PDB-8j9t: Crystal Structure of GyraseA N-terminal at 2.43A Resolution

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8j9t

タイトル

Crystal Structure of GyraseA N-terminal at 2.43A Resolution

要素

DNA gyrase subunit A

キーワード

ISOMERASE / Gyrase / GANTD / Salmonella

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / DNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.428 Å

データ登録者

Salman, M. / Sachdeva, E. / Das, U. / Singh, T.P. / Ethayathullah, A.S. / Kaur, P.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of GyraseA N-terminal at 2.43A Resolution
著者: Salman, M. / Sachdeva, E. / Das, U. / Singh, T.P. / Ethayathullah, A.S. / Kaur, P.

履歴

登録	2023年5月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8j9t.cif.gz	348.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8j9t.ent.gz	250.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8j9t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8j9t_validation.pdf.gz	449.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8j9t_full_validation.pdf.gz	456 KB	表示
XML形式データ	8j9t_validation.xml.gz	40.9 KB	表示
CIF形式データ	8j9t_validation.cif.gz	59.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/8j9t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/8j9t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (7) #131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (6) #193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (7)
#131 - 2010年11月
インテイン (Inteins)
類似性 (6)
#193 - 2016年1月
シデロカリン (Siderocalin)
類似性 (1)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (1)
#35 - 2002年11月
フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
類似性 (1)
#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA gyrase subunit A

B: DNA gyrase subunit A

ヘテロ分子

111 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	154.781, 154.781, 108.258
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	DNA gyrase subunit A 分子量: 55373.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 (サルモネラ菌) 遺伝子: gyrA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A716CHN5
#2: 化合物	ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン分子量: 60.009 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: CO₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 627 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.96 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3500, Tris

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8731 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.42→134.04 Å / Num. obs: 55446 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 10.1 % / CC_1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 8.8
反射シェル	解像度: 2.42→2.49 Å / Num. unique obs: 4093 / CC_1/2: 0.375

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定
MxCuBE		データ収集
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.428→45.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / WR_factor R_free: 0.219 / WR_factor R_work: 0.185 / Average fsc free: 0.9592 / Average fsc work: 0.97 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.229 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2348	2005	3.632 %
R_work	0.1993	53201	-
all	0.201	-	-
obs	-	55206	99.062 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.717 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.037 Å²	0.018 Å²	0 Å²
2-	-	0.037 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.119 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.428→45.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7702	0	8	627	8337

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	7830
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	7672
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.29	1.65	10582
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.623	1.574	17610
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.227	5	970
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.649	5	80
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.387	10	1424
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.694	10	382
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	1196
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	9320
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1760
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	1569
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.221	0.2	7035
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	3919
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	4592
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	312
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.06	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.285	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.26	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.397	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.386	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0	5.486	3892
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0	5.486	3892
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0	9.84	4858
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0	9.841	4859
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0	5.806	3938
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0	5.807	3936
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0	10.461	5724
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0	10.463	5722
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	0	53.503	8683
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	0	53.424	8611
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.527	3	15502

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.428-2.491	0.379	130	0.348	3506	0.349	4109	0.915	0.936	88.4887	0.334
2.491-2.559	0.301	145	0.312	3838	0.311	3989	0.944	0.948	99.8496	0.292
2.559-2.632	0.311	140	0.306	3734	0.306	3876	0.953	0.951	99.9484	0.281
2.632-2.713	0.291	139	0.272	3631	0.273	3775	0.949	0.959	99.8676	0.246
2.713-2.802	0.308	129	0.255	3510	0.257	3640	0.942	0.962	99.9725	0.226
2.802-2.9	0.277	131	0.227	3401	0.229	3535	0.953	0.967	99.9151	0.2
2.9-3.009	0.255	126	0.209	3306	0.211	3435	0.961	0.972	99.9127	0.186
3.009-3.131	0.264	121	0.212	3141	0.214	3267	0.952	0.973	99.847	0.194
3.131-3.27	0.23	117	0.206	3049	0.207	3167	0.969	0.977	99.9684	0.192
3.27-3.428	0.228	108	0.217	2905	0.217	3014	0.974	0.979	99.9668	0.206
3.428-3.613	0.286	103	0.215	2773	0.217	2876	0.958	0.981	100	0.206
3.613-3.83	0.222	95	0.196	2626	0.197	2721	0.972	0.983	100	0.187
3.83-4.093	0.238	95	0.176	2472	0.178	2569	0.976	0.985	99.9221	0.17
4.093-4.418	0.202	83	0.149	2304	0.151	2387	0.978	0.987	100	0.148
4.418-4.835	0.168	83	0.131	2131	0.132	2214	0.984	0.99	100	0.132
4.835-5.398	0.195	74	0.168	1911	0.169	1985	0.98	0.987	100	0.167
5.398-6.219	0.248	67	0.205	1702	0.206	1769	0.973	0.984	100	0.206
6.219-7.582	0.167	51	0.191	1459	0.19	1510	0.983	0.984	100	0.196
7.582-10.58	0.188	42	0.127	1140	0.129	1183	0.98	0.991	99.9155	0.142
10.58-45.93	0.19	26	0.188	662	0.188	699	0.973	0.977	98.4263	0.215

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)