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- PDB-8jbi: SteC 202-375 mutant- C276S -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jbi
タイトルSteC 202-375 mutant- C276S
要素Secreted effector kinase SteC
キーワードTRANSFERASE / effectors / kinase / AMP
機能・相同性転移酵素; リンを含む基を移すもの / kinase activity / host cell cytoplasm / extracellular region / ATP binding / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Secreted effector kinase SteC
機能・相同性情報
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.356 Å
データ登録者Zhang, M. / Dai, Y. / Li, B.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32170034 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Salmonella manipulates macrophage cytoskeleton to penetrate gut-vascular barrier and promote dissemination during infection
著者: Zhang, M. / Dai, Y. / Li, B.
履歴
登録2023年5月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Secreted effector kinase SteC
A: Secreted effector kinase SteC
B: Secreted effector kinase SteC
C: Secreted effector kinase SteC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,43513
ポリマ－78,9244
非ポリマー1,5109
水3,009167
1
D: Secreted effector kinase SteC
A: Secreted effector kinase SteC
ヘテロ分子

B: Secreted effector kinase SteC
C: Secreted effector kinase SteC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,43513
ポリマ－78,9244
非ポリマー1,5109
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_456-x-1,y+1/2,-z+11
Buried area12010 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area33370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.998, 92.880, 88.838
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.82, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Secreted effector kinase SteC / Salmonella translocated effector C


分子量: 19731.074 Da / 分子数: 4 / 変異: C276S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain 14028s / SGSC 2262) (サルモネラ菌)
遺伝子: steC, STM14_2050 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: D0ZIB5, 転移酵素; リンを含む基を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.64 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: Sodium cacodylate trihydrate, Ammonium sulfate, Magnesium sulfate heptahydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.356→40.398 Å / Num. obs: 35432 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.022 / Net I/σ(I): 24.3
反射 シェル解像度: 2.36→2.48 Å / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 5280 / CC1/2: 0.896 / Rpim(I) all: 0.246 / Rrim(I) all: 0.724 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
STARANISO1.0.5データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.356→40.398 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2422 1664 4.7 %
Rwork0.1949 --
obs0.1972 35390 96.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.356→40.398 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4894 0 97 167 5158
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085169
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1636966
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.751968
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078757
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004908
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3564-2.42570.28711440.24612850X-RAY DIFFRACTION98
2.4257-2.5040.30341300.23352869X-RAY DIFFRACTION100
2.504-2.59350.27071570.22772891X-RAY DIFFRACTION100
2.5935-2.69730.2756930.23281866X-RAY DIFFRACTION65
2.6973-2.82010.31531470.22662899X-RAY DIFFRACTION100
2.8201-2.96870.27091430.20822860X-RAY DIFFRACTION100
2.9687-3.15460.31731500.21832899X-RAY DIFFRACTION100
3.1546-3.39810.25031240.20412915X-RAY DIFFRACTION100
3.3981-3.73980.23941450.19192892X-RAY DIFFRACTION100
3.7398-4.28050.19441440.17072904X-RAY DIFFRACTION100
4.2805-5.39090.21321620.16952892X-RAY DIFFRACTION100
5.3909-40.3980.24451250.19782989X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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