PDB-8j9f: Structure of STG-hydrolyzing beta-glucosidase 1 (PSTG1)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8j9f

タイトル

Structure of STG-hydrolyzing beta-glucosidase 1 (PSTG1)

要素

Beta-glucosidase

キーワード

HYDROLASE / GH3 family / sesaminol biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

: / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Paenibacillus relictisesami (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Yanai, T. / Imaizumi, R. / Takahashi, Y. / Katsumura, E. / Yamamoto, M. / Nakayama, T. / Yamashita, S. / Takeshita, K. / Sakai, N. / Matsuura, H.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2023
タイトル: Structural insights into a bacterial beta-glucosidase capable of degrading sesaminol triglucoside to produce sesaminol: toward the understanding of the aglycone recognition mechanism by ...
著者: Yanai, T. / Takahashi, Y. / Katsumura, E. / Sakai, N. / Takeshita, K. / Imaizumi, R. / Matsuura, H. / Hongo, S. / Waki, T. / Takahashi, S. / Yamamoto, M. / Kataoka, K. / Nakayama, T. / Yamashita, S.

履歴

登録	2023年5月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8j9f.cif.gz	579.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8j9f.ent.gz	467.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8j9f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/8j9f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/8j9f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-glucosidase

B: Beta-glucosidase

C: Beta-glucosidase

D: Beta-glucosidase

ヘテロ分子

347 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

2

A: Beta-glucosidase

B: Beta-glucosidase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
173 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Beta-glucosidase

D: Beta-glucosidase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
173 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.300, 113.250, 158.660
Angle α, β, γ (deg.)	71.468, 82.684, 79.830
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A
7	4	A
8	4	A
9	5	A
10	5	A
11	6	A
12	6	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 5 - 753 / Label seq-ID: 32 - 780

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID
1	1	1
2	1	1
3	2	2
4	2	2
5	3	3
6	3	3
7	4	4
8	4	4
9	5	5
10	5	5
11	6	6
12	6	6

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	Beta-glucosidase 分子量: 86630.438 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Paenibacillus relictisesami (バクテリア) 遺伝子: PSTG / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D6RVX0
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 491 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.72 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG 3000, imidazole, lithium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 832650 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8.46 % / CC_1/2: 0.879 / R_rim(I) all: 0.619 / Net I/σ(I): 3.65
反射シェル	解像度: 2.85→3.02 Å / 冗長度: 8.25 % / Mean I/σ(I) obs: 1.33 / Num. unique obs: 131530 / CC_1/2: 0.515 / R_rim(I) all: 1.661 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
PHENIX	1.20.1-4487	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP	11.9.02	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.85→47.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.873 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.807 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.411 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2817	5067	5.146 %	Random selection
R_work	0.2317	93394	-	-
all	0.234	-	-	-
obs	-	98461	99.681 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.839 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.229 Å²	-0.629 Å²	-0.115 Å²
2-	-	1.792 Å²	1.404 Å²
3-	-	-	-0.033 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.85→47.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23104	0	18	491	23613

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	23563
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	22454
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.648	1.643	31864
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.856	1.567	51785
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.043	5	2981
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	3.645	5	145
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.346	10	4095
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.764	10	1052
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	3552
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	27617
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	5219
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	4777
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.233	0.2	21226
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	11495
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	13388
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	603
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.067	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.243	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.244	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.115	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.592	1.982	11942
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.592	1.981	11941
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.696	3.558	14917
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.696	3.558	14918
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.702	2.146	11621
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.702	2.146	11622
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.955	3.865	16947
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.955	3.864	16948
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.639	23.591	96861
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.638	23.605	96777
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.12	0.05	22514
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.125	0.05	22492
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.122	0.05	22529
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.123	0.05	22447
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.125	0.05	22443
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.12	0.05	22755

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11997	0.05007
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11997	0.05007
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12528	0.05007
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12528	0.05007
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12219	0.05007
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12219	0.05007
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12319	0.05007
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12319	0.05007
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12485	0.05007
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12485	0.05007
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11995	0.05007
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11995	0.05007

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.85-2.924	0.346	377	0.311	6904	X-RAY DIFFRACTION	99.8492
2.924-3.003	0.309	335	0.29	6730	X-RAY DIFFRACTION	99.774
3.003-3.09	0.358	357	0.289	6546	X-RAY DIFFRACTION	99.7976
3.09-3.185	0.336	347	0.274	6312	X-RAY DIFFRACTION	99.7155
3.185-3.289	0.331	313	0.266	6147	X-RAY DIFFRACTION	99.4458
3.289-3.404	0.314	326	0.263	5930	X-RAY DIFFRACTION	99.1442
3.404-3.531	0.307	306	0.246	5734	X-RAY DIFFRACTION	99.5222
3.531-3.675	0.27	332	0.231	5522	X-RAY DIFFRACTION	99.8295
3.675-3.837	0.267	266	0.226	5323	X-RAY DIFFRACTION	99.7679
3.837-4.023	0.284	309	0.216	5019	X-RAY DIFFRACTION	99.794
4.023-4.239	0.247	278	0.19	4796	X-RAY DIFFRACTION	99.8229
4.239-4.494	0.225	249	0.176	4565	X-RAY DIFFRACTION	99.8548
4.494-4.801	0.23	236	0.178	4318	X-RAY DIFFRACTION	99.8028
4.801-5.182	0.226	181	0.177	4023	X-RAY DIFFRACTION	99.8812
5.182-5.669	0.261	205	0.203	3690	X-RAY DIFFRACTION	99.7184
5.669-6.327	0.266	165	0.231	3344	X-RAY DIFFRACTION	99.7725
6.327-7.285	0.299	168	0.24	2945	X-RAY DIFFRACTION	99.8717
7.285-8.871	0.219	138	0.201	2479	X-RAY DIFFRACTION	99.7713
8.871-12.333	0.233	115	0.199	1947	X-RAY DIFFRACTION	99.8064
12.333-47.6	0.317	64	0.262	1120	X-RAY DIFFRACTION	98.5845

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