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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8j8i | ||||||
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タイトル | Membrane-bound structure of CD3z cytoplasmic domain | ||||||
![]() | T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain | ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / T cell receptor / CD3z / ITAM / membrane-bound structure / phosphorylation pattern | ||||||
機能・相同性 | ![]() gamma-delta T cell receptor complex / Fc-gamma receptor III complex / Fc-gamma receptor signaling pathway / gamma-delta T cell activation / alpha-beta T cell receptor complex / positive regulation of protein localization to cell surface / Nef and signal transduction / T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains ...gamma-delta T cell receptor complex / Fc-gamma receptor III complex / Fc-gamma receptor signaling pathway / gamma-delta T cell activation / alpha-beta T cell receptor complex / positive regulation of protein localization to cell surface / Nef and signal transduction / T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / FCGR activation / PD-1 signaling / Role of phospholipids in phagocytosis / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / protein tyrosine kinase binding / FCGR3A-mediated phagocytosis / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / transmembrane signaling receptor activity / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Downstream TCR signaling / protein complex oligomerization / T cell receptor signaling pathway / protein-containing complex assembly / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / protein heterodimerization activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
![]() | Li, H. / Xu, C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Membrane-bound structure of CD3z cytoplasmic domain 著者: Li, H. / Xu, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 351.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 289.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 535.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 652.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 49.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15885.997 Da / 分子数: 1 / 変異: C8S, D12L,M72V,M95V,M104V,M134V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 0.3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CD3zTMCD, 20 mM None Bis-Tris, 60 mM None POPG, 90 % None H2O, 10 % None D2O, 90% H2O/10% D2O 詳細: 0.3 mM 13C,15N-CD3zTMCD was reconstituted in 60 mM POPG, 20 mM Bis-Tris pH 6.7 Label: 13C15N_CD3zTMCD / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 20 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 7 | |||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |