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- PDB-8ja5: Crystal structure of Nipah Virus attachment (G) glycoprotein in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ja5
タイトルCrystal structure of Nipah Virus attachment (G) glycoprotein in complex with neutralizing antibody 14F8
要素
  • (14F8 antibody light ...) x 2
  • 14F8 antibody heavy chain
  • Glycoprotein G
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性) / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Nipah virus / antibody (抗体) / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性)
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion involved in viral entry into host cell / exo-alpha-sialidase activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin-neuraminidase / Haemagglutinin/haemagglutinin-neuraminidase, paramyxovirus / Haemagglutinin-neuraminidase / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Nipah henipavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Li, Y.H. / Huang, X.Y. / Xu, J.J. / Chen, W.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32200762 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Nipah Virus attachment (G) glycoprotein in complex with neutralizing antibody 14F8
著者: Li, Y.H. / Huang, X.Y. / Li, R.H. / Xu, J.J. / Chen, W.
履歴
登録2023年5月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: 14F8 antibody heavy chain
L: 14F8 antibody light chain
A: Glycoprotein G
B: 14F8 antibody heavy chain
C: 14F8 antibody light chain
D: Glycoprotein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,53814
ポリマ－193,1226
非ポリマー4,4168
水1,08160
1
H: 14F8 antibody heavy chain
L: 14F8 antibody light chain
A: Glycoprotein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,7657
ポリマ－96,3143
非ポリマー2,4514
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8960 Å2
ΔGint7 kcal/mol
Surface area35140 Å2
手法PISA
2
B: 14F8 antibody heavy chain
C: 14F8 antibody light chain
D: Glycoprotein G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,7737
ポリマ－96,8083
非ポリマー1,9654
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8550 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area34480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.957, 125.957, 317.264
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

-
抗体 , 3種, 4分子 HBLC

#1: 抗体 14F8 antibody heavy chain


分子量: 24967.994 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 14F8 antibody light chain


分子量: 23587.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 14F8 antibody light chain


分子量: 24081.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 62分子 AD

#10: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
#3: タンパク質 Glycoprotein G


分子量: 47758.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nipah henipavirus (ウイルス) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9IH62

-
糖 , 5種, 8分子

#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1056.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-4/a4-b1_a6-f1_b4-c1_c3-d1_d3-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-4/a4-b1_a6-e1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#9: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.57 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2.05M Ammonium sulfate, 10mM Barium chloride dihydrate, 0.1M Bis-Tris pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→36.83 Å / Num. obs: 63808 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 62.38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 19.14
反射 シェル解像度: 2.79→2.89 Å / Rmerge(I) obs: 0.104 / Num. unique obs: 63465

