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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jae | ||||||
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タイトル | Crystal structure of E33A mutant human galectin-10 produced by cell-free protein synthesis in complex with melezitose | ||||||
要素 | Galectin-10 | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / Galectin / CLC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of activated T cell proliferation / regulation of T cell cytokine production / T cell apoptotic process / regulation of T cell anergy / cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / carbohydrate binding / collagen-containing extracellular matrix / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å | ||||||
データ登録者 | Kojima, M. / Ueno, T. / Abe, S. / Hirata, K. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cell-free protein crystallization for rapid structure determination of multiple substrates 著者: Kojima, M. / Abe, S. / Hirata, K. / Ueno, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8jae.cif.gz | 58.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8jae.ent.gz | 33 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8jae.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8jae_validation.pdf.gz | 905.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8jae_full_validation.pdf.gz | 906.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8jae_validation.xml.gz | 9.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8jae_validation.cif.gz | 13.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/8jae ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ja/8jae | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16413.797 Da / 分子数: 1 / 変異: E33A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: cell-free synthesis / 遺伝子: CLC, LGALS10, LGALS10A / 発現宿主: Triticum aestivum (コムギ) / 参照: UniProt: Q05315 |
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#2: 多糖 | alpha-D-glucopyranose-(1-2)-[alpha-D-glucopyranose-(1-3)]beta-D-fructofuranose タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.91 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: small tubes / 詳細: cell-free crystallization |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.62→50 Å / Num. obs: 25346 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 14.47 % / Biso Wilson estimate: 15.68 Å2 / CC1/2: 0.988 / Net I/σ(I): 10.52 |
反射 シェル | 解像度: 1.62→1.72 Å / Num. unique obs: 4028 / CC1/2: 0.704 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.62→42.57 Å / SU ML: 0.196 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.6903 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.7 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.62→42.57 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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