2363	X-RAY DIFFRACTION	100
3.795-4.157	0.164	92	0.14	2201	X-RAY DIFFRACTION	100
4.157-4.647	0.144	109	0.13	1988	X-RAY DIFFRACTION	100
4.647-5.364	0.173	94	0.128	1743	X-RAY DIFFRACTION	100
5.364-6.566	0.18	64	0.157	1508	X-RAY DIFFRACTION	100
6.566-9.272	0.153	52	0.145	1182	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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