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6VY5

6vy5


解像度: 2.79→36.45 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2449 3143 4.95 %
Rwork0.2166 --
obs0.218 63451 98.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.79→36.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13130 0 293 60 13483
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.548
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.255034
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1052179
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0112360
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.79-2.840.41151520.35612536X-RAY DIFFRACTION94
2.84-2.880.38371290.33142668X-RAY DIFFRACTION98
2.88-2.930.32671190.32522691X-RAY DIFFRACTION98
2.93-2.990.33381340.30942670X-RAY DIFFRACTION98
2.99-3.050.31291500.29412651X-RAY DIFFRACTION98
3.05-3.110.32341440.27982702X-RAY DIFFRACTION99
3.11-3.170.30431330.27662681X-RAY DIFFRACTION99
3.17-3.250.3221360.27052734X-RAY DIFFRACTION99
3.25-3.330.30081260.27822723X-RAY DIFFRACTION99
3.33-3.420.24791460.26452740X-RAY DIFFRACTION99
3.42-3.520.25591380.2412721X-RAY DIFFRACTION100
3.52-3.630.26381520.22742739X-RAY DIFFRACTION100
3.63-3.760.24841490.21712712X-RAY DIFFRACTION100
3.76-3.910.25031490.20142760X-RAY DIFFRACTION100
3.91-4.090.24271490.19752754X-RAY DIFFRACTION100
4.09-4.310.19481320.17322771X-RAY DIFFRACTION100
4.31-4.580.21461510.16942771X-RAY DIFFRACTION100
4.58-4.930.18791700.15972766X-RAY DIFFRACTION100
4.93-5.420.1791380.17272824X-RAY DIFFRACTION100
5.42-6.210.24381350.20342825X-RAY DIFFRACTION100
6.21-7.80.22251550.20362873X-RAY DIFFRACTION100
7.81-36.450.22941560.20542996X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.24771.6989-2.66287.2676-1.81672.40710.04880.2208-0.22530.25510.0210.11990.0415-0.0748-0.03580.30890.0359-0.07860.3848-0.01170.3063-1.0451-0.1495-56.048
21.92741.7265-0.31023.0638-0.01361.5945-0.0630.3973-0.0350.1373-0.02580.08270.3370.01010.12940.4350.04930.06040.48310.01330.2963-18.5288-7.7199-57.2009
35.3439-0.25082.59862.07460.59591.41340.03691.4050.1205-0.5952-0.21840.06290.24980.55170.33520.5977-0.08630.03450.83410.08930.4341-27.1917-14.8903-64.5147
47.76472.27257.333.21.60167.630.23290.50651.6090.2798-0.69830.70250.27590.07740.61660.4477-0.01880.1330.55620.06290.6658-22.612117.4788-49.8132
53.90792.6172-0.36477.35411.82270.8568-0.39390.56370.4657-0.66710.34950.6939-0.2123-0.104-0.02450.33730.014-0.03310.41680.12250.362-12.303517.8236-58.3671
67.4767-0.74843.77696.9481-2.57176.0759-0.33490.51291.33010.5937-0.20921.2475-1.1475-0.02320.54180.4851-0.06010.10090.52770.16210.8419-18.335823.8839-53.893
740.94371.42262.84950.44532.165-0.27340.4611.0165-0.1776-0.00620.9713-0.0195-0.36650.23390.3864-0.0616-0.02520.43210.09550.5915-22.607512.2905-55.5568
85.8322-2.84340.68499.27750.53411.85110.2701-0.2876-0.01980.983-0.36120.76070.1808-0.15090.19390.6208-0.30170.08470.7237-0.01520.4553-39.4009-13.482-55.4065
99.08163.0485-1.19084.5645-1.20032.5624-0.0444-1.682-0.39371.8674-0.48631.22390.5833-1.53490.21321.1425-0.41070.36451.4452-0.05450.7962-40.7074-14.4815-46.3716
106.75830.2990.36289.3139-6.83487.3022-0.02470.11860.3667-0.3805-0.7809-0.96680.5903-0.53971.0010.582-0.12260.04680.7584-0.02940.4456-34.5795-4.7385-57.0523
113.8059-0.44581.4210.90030.87282.56460.5892-0.5779-0.65061.0428-0.12821.55240.2182-0.3709-0.68710.8945-0.37780.23310.9226-0.17131.1548-46.842-16.021-51.9861
123.18010.91040.8232.4652-1.29143.8935-0.0269-0.3095-0.0260.2281-0.1268-0.50540.16190.19960.06830.4110.0442-0.01680.4229-0.05020.329323.211219.8011-54.5464
134.27210.7327-2.66843.7396-0.63872.0448-0.31080.2885-0.09710.09050.1587-0.2701-0.02240.35420.16150.30480.0263-0.01360.28670.02370.304524.790429.377-59.016
142.04672.12340.0887.66260.56541.7905-0.13880.3837-0.1998-0.66510.1443-0.3420.0250.1952-0.02320.31590.05870.00180.651-0.07130.321721.865312.0782-75.8045
152.92041.0367-0.62881.8160.15022.8984-0.09390.2851-0.4655-0.1770.0823-0.61750.26280.4719-0.00950.31720.11140.00310.5111-0.06620.515728.98064.8601-66.959
163.11861.6833-1.08253.4891.50722.1147-0.0353-0.6474-0.46310.67560.0346-0.58010.26020.3349-0.00980.51190.0876-0.1860.56390.1010.462124.2635.648-48.8566
