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万見
- PDB-8j8p: Structure of the four-component Paf1 complex from Saccharomyces e... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8j8p
タイトルStructure of the four-component Paf1 complex from Saccharomyces eubayanus
要素
  • CDC73-like protein
  • CTR9-like protein
  • PAF1-like protein
  • RTF1-like protein
キーワードTRANSCRIPTION / transcription elongation factor / the polymerase associated factor 1 (Paf1) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Cdc73/Paf1 complex / transcription elongation by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Plus-3 domain / Plus3-like superfamily / Plus-3 domain / Plus3 domain profile. / Short conserved domain in transcriptional regulators. / Cdc73/Parafibromin / RNA polymerase-associated protein Ctr9 / Cell division control protein 73, C-terminal / Cell division control protein 73, C-terminal domain superfamily / RNA pol II accessory factor, Cdc73 family, C-terminal ...Plus-3 domain / Plus3-like superfamily / Plus-3 domain / Plus3 domain profile. / Short conserved domain in transcriptional regulators. / Cdc73/Parafibromin / RNA polymerase-associated protein Ctr9 / Cell division control protein 73, C-terminal / Cell division control protein 73, C-terminal domain superfamily / RNA pol II accessory factor, Cdc73 family, C-terminal / RNA polymerase II associated factor Paf1 / Paf1 / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CDC73-like protein / CTR9-like protein / RTF1-like protein / PAF1-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces eubayanus (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Wang, Z. / Qin, Y. / Zhou, Y. / Cao, Y.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870725 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32125008 中国
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023
タイトル: Structural Basis of the Transcriptional Elongation Factor Paf1 Core Complex from Saccharomyces eubayanus .
著者: Qin, Y. / Zhou, Y. / Cao, Y. / Ren, Y. / Deng, P. / Jiang, J. / Wang, Z.
履歴
登録2023年5月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: CTR9-like protein
A: CDC73-like protein
P: PAF1-like protein
R: RTF1-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,3794
ポリマ－135,3794
非ポリマー00
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19780 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area56290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.775, 88.480, 127.775
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.272, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 CTR9-like protein


分子量: 104814.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Saccharomyces eubayanus (酵母) / 遺伝子: DI49_2263 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0L8RHL9
#2: タンパク質 CDC73-like protein


分子量: 8488.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Saccharomyces eubayanus (酵母) / 遺伝子: DI49_3914 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0L8RF82
#3: タンパク質 PAF1-like protein


分子量: 12700.642 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Saccharomyces eubayanus (酵母) / 遺伝子: DI49_1302 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0L8RM45
#4: タンパク質 RTF1-like protein


分子量: 9374.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Saccharomyces eubayanus (酵母) / 遺伝子: DI49_1738 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0L8RIY1
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium citrate tribasic pH 7.0; 25% w/v Polyethylene glyco 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 43763 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 64.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 22.1
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / Num. unique obs: 2197 / CC1/2: 0.706

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→34.47 Å / SU ML: 0.3742 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.1952 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2625 2125 4.87 %
Rwork0.2251 41549 -
obs0.227 43674 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 91.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→34.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9049 0 0 79 9128
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00779208
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.028412405
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0661387
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00471591
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.66523543
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.760.36321400.31562681X-RAY DIFFRACTION96.05
2.76-2.830.32091480.29282699X-RAY DIFFRACTION99.68
2.83-2.910.30241220.27842787X-RAY DIFFRACTION99.79
2.91-2.990.29851560.27392786X-RAY DIFFRACTION99.83
2.99-3.090.30481480.27062742X-RAY DIFFRACTION99.93
3.09-3.20.29971220.26912768X-RAY DIFFRACTION99.9
3.2-3.330.30421510.25152755X-RAY DIFFRACTION99.9
3.33-3.480.32541460.24552780X-RAY DIFFRACTION99.9
3.48-3.660.27131510.21342788X-RAY DIFFRACTION99.9
3.66-3.890.25621310.20842757X-RAY DIFFRACTION99.83
3.89-4.190.23381370.19722796X-RAY DIFFRACTION99.69
4.19-4.610.23411440.19162780X-RAY DIFFRACTION99.9
4.61-5.270.24811580.20822779X-RAY DIFFRACTION99.8
5.27-6.640.3051340.25862822X-RAY DIFFRACTION99.93
6.64-34.470.21351370.2022829X-RAY DIFFRACTION98.24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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