PDB-8jb1: Crystal structure of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jb1

タイトル

Crystal structure of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Corynebacterium glutamicum ATCC13032 in complex with NADP

要素

Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / glycolysis / dehydrogenase

機能・相同性

NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / :

機能・相同性情報

生物種

Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.44 Å

データ登録者

Son, H.F. / Kim, K.J.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2023
タイトル: Structure-based functional analysis of a novel NADPH-producing glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Corynebacterium glutamicum.
著者: Son, H.F. / Park, W. / Kim, S. / Kim, I.K. / Kim, K.J.

履歴

登録	2023年5月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jb1.cif.gz	197.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jb1.ent.gz	157 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jb1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8jb1_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8jb1_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8jb1_validation.xml.gz	36.6 KB	表示
CIF形式データ	8jb1_validation.cif.gz	50.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/8jb1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/8jb1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

110 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
221 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	92.754, 92.754, 287.554
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	95
Space group name H-M	P4₃22

#1: タンパク質	Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase 分子量: 54341.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア) 遺伝子: gapX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8G0FZM1
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.77 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3K, HEPES/NaOH, sodium chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.987 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2023年4月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.987 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.44→50 Å / Num. obs: 45137 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 8.3 % / CC_1/2: 0.795 / Net I/σ(I): 13.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.45-2.49	4.9	0.295	2089	0.795	0.941	0.133	0.326	1.303	90.9
2.49-2.54	5	0.285	2154	0.823	0.95	0.128	0.314	1.41	91.6
2.54-2.59	4.9	0.276	2119	0.875	0.966	0.124	0.305	1.455	91.3
2.59-2.64	5.3	0.262	2145	0.861	0.962	0.115	0.288	1.437	91.9
2.64-2.7	5.6	0.249	2157	0.872	0.965	0.105	0.272	1.466	92.3
2.7-2.76	5.6	0.235	2161	0.921	0.979	0.098	0.256	1.599	92.7
2.76-2.83	6.2	0.209	2206	0.942	0.985	0.083	0.226	1.665	93.6
2.83-2.9	6.7	0.192	2234	0.959	0.989	0.073	0.206	1.765	94
2.9-2.99	7.3	0.169	2203	0.979	0.995	0.061	0.18	1.908	94.8
2.99-3.09	7.7	0.16	2214	0.984	0.996	0.056	0.17	2.003	94.5
3.09-3.2	8	0.145	2253	0.986	0.997	0.05	0.154	2.191	94.8
3.2-3.32	8.8	0.124	2270	0.992	0.998	0.04	0.131	2.344	95.8
3.32-3.48	9.7	0.109	2268	0.996	0.999	0.034	0.115	2.712	96.2
3.48-3.66	10.3	0.099	2294	0.996	0.999	0.03	0.103	2.919	96.7
3.66-3.89	10.7	0.09	2308	0.996	0.999	0.027	0.094	3.194	96.7
3.89-4.19	11.2	0.081	2338	0.997	0.999	0.024	0.085	3.559	97.6
4.19-4.61	11.9	0.075	2374	0.997	0.999	0.021	0.078	3.832	97.9
4.61-5.28	11.7	0.069	2385	0.998	0.999	0.02	0.072	3.57	97.6
5.28-6.65	11.3	0.068	2422	0.998	0.999	0.02	0.071	3.235	97.6
6.65-50	10.3	0.062	2543	0.997	0.999	0.019	0.065	3.69	95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.44→31.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / SU B: 9.538 / SU ML: 0.212 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.373 / ESU R Free: 0.278 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26249	2189	4.8 %	RANDOM
R_work	0.19246	-	-	-
obs	0.19589	42947	94.81 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.059 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.9 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.9 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.44→31.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7292	0	114	130	7536

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	7532
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	7179
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.608	1.647	10254
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.53	1.576	16422
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.153	5	932
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.168	5	71
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.161	10	1240
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	1206
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	8941
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1749
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.291	4.337	3740
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.289	4.337	3740
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.575	7.778	4668
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.574	7.779	4669
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.589	4.707	3792
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.589	4.707	3793
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.269	8.444	5587
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.255	41.67	8202
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	10.255	41.67	8203
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.444→2.507 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.347	168	-
R_work	0.276	2932	-
obs	-	-	90.43 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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