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万見
- PDB-8j8t: Crystal structure of calcium-saturated SRCR domain 11 of DMBT1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8j8t
タイトルCrystal structure of calcium-saturated SRCR domain 11 of DMBT1
要素Deleted in malignant brain tumors 1 protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Calcium-binding / scavenger receptor / SRCR domain / SALSA / DMBT1
機能・相同性
機能・相同性情報


induction of bacterial agglutination / zymogen granule membrane / scavenger receptor activity / Surfactant metabolism / zymogen binding / pattern recognition receptor activity / epithelial cell differentiation / extracellular matrix / defense response / phagocytic vesicle membrane ...induction of bacterial agglutination / zymogen granule membrane / scavenger receptor activity / Surfactant metabolism / zymogen binding / pattern recognition receptor activity / epithelial cell differentiation / extracellular matrix / defense response / phagocytic vesicle membrane / calcium-dependent protein binding / protein transport / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to virus / defense response to Gram-positive bacterium / innate immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SRCR domain signature. / Scavenger receptor cysteine-rich domain / Zona pellucida domain, conserved site / Zona pellucida, ZP-C domain / ZP domain signature. / Zona pellucida-like domain / Zona pellucida (ZP) domain / ZP domain profile. / Zona pellucida domain / SRCR domain ...SRCR domain signature. / Scavenger receptor cysteine-rich domain / Zona pellucida domain, conserved site / Zona pellucida, ZP-C domain / ZP domain signature. / Zona pellucida-like domain / Zona pellucida (ZP) domain / ZP domain profile. / Zona pellucida domain / SRCR domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Deleted in malignant brain tumors 1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Zhang, C. / Lu, P. / Nagata, K.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP18H02151 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP19H05771 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP19H03045 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Calcium-saturated SRCR domain 11 of SALSA
著者: Zhang, C. / Lu, P. / Nagata, K.
履歴
登録2023年5月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deleted in malignant brain tumors 1 protein
B: Deleted in malignant brain tumors 1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8628
ポリマ－25,6222
非ポリマー2406
水4,252236
1
A: Deleted in malignant brain tumors 1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9314
ポリマ－12,8111
非ポリマー1203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Deleted in malignant brain tumors 1 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9314
ポリマ－12,8111
非ポリマー1203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.197, 47.305, 69.833
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.85, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Deleted in malignant brain tumors 1 protein / Glycoprotein 340 / Gp-340 / Hensin / Salivary agglutinin / SAG / Surfactant pulmonary-associated D- ...Glycoprotein 340 / Gp-340 / Hensin / Salivary agglutinin / SAG / Surfactant pulmonary-associated D-binding protein


分子量: 12810.994 Da / 分子数: 2 / 断片: SRCR domain 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DMBT1, GP340 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UGM3
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.01 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M Calcium acetate hydrate, 20% Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→38.9 Å / Num. obs: 35273 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 1.79 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 10.61
反射 シェル解像度: 1.81→5.37 Å / Num. unique obs: 5540 / CC1/2: 0.933

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8J8D

8j8d


解像度: 1.81→38.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 3.924 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23341 912 4.7 %RANDOM
Rwork0.16633 ---
obs0.16952 18416 98.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.502 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20.01 Å2
2---0.01 Å2-0 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.81→38.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1704 0 6 236 1946
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0111746
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0161418
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3131.6312374
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4751.5713308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4115226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg10.052514
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.41710242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2242
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022112
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02376
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7282.221910
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.722.222910
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5553.3191134
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5543.3231135
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2372.451836
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2262.446835
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.2093.5891241
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined20.82547.3022699
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other20.43943.5592519
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.81→1.853 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 78 -
Rwork0.267 1326 -
obs--97.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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