PDB-8jao: Crystal structure of B1 IMP-1 MBL in complex with 2-amino-5-phene...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jao

タイトル

Crystal structure of B1 IMP-1 MBL in complex with 2-amino-5-phenethylthiazole-4-carboxylic acid

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / Beta-lactamase class B IMP-1

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.194 Å

データ登録者

Yan, Y.-H. / Li, G.-B.

資金援助

中国, 3件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	81874291	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	82122065	中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)	82073698	中国

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Discovery of 2-Aminothiazole-4-carboxylic Acids as Broad-Spectrum Metallo-beta-lactamase Inhibitors by Mimicking Carbapenem Hydrolysate Binding.
著者: Yan, Y.H. / Zhang, T.T. / Li, R. / Wang, S.Y. / Wei, L.L. / Wang, X.Y. / Zhu, K.R. / Li, S.R. / Liang, G.Q. / Yang, Z.B. / Yang, L.L. / Qin, S. / Li, G.B.

履歴

登録	2023年5月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2023年11月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jao.cif.gz	104.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jao.ent.gz	77.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jao.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8jao_validation.pdf.gz	999.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8jao_full_validation.pdf.gz	1002.9 KB	表示
XML形式データ	8jao_validation.xml.gz	19.4 KB	表示
CIF形式データ	8jao_validation.cif.gz	27.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/8jao ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/8jao	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8hx5C 8hxeC 8hxiC 8hxnC 8hxoC 8hxpC 8hxuC 8hxvC 8hxwC 8hy1C 8hy2C 8hy6C 8hydC 7yh9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

49.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.758, 52.231, 200.973
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 24205.635 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: blaIMP-1, bla IMP, bla-imp, blaESP, imp / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q79MP6, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-5ZX / 2-azanyl-5-(2-phenylethyl)-1,3-thiazole-4-carboxylic acid 分子量: 248.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₂N₂O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1M sodium acetate pH 4.5, 20-28% PEG8000, 0.2M lithium sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 195 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 X CdTe 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 27187 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / CC_1/2: 0.958 / Net I/σ(I): 7.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.2-2.24	13.1	0.67	1317	0.958	0.989	0.19	0.697	0.876	100
2.24-2.28	13.2	0.595	1338	0.966	0.991	0.169	0.619	0.871	100
2.28-2.32	12.9	0.54	1349	0.971	0.993	0.156	0.563	0.887	100
2.32-2.37	12.8	0.459	1318	0.978	0.994	0.133	0.478	0.9	100
2.37-2.42	12.4	0.375	1320	0.976	0.994	0.111	0.391	0.929	100
2.42-2.48	12	0.322	1346	0.985	0.996	0.096	0.336	0.925	100
2.48-2.54	12.5	0.295	1330	0.984	0.996	0.086	0.307	0.927	100
2.54-2.61	13.5	0.262	1348	0.99	0.997	0.074	0.272	0.939	100
2.61-2.69	13.4	0.235	1333	0.99	0.997	0.066	0.244	0.951	100
2.69-2.77	13.3	0.196	1363	0.992	0.998	0.055	0.204	0.958	100
2.77-2.87	13.2	0.169	1350	0.994	0.998	0.048	0.176	1.002	100
2.87-2.99	13.2	0.14	1330	0.996	0.999	0.04	0.145	1.021	100
2.99-3.12	12.5	0.113	1356	0.996	0.999	0.033	0.118	1.102	100
3.12-3.29	12.1	0.098	1366	0.997	0.999	0.029	0.102	1.153	99.9
3.29-3.49	13.5	0.083	1364	0.997	0.999	0.023	0.086	1.086	100
3.49-3.76	13.4	0.073	1372	0.998	0.999	0.021	0.076	1.045	100
3.76-4.14	13.1	0.066	1358	0.998	0.999	0.019	0.069	0.931	99.9
4.14-4.74	11.9	0.06	1399	0.998	1	0.018	0.063	0.886	99.9
4.74-5.97	12.8	0.054	1412	0.998	1	0.016	0.057	0.768	100
5.97-50	11.5	0.06	1518	0.998	1	0.018	0.063	0.827	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1-2155	精密化
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7YH9

7yh9

解像度: 2.194→26.668 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.43 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2288	1985	7.4 %
R_work	0.1787	-	-
obs	0.1825	26833	98.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.194→26.668 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3424	0	38	171	3633

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.018	3567
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.153	4814
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.082	2074
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	530
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	602

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.194-2.2486	0.2867	107	0.229	1517	X-RAY DIFFRACTION	84
2.2486-2.3093	0.2937	142	0.2177	1737	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3093-2.3772	0.2568	136	0.2007	1757	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3772-2.4539	0.2243	148	0.1914	1772	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4539-2.5416	0.2552	141	0.1935	1749	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5416-2.6432	0.231	137	0.1956	1783	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6432-2.7634	0.3318	143	0.1955	1783	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7634-2.9089	0.2795	147	0.2122	1772	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9089-3.0909	0.2302	142	0.1829	1795	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0909-3.3292	0.2567	141	0.1863	1782	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3292-3.6634	0.2246	145	0.172	1784	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6634-4.1918	0.2053	151	0.1669	1816	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1918-5.2745	0.2007	148	0.1371	1856	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2745-26.668	0.1778	157	0.1744	1945	X-RAY DIFFRACTION	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)