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- PDB-8j83: Crystal structure of formate dehydrogenase from Methylorubrum ext... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8j83
タイトルCrystal structure of formate dehydrogenase from Methylorubrum extorquens AM1
要素(Tungsten-containing formate dehydrogenase ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / formate dehydrogenase / NAD+ dependent / tungsten-containing / metallopterin guanine dinucleotide
機能・相同性
機能・相同性情報


formate dehydrogenase / formate metabolic process / formate dehydrogenase / formate dehydrogenase (NAD+) activity / oxidoreductase complex / molybdopterin cofactor binding / cellular respiration / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / FMN binding ...formate dehydrogenase / formate metabolic process / formate dehydrogenase / formate dehydrogenase (NAD+) activity / oxidoreductase complex / molybdopterin cofactor binding / cellular respiration / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Formate dehydrogenase H, molybdopterin-binding domain / Formate dehydrogenase, alpha subunit / Formate dehydrogenase H, N-terminal / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases signature 2. / Molybdopterin oxidoreductase, prokaryotic, conserved site / Soluble ligand binding domain / SLBB domain / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Molybdopterin dinucleotide-binding domain ...Formate dehydrogenase H, molybdopterin-binding domain / Formate dehydrogenase, alpha subunit / Formate dehydrogenase H, N-terminal / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases signature 2. / Molybdopterin oxidoreductase, prokaryotic, conserved site / Soluble ligand binding domain / SLBB domain / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Molybdopterin dinucleotide-binding domain / Molydopterin dinucleotide binding domain / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / : / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 1. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 51kDa subunit, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit signature 2. / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, iron-sulphur binding domain superfamily / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-F iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain / NADH-ubiquinone oxidoreductase 51kDa subunit, FMN-binding domain superfamily / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 51 Kd subunit / Molybdopterin oxidoreductase, 4Fe-4S domain / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases 4Fe-4S domain profile. / NADH-quinone oxidoreductase subunit E, N-terminal / Thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin / Molybdopterin oxidoreductase / Molybdopterin oxidoreductase / 4Fe-4S dicluster domain / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Chem-MGD / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / IRON/SULFUR CLUSTER / : / Tungsten-containing formate dehydrogenase beta subunit / formate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Methylorubrum extorquens AM1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kobayashi, A. / Taketa, M. / Sowa, K. / Kano, K. / Higuchi, Y. / Ogata, H.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP22K14831 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H00984 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18H05516 日本
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2023
タイトル: Structure and function relationship of formate dehydrogenases: an overview of recent progress.
著者: Kobayashi, A. / Taketa, M. / Sowa, K. / Kano, K. / Higuchi, Y. / Ogata, H.
履歴
登録2023年4月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tungsten-containing formate dehydrogenase alpha subunit
B: Tungsten-containing formate dehydrogenase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,30818
ポリマ－169,8622
非ポリマー4,44616
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13040 Å2
ΔGint-191 kcal/mol
Surface area48780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)232.860, 73.950, 95.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.72, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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Tungsten-containing formate dehydrogenase ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Tungsten-containing formate dehydrogenase alpha subunit


分子量: 107464.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methylorubrum extorquens AM1 (バクテリア)
参照: UniProt: C5ATT7, formate dehydrogenase
#2: タンパク質 Tungsten-containing formate dehydrogenase beta subunit


分子量: 62397.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methylorubrum extorquens AM1 (バクテリア)
参照: UniProt: C5ATT6, formate dehydrogenase

-
非ポリマー , 8種, 17分子

#3: 化合物 ChemComp-MGD / 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE / MOLYBDOPTERIN GUANOSINE DINUCLEOTIDE


分子量: 740.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H26N10O13P2S2
#4: 化合物 ChemComp-W / TUNGSTEN ION


分子量: 183.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: W
#5: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Fe2S2
#6: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#9: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.9 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Trisodium citrate dihydrate, Tris-HCl, PEG 400, NAD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→47.5 Å / Num. obs: 57343 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 2.8 % / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Num. unique obs: 4364 / CC1/2: 0.635

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→47.48 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2589 2866 5 %
Rwork0.2192 --
obs0.2212 57323 93.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→47.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11285 0 203 1 11489
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00411761
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86916014
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6064363
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481755
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072092
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.440.34281460.31022770X-RAY DIFFRACTION96
2.44-2.490.36591470.30682789X-RAY DIFFRACTION97
2.49-2.530.35251480.30572800X-RAY DIFFRACTION97
2.53-2.590.3531450.30022770X-RAY DIFFRACTION96
2.59-2.640.35951450.30412772X-RAY DIFFRACTION96
2.64-2.70.35451450.30552770X-RAY DIFFRACTION96
2.7-2.770.31711470.29462790X-RAY DIFFRACTION96
2.77-2.850.35451450.28492756X-RAY DIFFRACTION95
2.85-2.930.32671440.28192734X-RAY DIFFRACTION95
2.93-3.020.3351450.28252741X-RAY DIFFRACTION94
3.02-3.130.28431430.2652716X-RAY DIFFRACTION94
3.13-3.260.30251400.25552674X-RAY DIFFRACTION92
3.26-3.410.28131440.23842721X-RAY DIFFRACTION93
3.41-3.580.26461410.23882692X-RAY DIFFRACTION93
3.58-3.810.28871420.21142695X-RAY DIFFRACTION93
3.81-4.10.2521410.19292684X-RAY DIFFRACTION92
4.1-4.520.20171400.17712651X-RAY DIFFRACTION91
4.52-5.170.19631400.17292666X-RAY DIFFRACTION91
5.17-6.510.23571370.17972604X-RAY DIFFRACTION88
6.51-47.480.16761410.1472662X-RAY DIFFRACTION88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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