171.588-0.0026-2.17073.928-0.42293.10060.0644-0.6532-0.06610.3936-0.0836-0.81270.25360.359-0.06340.43480.0553-0.09960.45460.02550.353427.308717.7593-50.8098
186.9467-2.3598-5.63656.09293.39448.0516-0.3664-0.6332-0.78451.14110.632-0.03221.64340.5729-0.13490.66750.0148-0.0530.41580.13970.4428-26.5843-9.6827-26.2336
192.3426-1.3075-1.53963.33070.61991.3944-0.114-0.3595-0.0633-0.02460.1594-0.30220.27170.1439-0.00570.51230.0243-0.02270.43370.04520.3027-23.2233-4.687-26.4588
203.2266-0.7261.83181.1594-1.67094.99250.0939-0.9959-0.66851.2110.1439-0.55971.0268-0.0526-0.20791.13430.2114-0.20850.93940.10960.6102-4.7448-16.6743-19.2948
217.5492-1.37942.73012.92990.12296.34980.0227-0.3071-0.0815-0.1390.0362-1.2363-0.05490.59-0.09610.40610.06570.090.54670.03210.8641-9.937716.5739-30.0088
227.7763-2.25230.63326.6671-0.19712.2631-0.188-0.7850.690.46630.2731-0.9398-0.0940.327-0.040.38820.001-0.03570.4493-0.13280.4045-19.092417.1498-22.6757
234.7163-1.8509-0.23412.7174-0.34871.1063-0.3419-0.9731.15430.52930.238-1.23690.11450.38580.09530.49930.1277-0.10850.6725-0.09450.7017-9.939910.7012-25.051
243.80310.91780.76044.26091.29344.07970.05120.1138-0.1790.18010.1363-0.87820.54520.6031-0.15090.66350.2546-0.18610.8434-0.03960.7676.4174-11.9098-29.063
251.98380.31320.42522.39770.41311.68920.02320.1669-0.9007-0.1990.3988-1.50160.47650.5354-0.52450.9660.4453-0.13241.0719-0.12771.358514.7411-15.7184-32.1708
260.9126-1.34-0.20322.45030.52553.29670.07020.2019-0.0422-0.2543-0.0990.44780.1673-0.2470.06990.3986-0.0249-0.00420.45210.12740.4483-55.914217.8659-26.8264
272.0064-1.60640.33774.0705-0.66761.1809-0.381-0.7078-0.42840.87610.39020.64140.2408-0.11920.00140.53330.07610.18570.68880.17860.5154-56.499810.5213-8.1487
283.5559-0.4724-0.063.8230.06951.9427-0.0641-0.0177-0.7637-0.15110.04841.1220.3581-0.3698-0.00530.4033-0.0937-0.03170.41620.05310.6858-60.3124.7707-25.8472
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 1 through 82 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 83 through 148 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resid 149 through 216 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'L' and (resid 1 through 25 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'L' and (resid 26 through 66 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'L' and (resid 67 through 80 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'L' and (resid 81 through 118 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'L' and (resid 119 through 155 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'L' and (resid 156 through 168 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'L' and (resid 169 through 187 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'L' and (resid 188 through 214 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 186 through 243 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 244 through 271 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 272 through 406 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 407 through 526 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 527 through 560 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 561 through 602 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 1 through 17 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 18 through 148 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 149 through 216 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 1 through 25 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 26 through 80 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 81 through 118 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 119 through 187 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 188 through 211 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 186 through 243 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 244 through 430 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 431 through 602 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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